Перед бальзамированием тела Пирогова Выводцев вырезал часть опухоли, занимавшей всю правую половину верхней челюсти и распространившейся по полости носа. Ее исследования в Петербурге подтвердили, что у Н. И. Пирогова оказался характерный «роговой рак», о чем он сам и писал.

До сих пор остается тайной, почему Пирогов разрешил забальзамировать свое тело после смерти. Перевозить тело никуда не требовалось, Николай Иванович оставался в своем фамильном склепе. Походить на царствующие особы великий хирург явно не желал, и его похороны были довольно скромными.

Николай Иванович Пирогов умер в селе Вишня 23 ноября 1881 года.

24 января 1882 года саркофаг с телом Николая Пирогова, дотоле пребывавший в деревянной кладбищенской церкви неподалеку от усадьбы, был установлен в склепе. Три года спустя над ним построили церковь, престол которой освятили во имя Николая Чудотворца.

Тело Пирогова пребывает в забальзамированном состоянии до сегодняшнего дня. По методике Выводцева специалисты из НИИ «Мавзолей Ленина» проводят раз в несколько лет ребальзамирование. И каждый раз убеждаются, что научный эксперимент Выводцева является уникальным.

После Великой Отечественной войны в усадьбе Пирогова, находившейся в крайне запущенном состоянии, благодаря усилиям военных медиков, согласно постановлению Наркомата здравоохранения СССР, начались работы по созданию в Вишне мемориального музея Пирогова, который был открыт в 1947 году.

Теперь это Национальный музей-усадьба Н. И. Пирогова, который включает в себя дом ученого, его аптеку, усадьбу, сад и парк, фамильную церковь, в которой покоится забальзамированное тело великого хирурга.

В коллекции музея более 15 тысяч уникальных экспонатов: личных вещей, медицинского инструментария, в библиотеке около 12 тысяч книг и журналов, многие из них с пометками самого Пирогова. Экспозиции музея рассказывают о врачебной, педагогической и общественной деятельности ученого. В восстановленном рабочем кабинете хирурга, его приемной комнате, операционной и аптеке все так, как было при его жизни. Восковые фигуры самого Пирогова и его пациентов усиливают у посетителей впечатление реальности всего их окружающего.

В честь Н. И. Пирогова назван Винницкий национальный медицинский университет – ВНМУ им. Н. И. Пирогова.

Улица Пирогова – самая длинная в Виннице, ее длина 8 километров.

Центральная городская больница Севастополя также носит имя Николая Ивановича Пирогова. Улица Пирогова в Киеве проходит от станции метро «Университет» до улицы Богдана Хмельницкого.

В честь Николая Пирогова назван астероид 2506 Pirogov.

Он был гениальным хирургом, анатомом, морфологом, педагогом и воспитателем. В его трудах немало страниц посвящено тому, как уважать свой народ и свою страну, как любить и защищать Родину.

21 ноября 1910 года в Петербурге в зале Городской думы на заседании, посвященном 100-летию Н. И. Пирогова, Анатолий Федорович Кони выступил с речью «Пирогов и школа жизни». Оценивая характер ученого, он сказал: «…есть, однако, характеры, до конца остающиеся верными себе, умеющие отдавать себя всецело и бесповоротно служению излюбленной идее, обладающие закалом для борьбы за нее и способностью проводить ее в жизнь. Людям, владеющим таким характером, свойственно то, что французы называют esprit de combativite (боевой дух). Они на своем житейском пути осуществляют завет Сенеки: „Vivere est militare“ (жизнь – это борьба). Таким именно характером обладал Пирогов. Он сам в „Вопросах жизни“ говорит: „Без вдохновения – нет воли, без воли – нет борьбы, а без борьбы – ничтожество и произвол“».

Пирогов был настоящим борцом. Его ум, интуиция и идеи опережали время. Он был и гениальным ученым, беззаветно преданным научной истине, и выдающимся государственным деятелем, и талантливым педагогом, и патриотом, самоотверженно служившим своему народу.

«Время, – писал Н. И. Пирогов, – обсудит и оценит лучше нашего и наши убеждения, и наши действия, а мы утешим себя тем, что и здесь на земле, где все проходит, есть для нас одно неразрушимое – это господство идей. И потому если мы верно служили идее, которая по нашему твердому убеждению вела нас к истине путем жизни, науки и школы, то будем надеяться, что поток времени не унесет ее вместе с нами».