Однако вскоре было обнаружено, что единственный надежный способ противодействия реактивным и ракетным истребителям заключается в том, чтобы атаковать их на земле, а также при взлете или посадке. Германские аэродромы стали постоянно подвергаться непрекращающимся бомбардировкам, а истребители союзников патрулировали прилегающее к ним воздушное пространство и атаковали пытавшиеся совершить посадку реактивные истребители противника. Люфтваффе выдвинули свои контраргументы, расставив батареи противовоздушных орудий вдоль основных летных маршрутов для защиты «Me 262», а дополнительную оборону с воздуха при посадках и взлетах обеспечивали традиционными истребителями (преимущественно «Fw 190» и «Та 152»).

Несмотря на это, в марте и апреле 1945 года истребители союзников, патрулировавшие германские аэродромы, нанесли серьезный урон реактивным истребителям противника, тем самым существенно сократив боевую мощь люфтваффе.

Опытный образец «Me 163» впервые поднялся в небо как планер в начале 1941 года, а в августе того же года он совершал уже активные полеты. Эти испытания со всей очевидностью продемонстрировали как выдающиеся достоинства аппарата, так и его вопиющие недостатки. Он был способен регулярно развивать скорость до 885 км/час, но его жидкое ракетное топливо было опасно нестабильным и чрезвычайно коррозионным. Расход топлива также значительно превышал предполагаемые объемы, и эти проблемы оставались актуальными на всем протяжении службы самолета.

Необходимые изменения были внесены в него только в середине 1943 года, когда начались летные испытания модифицированного «Me 163B». Но даже в своем окончательном виде «Me 163B1a» не смог избавиться от всех недостатков своих предшественников — его ракетный двигатель «Вальтер HWK 509А-2» был не намного безопаснее тех, что стояли на прототипах, а отсутствие традиционного шасси вызывало нескончаемые дополнительные проблемы. Взлеты выполнялись на двухколесной тележке, которая сбрасывалась немедленно после отрыва от земли. А посадку самолет совершал на втягивающееся полозковое шасси, расположенное между носовой частью фюзеляжа и колесом хвоста.

Первые серийные образцы поступили на вооружение «Ягдгешвадер 400» (JG 400), возглавляемое майором Вольфгангом Шпэте, в мае 1944 года. Уже в этом соединении вскоре обнаружилось, что «Me 163» присущи и ранее не выявленные дефекты. Один из них проявился во время первого боя ракетных истребителей 28 июля 1944 года, когда пять «Комет» провели безуспешную атаку формирования американских бомбардировщиков под Мерсебургом. На скорости около 900 км/час они сблизились с бомбардировщиками, поддерживавшими скорость в 400 км/час, и эта разница в скоростях оставляла им лишь три секунды, чтобы произвести выстрелы из двух 30-миллиметровых пушек МК 108 и уйти в сторону, избегая столкновения.

Очень немногие из самых опытных пилотов способны были поразить цели в таких условиях, поэтому немедленно начались исследования по внедрению более эффективного альтернативного вооружения. Вполне возможно, что несколько истребителей были оснащены ракетами R4M класса «воздух-воздух», а по меньшей мере одна «Комета» была, вероятно, вооружена установкой «Ягдфауст SG 500». Она представляла собой батарею из пяти направленных вверх 50-миллиметровых безоткатных орудий, установленных в основании каждого крыла и выстреливавших залпом с помощью фотоэлектрического механизма в тот момент, когда истребитель проходил под формированием бомбардировщиков. Согласно рапортам, так был сбит по крайней мере один самолет, британский бомбардировщик «Галифакс» из Группы 6, уничтоженный во время дневного налета на Лейпциг 10 апреля 1945 года.

С мая 1944 года и до завершения войны всего лишь около 100 из 400 собранных «Комет» поступили на вооружение боевых соединений. Они уничтожили не более 16 самолетов союзников, потеряв при этом 15 «Me 163».

Наиболее успешным в этом отношении стал фельдфебель Зигфрид Шуберт, на боевом счету которого было три бомбардировщика.

«Наттер» Эриха Бахема был разработан в рамках «Срочной программы развития истребительной авиации» («Егернотпрограмм») после того, как Бахему удалось заручиться поддержкой рейхсфюрера СС Генриха Гиммлера. Этот перехватчик, предназначенный для обороны стратегически важных объектов, был построен, главным образом, из клееной древесины и оснащен ракетным двигателем «Вальтер 509А-2». Взлет он осуществлял вертикально с 15-метровой пусковой башни при помощи четырех работавших на твердом топливе отделяемых ракетных ускорителей «Шмиддинг», за 10 секунд разгонявших его до скорости в 700 км/час. Из-за перегрузок при ускорении пилот мог временно потерять сознание, поэтому запускался «Наттер» на автопилоте.

Пилот брал на себя управление, когда самолет занимал положение над бомбардировщиками и впереди них, и сбрасывал пластиковый носовой конус, закрывавший батарею из двадцати четырех 73-миллиметровых ракет Fohn или тридцати трех 55-миллиметровых ракет R4M. Ракеты наводились на цель с помощью простого кольцевого прицела и стреляли одиночным залпом с близкой дистанции, когда «Наттер» пикировал на бомбардировщики. Сначала предполагалось, что после этого самолет должен совершить ускорение, а пилот выброситься из него с парашютом, однако впоследствии от этого граничащего с самоубийством требования пришлось отказаться.

Парашютирование в любом случае оставалось задачей весьма опасной — пилот отстегивал ремни безопасности, а затем освобождал захваты, тем самым отсоединяя всю переднюю часть фюзеляжа от своего сиденья. После этого самолет распадался надвое, а пилот и задняя часть фюзеляжа приземлялись на отдельных парашютах — смысл этого был в том, чтобы повторно использовать ракетные двигатели «Вальтер».

JG1 Штаб

08.04.1945 — Получило Не 162А на аэродроме Людвигслуст, Мекленленбург-Шверин

30.04.1945 — Переведено на авиабазу Лек, Шлезвиг-Хольштайн

08.05.1945  — Сдалось британским войскам

I/JG1

09.02.1945 — Начало обучение на Не 162 в Пархиме, Мекленбург-Форпоммерн

09.04.1945 — Переведено на аэродром Людвигслуст, Мекленбург-Шверин

15.04.1945 — Отозвано на авиабазу Лек, Шлезвиг-Хольштайн

08.05.1945 — Сдалось британским войскам

II/JG1

07.04.1945 — Получило Не 162 в Варнемюнде, Мекленбург-Форпоммерн

30.04.1945 — Переведено на авиабазу Лек, Шлезвиг-Хольштайн

08.05.1945 — Сдалось британским войскам

Коммандо Новотны

26.09.1944 — Сформировано в Ахмере и Хесене

03.10.1944 — Готово к ведению боев, получив около 40 перехватчиков Ме262А-1а

19.11.1944 — Переименовано в III/JG7

JG 7 Новотны Штаб

12.1944  — Получило Me 262 в Бранденбург-Брест, к западу от Берлина

11.04.1945 — Отозвано в Заатц, Зудетенланд

08.05.1945 — Сдалось войскам союзников

I/JG7

01.12.1945  — Начало получать Me 262 в Унтершлауэрсбахе и Лехфельде, Бавария