Иван Петрович еще сильнее восхищался даровитостью своего сына, часто возил по лесам и твердил ему при кучерах и лакеях: «пойдем, Николай, обозревать твои леса». Всякому встречному он неосторожно говорил: «Откладывать больше не стану, отвезу с каникул Николая в пансион, а сам отправлюсь из Москвы в Петербург для усыновления моего дорогого мальчика». Но случилось непоправимое: Иван Петрович был убит, и это направило жизнь юного Костомарова по иному пути и удручающим образом подействовало на психику впечатлительного ребенка.

В имении отца, как уже упоминалось, было несколько переселенцев из Орловской губернии; из них кучер и камердинер жили во дворе, а третий, служивший прежде лакеем, был за пьянство изгнан со двора и жил в селе. Они организовали заговор – убить отца Николая Ивановича с намерением украсть у него деньги, которые, как они выяснили, хранились в шкатулке. К ним пристал человек, бывший дядькой Костомарова во время пребывания Николая в московском пансионе. Злодейский умысел вынашивался уже несколько месяцев, наконец, убийцы решили исполнить его 14 июля. Отец Николая имел привычку ездить для прогулки в леса на расстоянии двух-трех верст от двора, иногда с сыном, иногда один. Вечером в роковой день он приказал заложить в дрожки пару лошадей и, посадив Николая с собою, велел ехать в рощу, носившую название Долгое. Николай Иванович вспоминал: «усевшись на дрожки, я по какой-то причине не захотел ехать с отцом и предпочел, оставаясь дома, стрелять из лука, что было тогда моею любимою забавою. Я выскочил из дрожек, отец поехал один. Прошло несколько часов, наступила лунная ночь. Отцу пора было возвращаться, мать моя ждала его ужинать – его не было. Вдруг вбегает кучер и говорит: „Барина лошади куда-то понесли“. Сделался всеобщий переполох, послали отыскивать, а между тем два лакея, участники заговора, и – как есть подозрение – с ними и повар обделывали свое дело: достали шкатулку, занесли ее на чердак и выбрали из нее все деньги, которых было несколько десятков тысяч, полученных моим отцом за заложенное имение. Наконец, один из сельских крестьян, посланный для отыскания барина, воротился с известием, что, как вспоминал Николай Иванович, „пан лежит неживый, а у его голова красна и кровь дзюрчить“. С рассветом 15 июля мать моя отправилась со мною на место, и нам представилось ужасное зрелище: отец лежал в яру с головой обезображенной до того, что нельзя было приметить человеческого образа. Вот уже 47 лет прошло с тех пор, но и в настоящее время сердце мое обливается кровью, когда я вспомню эту картину, дополненную образом отчаяния матери при таком зрелище. Приехала земская полиция, произвела расследование и составила акт, в котором значилось, что отец мой несомненно убит лошадьми. Отыскали даже на лице отца следы шипов от лошадиных подков. О пропаже денег следствия почему-то не произвели». Убийство Костомарова-отца представляется прямо-таки детективной историей, рассказанной самими юрасовцами и отраженной в архивных документах Воронежского окружного суда. Среди последних хранилось несколько дел, содержащих интересные сведения о семье Костомаровых, в том числе: «О предании случая смерти капитана Костомарова, убитого лошадьми, воле Божией», «О краже у помещицы Костомаровой из сундука разных вещей и денег крестьянином Мельниковым», «О крестьянах Василии Смыколове с прочими, судимых за ограбление дома помещицы Костомаровой». Суд умышленного убийства не установил. В ином виде дело представлено в воспоминаниях Татьяны Петровны. Она свидетельствует, что муж ее был убит с целью ограбления дворовыми людьми: кучером, камердинером и изгнанным за пьянство лакеем. Версию матери передает Костомаров в «Автобиографии»: «убийство совершено из-за шкатулки с несколькими десятками тысяч рублей, полученными за заложенное имение».

Сами юрасовцы передают эту историю так: «Однажды вечером старый Костомаров уехал на пасеку, которая была в „Рахминовском лесу“. Он любил ездить ночью и так убирал лошадей серебром, что, бывало, упряжь даже в темноте блестела, а бубенчиков столько навешивал на лошадей, что было слышно за несколько верст, как они гремели. И в тот роковой вечер, когда Костомаров ехал с пасеки, юрасовцы слышали, как гремели и дребезжали бубенцы и колокольчики вдали и как потом сразу оборвалось их дребезжание. В ту же минуту так страшно завыли собаки на господском подворье, что даже юрасовцы повыскакивали из своих хат. Спустя некоторое время прибежал кучер Костомарова Савка, рослый мужчина-силач, с криком: „Ой! ой! ой! руку кони выбылы и пана вбылы!“ Но, увидавши его, ключник Бардан в свою очередь закричал: „Закуйте его, закуйте! вин бреше!“» Кучера заковали в кандалы. Родня и крестьяне бросились на место самого происшествия, и вот что представилось их глазам. «Лошади с экипажем были загнаны в болото, у Костомарова оказались замотанными в вожжи руки с выкрученными пальцами, а на лбу зияла рана от лошадиной подковы. Все, по-видимому, было обставлено таким образом, чтобы показать, что перепугавшиеся лошади убили помещика. Но родня Татьяны Петровны не поверила этому, тем более что и подкова оказалась на лбу „навыворот“, не в том положении, в каком она должна была бы быть, если бы лошадь ударила Костомарова заднею ногою, а вверх шипами». По ходу дела каждому из юрасовцев сразу же стало ясным, что убийство было совершено частью из мести, а частью – из-за грабежа. В то время, когда все бросились на место происшествия, костомаровский дом был ограблен – было взято много денег, которые Костомаров будто бы собирал для поездки в Петербург и «узаконения сына». Завязалось дело. Заподозренные в убийстве крестьяне сорили деньгами и замазывали прорехи в своем хозяйстве. Возможно, дело об убийстве помещика так бы и заглохло, но через 7 лет после нового покушения на дом Татьяны Петровны и ее родни один из участников убийства Костомарова сам проговорился в кабаке об этом деле очень открыто, и за дело взялся энергичный следователь Граников. Убийцы при новом ведении дела сознались. Они рассказали, что «первый удар железным ключом от экипажа нанес помещику кучер Савка, отчего Иван Петрович сразу упал», что, «убивши помещика, они выкрутили ему пальцы, обмотали их вожжами, приложили ко лбу подкову и вогнали ее в лоб ключом». Виновных наказали и сослали в Сибирь, но юрасовцы утверждали, что наказаны были не все. Жители Юрасовки очень неодобрительно отзывались об умерших наследниках старика Костомарова, к которым перешли земли и имущество и которых не любил сам помещик. «Он не пускал родню дальше кухни, запирался от них в комнатах и пр.».

По другой версии, в 1833 году один из убийц сознался в совершенном вместе с другими дворовыми людьми преступлении, чувствуя угрызения совести. Он, говея ежегодно во время Великого поста, каждый раз сознавался «на духу» священнику, что участвовал в убийстве своего хозяина, но духовный отец не считал себя вправе передавать его властям и сохранял дело в тайне, советуя грешнику сделать признание самому и «принять наказание во искупление своего великого греха». Наконец, после семи лет тайного раскаяния, убийца принародно сознался, так как образ помещика не давал ему покоя: по ночам стоял у его постели и упрекал в совершенном убийстве. Когда по распоряжению священника ударили в колокол, убийца припал к могиле и завопил: «Батюшка барин, Иван Петрович! Прости меня окаянного! Я убил тебя, и мне помогали загубить тебя товарищи дворовые крестьяне». Он назвал двоих. Но одного из них, по словам кающегося, уже не было в живых – он умер от болезни в груди, полученной вследствие сильного удара мощного кулака Ивана Петровича, защищавшегося от трех убийц. Другой преступник не сознался, на каторгу не был осужден, как его товарищ, и остался служить новым хозяевам.

Причиной убийства были деньги, но, видимо, в большей мере – чрезмерная жестокость помещика. Когда, по рассказам стариков, это случилось, вся Юрасовка твердила: «Слава Богу! Теперь буде хоть и гирший, та инший!» По воспоминаниям юрасовцев, все хорошее и светлое концентрируется вокруг двух личностей – Николая Ивановича и его матери.