Но многовожделенный покой отца Антония был многотрудным, многоболезненным, а в духовном отношении многоплодным. Ибо не ради покоя воздыхал он столько лет об освобождении его от настоятельских забот, а потому, что они не соответствовали ни душевному его расположению, ни телесным его силам. Именно поэтому в строгом подвиге преподобный старец Антоний стал проводить свое новое жительство, отчего усилилась болезнь в ногах до крайности — они до колен были покрыты ранами и порой истекали кровью. Многие, видя всегда светлое его лицо и слыша его оживленную беседу, не понимали, какого страдальца видят пред собою. Однажды во время всенощного бдения обе его ноги так кровоточили, что новые кожаные сапоги насквозь промокли, как будто старец по колено стоял в воде. После этого раны закрылись, а болезненное состояние только усилилось. Спустя некоторое время после этого случая келейник нашел отца Антония в его келлии лежащим без памяти на полу в крови: вследствие закрытия ран с ним случился сильный обморок, и, падая, он разбил себе обе больные ноги. Не станем описывать всех переходов болезни, но вкратце скажем, что продолжалась она до самой кончины преподобного, то есть около 30 лет. Ежедневно днем и ночью старец испытывал невыразимую боль в ногах, как будто кто их в одно и то же время и ножами резал, и жег огнем, и драл жесткой щеткой, и вместе с тем колол иглами. Даже посмотреть на них нельзя было без содрогания: больные ноги были тверды, как дерево, и скорее походили на прямые круглые бревна шириной в диаметре до 5 вершков, темно-красного цвета, постоянно рделись. Из ран глубиной до самой кости сочилась всегда сукровица. Доктор говорил, что, перевязывая ноги отца Антония, он видел в ранах червей длиною с полвершка. Медицинские средства почти не помогали, а часто наносили еще больший вред и усиливали болезнь.
Известна история с одним иноком, привыкшим просыпать утреню. Преподобный Антоний убеждал его исправиться, но тот ссылался на нездоровье. Тогда старец сам пошел на утреню, несмотря на то что по болезни ног вообще не мог стоять. После утрени он пришел в келлию к тому брату и упал ему в ноги, плача и умоляя пощадить его, немощного, и впредь самому посещать богослужение. А из сапог его лились лужи крови. Так и спас преподобный немощного собрата.
Как великий любитель безмолвия, преподобный Антоний желал уединенной жизни, проводимой в молитвенных трудах, чтении и богомыслии. "На молитву, — говорил он, — должно вставать поспешно, как на пожар". Какой высоты молитвенного настроения достиг преподобный Антоний, каких духовных дарований он сподобился, известно только Богу. Его духовные дарования привлекали к нему множество посетителей, желающих принять благословение и душеполезное назидание. Есть основательные причины утверждать, что преподобный Антоний имел великое дерзновение в молитве к Богу и сподоблялся духовных видений и других благодатных посещений. Все, кто видели отца Антония совершающим богослужение, отмечали необыкновенное выражение лица его, особенно во время Божественной литургии, когда он выходил с потиром: это было лицо человека, преисполненного благодати. Случалось, что от одного взгляда на него в этот момент у некоторых происходил в душе нравственный переворот.
Смиряясь паче меры перед всеми, отец Антоний делал это от искреннего сердца; всем чувствовалось, что внутреннее его смирение и доброжелательство ко всем действительно были таковы и не исчерпывались только наружным излиянием. Сердце его всегда принимало самое теплое участие в скорбях ближнего, а потому он особенно любил утешать приходящих к нему. Будучи весьма строг к самому себе, он был отечески снисходителен к проступкам других. Он не отчаивался ни в чьем исправлении и умел воздвигать людей нерадивых и малодушных; и как бы кто ни падал духом, преподобный Антоний всегда умел беседами своими вдохнуть в человека надежду. В советах же и наставлениях своих он был крайне осторожен и указывал на слова святого Исаака Сирина, что с людьми надо обходиться, как с больными, и успокаивать их наиболее, а не обличать; ибо это больше их расстраивает, нежели приносит им пользы. "Больному, — говорил старец, — надо говорить: "Не хочется ли тебе какой похлебки, или чего другого?", а не следует говорить так: "Я тебе дам такую микстуру, что глаза выпучишь"". Незаметно и нечувствительно отец Антоний обращавшихся к нему привлекал к сознанию душевных своих немощей. Так, однажды некто покаялся перед ним в некоторых своих согрешениях, а о других умолчал. Преподобный Антоний не стал обличать неполноту покаяния, но, напротив, сказал каявшемуся, что он своим покаянием порадовал Ангелов на небеси, и такими словами возбудил в этом человеке великое сокрушение и усердие к совершенному очищению совести.
Общее правило отца Антония, равно как и всех духовных старцев, было такое, чтобы без вопроса никому не предлагать своих советов, считая это не только бесполезным, но и вредным празднословием. Вместе с тем отец Антоний зорко следил за вопрошавшими: если кто предлагал вопросы не по душевной потребности, а из пытливости или подобных побуждений, в таком случае ничего не отвечал.
Окормлял старец не только иноков, но и мирян. Духовные дарования привлекали к нему многих. Велика была сила его молитвенного заступления. Всем было известно, что старец прозорлив. Одна женщина, когда преподобный устремил на нее свой проницательный взор, чистосердечно объяснила, что боится, когда он на нее так смотрит: "Вы видите все мои грехи". — "Напрасно вы так думаете, — возразил смиренный старец. — О чем я помолюсь и что Бог мне откроет, то я и знаю; а если Бог мне не откроет, то я ничего не знаю".
Он имел такое пламенное усердие и благоговейную любовь к Матери Божией, что особенно в последние годы своей жизни, когда начинал рассказывать что-либо из жития Ее, при одном имени Преблагословенной Девы Марии голос его изменялся от обильных слез, и он не мог окончить рассказа. Впрочем, духовные дарования свои он тщательно скрывал ото всех. По глубокому своему смирению он даже уклонялся от бесед об умозрительных вопросах.
Отцу Антонию пришлось пережить кончину своего брата, преподобного Моисея, что было для старца тяжелой потерей. Два месяца преподобный провел в затворе в непрестанной молитве за усопшего. Он не мог говорить о брате без слез и потому отказывался сообщать о нем какие-либо сведения, только ему известные, о сокровенной, внутренней жизни покойного.
Преподобный Антоний вел обширную переписку с духовными чадами, в том числе и насельницами женских монастырей. По его кончине был издан сборник писем, на страницах которого открывается вся глубина и доброта старческого сердца, его духовная мудрость, опытность советов, сила духа и утешения.
В 1862 году старец стал все более уединяться и готовиться к исходу. 9 марта 1865 года, когда старцу исполнилось ровно 70 лет, после трехлетнего самоиспытания он принял великую схиму. По болезни старца пострижение было совершено келейно настоятелем обители преподобным Исаакием I. Схиигумен Антоний весь предался молитвенным подвигам и богомыслию. Телесные страдания его были очень тяжелы, но он переносил их с мужеством и покорностью воле Божией.
В июле во всей силе открылась предсмертная болезнь старца. Благословляя всех образами, преподобный Антоний приговаривал: "Примите от умирающего на вечную память". Старец был особорован за 17 дней до кончины, когда телесные силы еще не совсем оставили его. В последнее время батюшка ежедневно приобщался Святых Таин и пребывал в непрестанной молитве.
7 августа 1865 года стал последним днем жизни многострадального преподобного Антония. Вечером, во время всенощного бдения, умирающий потребовал, чтобы к нему пригласили настоятеля. Как истинный послушник, он и в последний путь не хотел отправляться без настоятельского благословения. Исполняя беспрекословно волю умирающего, настоятель преподобный Исаакий I благословил его и простился с ним уже навеки. Через несколько часов преподобный отец наш Антоний тихо и мирно дважды вздохнул и с третьим, едва заметным воздыханием, мирно предал Богу чистую свою душу.