25 мая в Киеве собрался Совет Обороны Советской Украины при участии Троцкого, на котором судьба Махно была окончательно решена. Московское руководство за несколько дней до этого также одобрило идею ликвидации махновщины в кратчайшие сроки. Во главе операции был поставлен К. Ворошилов. Троцкий в телеграмме Раковскому предлагал начать интенсивную кампанию дезинформации против Махно в прессе, предупреждая, что без нее «ликвидация махновщины не будет понятной».

Махновские отряды в конце мая 1919 года оказались без боеприпасов, и им приходилось рассчитывать только на штыки и сабли. Под командованием батьки в это время находилось около 24 тыс. бойцов. Махно говорил, что не может больше отправлять невооруженных людей на смерть. Свое требование к власти изменить отношение к своим бойцам батько подкреплял угрозой своей отставки.

Махно направил телеграмму своим командирам с сообщением о том, что он слагает с себя полномочия комдива и комбрига и предоставляет право каждому полку выбирать, остается ли он в составе Южного фронта или становится самостоятельным отрядом. Командование Южного фронта запретило переформирование махновской бригады в дивизию, расценивая действия Махно как равноценные уходу с фронта, за которые его следует отдать под суд ревтрибунала.

30—31 мая были приняты два решения, которые давали врагам махновцев повод для новых обвинений. Махновская комиссия по проведению съездов объявила о созыве IV съезда представителей «свободного района» и махновских повстанцев 15 июля 1919 года в Гуляйполе. Съезд должен был собраться для решения следующих проблем: укрепления автономии местных советов и свободного района, объявления начала анархистского эксперимента, переформирования дивизии Махно в независимую Повстанческую армию из 13 полков пехоты и 2 ударных групп. Повстанческая армия имела бы внутреннюю автономию, только в оперативном отношении подчиняясь приказам командования Красной армии. Махно послал телеграмму всем махновцам и красноармейцам с предложением прибыть в Гуляйполе для формирования новой Повстанческой армии.

2 июня Троцкий по телефону связался с Махно и в резкой форме приказал немедленно закрыть махновскими частями обнаженный участок фронта от Гришино до Славянска (около 100 верст). С этого участка бежала 9-я дивизия. Махно, ссылаясь на критическое положение своей дивизии, а также на отсутствие патронов и оружия, отказался передислоцировать свои части. Троцкий якобы тогда заявил Махно: «Ты понимаешь разницу между собой и мной? Я главком вооруженных сил республики. А ты кто такой? Я таких, как ты, расстреливал по несколько штук в день». Махно, вспылив, обложил вождя революции отборными матерными словами. Это был последний разговор двух вождей. На следующий день в газете штаба Троцкого «В пути» появилась статья Троцкого под названием «Махновщина», в которой Махно назывался мятежником. Статья заканчивалась так: «С этим анархо-кулацким развратом пора покончить, покончить твердо, раз и навсегда, так, чтобы никому больше хотелось».

Приказ Троцкого № 107 гласил, что махновское движение должно быть «стерто с лица земли» за «открытие фронта белым» и созыв «антисоветского» съезда. За организацию этого съезда, участие в нем и распространение деклараций съезда Троцкий приказал расстреливать. В приказах Троцкого утверждалось, что Махно «открыто призывал к восстанию против Советской власти на Гуляйпольском съезде». Но съезд не состоялся из-за захвата района Гуляйполя белогвардейцами, а на апрельском съезде Махно вообще отсутствовал.

Махно отсылает несколько телеграмм Ленину и Раковскому, сообщая о своей добровольной отставке и прося прислать замену. Свое решение Махно объясняет необоснованностью обвинений со стороны власти и «личной враждебностью» Троцкого, указывая, что такая враждебность может привести к «кровавым событиям внутри трудового народа, к созданию в среде трудящихся особого внутреннего фронта».

8 июня Троцкий издает приказ № 108 «Конец махновщине!» и приезжает в Екатеринослав, чтобы лично руководить борьбой против Махно. В Екатеринославе Троцкий также издает приказ о создании Военно-революционного трибунала во главе с Г. Пятаковым, бывшим главой правительства УССР. Этот трибунал был наделен широкими полномочиями, чтобы «раскаленным железом» выжечь «махновщину». Расстрелы заложников, расстрел за сокрытие оружия, расстрел родственников махновцев, карательные отряды и блокада сел – такова «разнообразная деятельность» этого кровавого трибунала. Троцкий издает приказ о расстреле всех, кто станет «под знамена Махно».

А в это время (4 июня 1919 года) махновские части предприняли попытку контратаковать белогвардейцев. Но на следующий день белые перешли в тотальное наступление. Конный корпус Шкуро, наступая на запад, вышел в тыл махновцам. В это время против махновцев действовала белогвардейская группа, состоящая из 14 тыс. бойцов, 8 бронепоездов и 83 пушек.

Некоторые махновские полки, оказавшись в полном окружении, без боеприпасов, были полностью истреблены: пленных повстанцев белые казнили. Не имея артиллерийской поддержки, махновцы с холодным оружием бросались в бой против казачьей кавалерии, шли под пулеметный огонь, погибали сотнями, но не оставляли своих позиций. Белая конница неожиданно прорвалась в Гуляйполе. Имея в своих рядах еще 10 тыс. повстанцев, Махно попытался поставить заслон против белых возле Гуляйполя. На некоторое время махновцам удалось выбить врага из окрестностей Гуляйполя. Крестьяне с топорами и вилами вели рукопашный бой против белогвардейцев, вдохновленные примером батьки, который находился в эпицентре боя. Несколько лошадей под Махно были убиты, но сам он оставался невредимым. 8 июня 1919 года три конных полка казаков выбили махновцев из Гуляйполя. Во время боев неподалеку от Гуляйполя, на ст. Гайчур, находились части Красной армии (3 тыс. бойцов), которые не вмешивались в бой между махновцами и белыми. По приказу Троцкого, белых должны были беспрепятственно пропускать в район махновцев, для того чтобы уничтожить «анархистскую заразу».

Ворошилов (в то время он совмещал должности наркома внутренних дел УССР и командующего 2-й армией), получив приказ от Троцкого о ликвидации махновцев, приказал Махно и членам его штаба прибыть на ст. Гайчур для переговоров о реорганизации войсковых частей. Махно, смекнув, что готовится расправа, сбежал прямо из вагона Ворошилова, застрелив охранника. Часть махновской делегации не успела покинуть ст. Гайчур, была арестована и под охраной отправлена в Харьков, где их сразу же расстреляли. Среди арестованных и казненных были начальник штаба Озеров, заместители начальника штаба, командир полка, адъютант штаба, члены махновского совета. Троцкий в своем приказе от 18 июня 1919 года подтвердил казнь махновских командиров штаба Махно. Отряд ЧК особого назначения и дивизион под общим командованием комбрига К. Медведева отличались особенной жестокостью по отношению к махновцам. Этот отряд арестовал около тысячи махновцев, часть из которых была расстреляна.Некоторые командиры предложили Махно отказаться от сопротивления красным, но большая часть собрания считала, что Махно должен выступить против красных. Махно решил уйти с должности советского командующего и предоставить дивизии возможность воевать против белогвардейцев, защищая «свободный район». Временно командование сосредоточилось в руках В. Белаша – начальника штаба. Несколько махновских полков и командиров выразили желание идти за батькой, но Махно приказал им оставаться на фронте – «до особого распоряжения». Получив вести о расстреле махновцев-штабистов в Харькове, батько изменил свое решение. Он уже думал о мести. Нестор успел напечатать несколько тысяч листовок под названием «Где власть – там нет свободы!». В листовках он предупреждал, что за каждого расстрелянного махновца будут казнены «десятки красных палачей». Смертный приговор был вынесен Троцкому и Пятакову.

* * *

Осознав, что красные не оставят его в покое, Махно и «черная сотня» (900 бойцов) переправились через Днепр на Правобережье. Основная часть махновских повстанцев осталась воевать на фронте против белых, формально находясь в составе Красной армии: 1-я бригада В. Куриленко продолжала защищать Бердянск, 2-я бригада В. Белаша сражалась возле Гуляйполя. Находясь фактически вне закона, махновцы сохранили свою внутреннюю структуру, своих выбранных командиров и продолжали оставаться на фронте. Возле Гуляйполя красные арестовывали и расстреливали махновцев, в то время как под Мелитополем они принимали махновские полки в состав своих частей. Троцкий праздновал победу над махновцами. Он гордился тем, что сумел разбить Махно чужими руками. Белые, захватив Гуляйполе, лишили Махно его тыла и взяли на себя все «заботы» по успокоению восставших волостей и уничтожению махновцев.