31 мая 1471 года великий князь отправил рать под начальством воеводы Образца на Двину отнимать эту важную волость у Новгорода. 6 июня двинулась другая рать в двенадцать тысяч под предводительством князя Данилы Холмского. Она должна была идти к Руссе, обойти озеро Ильмень и зайти в тыл Новгороду.

Еще через шесть дней, 13 июня, двинулся в направлении на Мету третий отряд под началом князя Оболенского-Стриги. Вместе с москвичами шел большой отряд татар во главе с царевичами Даниярами. Одновременно ушел приказ к выступлению в Псков и Тверь.

Последним выступил сам великий князь. С ним шли войска подчиненных Москве русских земель, а также мещерские и касимовские татары. Присутствие татар в московском войске, идущем на христиан, не помешало митрополиту Филиппу благословить великого князя на брань святую, за православную веру. «Как Димитрий Иванович шел на безбожного Мамая и на богомерзкое воинство татарское, так и наш благоверный великий князь идет на этих отступников».

Всем войскам был дан приказ великого князя сжигать дотла новгородские пригороды и селения и убивать без разбора всех: и старых и малых. Целью такой жестокости было устрашение и подавление воли к сопротивлению.

Однако Новгород не собирался сдаваться без боя. Власти республики во главе с молодым посадником Дмитрием Борецким спешно собирали народное ополчение. И хотя новгородцы отвыкли воевать, и мобилизовывать мирных торговцев и ремесленников, не державших в руках оружия, приходилось нередко силой, большая часть мужского населения Новгорода встала в ряды ополчения.

Владыка Феофил по-прежнему пребывал в нерешительности. В его подчинении был хорошо вооруженный владычный полк, самое боеспособное воинское соединение республики. Уступая требованиям новгородского правительства, владыка разрешил отправить его вместе с ополчением, но приказал своим воеводам уклоняться от сражения с войсками великого князя, а сражаться только с псковичами.

Тем временем передовой отряд Даниила Холмского беспрепятственно подошел к Старой Руссе, уничтожая все живое на своем пути. Здесь произошла первая стычка с новгородской судовой ратью, только что высадившейся у Коростыни. Московские воины внезапно напали на не успевших построиться в боевой порядок новгородцев. Ситуацию мог спасти владычный полк. Но его воеводы не вступили в бой, ссылаясь на запрет владыки. Судовая рать была разбита, многие попали в плен.

26 июня Новгород наблюдал жуткое зрелище. Длинной цепочкой вошли побывавшие в московском плену новгородские ратники. Издали казалось, что они улыбаются, но вблизи оказалось, что у всех отрезаны губы и носы.

12 июля псковичи начали жечь новгородские села и осадили Вышгород, вступив, таким образом, в войну. В тот же день из Новгорода выступило народное ополчение. По поводу его численности называют разные цифры, московские летописи — и тридцать и сорок тысяч, но по другим, более вероятным данным, с учетом численности мужского населения Новгорода оно насчитывало около 12 тысяч человек. Одна часть ополчения двигалась пешком, другая плыла на судах. Обогнув западный берег Ильменя, войско дошло до реки Шелонь. В это время, получив известие от московских приверженцев в Новгороде о движении ополчения, воевода Холмский, дабы не допустить соединения пешей и судовой ратей, совершил стремительный бросок и тоже вышел к Шелони.

13 июля недалеко от селения Сольцы новгородцы увидели московское войско. Некоторое время войска шли по разным берегам Шелони, награждая друг друга обидными кличками. Стемнело, оба войска расположились на ночлег. На следующее утро москвичи быстро построились в боевой порядок. В новгородском стане при построении поднялось несогласие, никогда не участвовавшие в сражениях люди не решались становиться в первые ряды. Вдруг с криком «Москва!» москвичи бросились через реку. Увлекаемые посадником Борецким новгородцы с криком «Святая София и Великий Новгород!» ударили навстречу.

Вначале успех был на стороне республиканцев. Пользуясь численным перевесом, они начали теснить москвичей, но в это самое время им в тыл ударили татары. Среди необученных, впервые участвовавших в бою ополченцев началась паника. Все столпились, смешались, передние ударились на задних. Москвичи разили бегущих копьями, татары ловили арканами. Берег Шелони был испятнан трупами. Подошедшая на судах вторая часть ополчения не вступила в бой. Помогать было уже некому.

Разгром был полным. В плен попали все новгородские воеводы во главе с посадником Борецким. 24 июля в разоренной Старой Руссе на городской площади в присутствии великого князя состоялась показательная казнь. Палач отрубил головы посаднику Дмитрию Борецкому, боярам Василию Селезневу-Губе, Киприану Арзубьеву, чашнику Иеремии Сухощекову.

Шелонская битва означала конец Новгородской вечевой республики. И хотя Великий Новгород формально оставался независимым вплоть до 1478 года, его окончательное присоединение к Москве было лишь вопросом времени.

Историки давно пытались определить точное место Шелонской битвы. В конце XIX — начале XX века попытку установить место сражения предприняли археологи Н.Е. Бранденбург и Н.М. Печенкин. Были найдены лишь единичные предметы военного снаряжения, впрочем, далеко не всегда относящиеся к XV веку. Тем не менее после их археологических исследований была очерчена территория поиска: таким ареалом стали деревня Велебицы и ее окрестности.

Наибольший же вклад в определении поля битвы внес профессор Императорской Николаевской военной академии А.К. Банов, в 1915 году выпустивший в Петрограде книгу «Шелонская операция Царя Иоанна III Васильевича и Шелонская битва в 1471 г. 14 июля». Банов определил все топографические ориентиры передвижения войск и самой битвы. Ему удалось сузить территорию сражения до юго-западной окраины деревни Велебицы и протекающего несколько далее Тополева ручья, бывшей речки Дрянь (Дряно). По мнению Банова, эпицентром событий 14 июля стало место будущей деревни Скирино (Секирино), находящейся на несколько приподнятом относительно низкого берега плато напротив переправы через Шелонь.

…За прошедшие пятьсот лет эти места мало изменились. Деревня Скирино практически слилась с разросшимися Велебицами. Речка Дряно превратилась в мелкий и заросший ручей. 27 июля 2001 года по благословению архиепископа Новгородского и Старорусского Льва здесь был торжественно водружён шестиметровый дубовый крест. На памятной доске, положенной в основании креста, начертано: «Жертвам Российских лихолетий — вечная память. Создателям Единой России — вечная благодарность потомков».

Трагический конец вольного Новгорода поразил воображение русского народа, породив много устных преданий и среди них легенду о вечевом колоколе. Легенда гласит, что по приказу московского великого князя колокол был погружен на особые сани повышенной грузоподъемности и отправлен в Москву. Возле Валдая сани опрокинулись, колокол упал и разбился на мелкие куски. Осколки подобрали валдайские мастера и отлили из них множество поддужных колокольчиков.

Вот так звучит эта легенда в поэтическом пересказе писателя Юрия Вронского: