Позднее неоднократно делались попытки пересмотра структуры Адмиралтейств-коллегии. Практически бесплодной оказалась и деятельность комиссии, учрежденной в 1762 г. по указу Петра III. После восшествия на престол Екатерины II она была расформирована, а вместо нее создана «Морская российских флотов и адмиралтейского правления комиссия для проведения оной знатной части к обороне государства в настоящий добрый порядок», которая приняла решение об окончательном возвращении к структуре Адмиралтейств-коллегии, принятой в 1732 г.[63]

После образования министерств в 1802 г., морской министр становится лично ответственным за положение дел на флоте. Адмиралтейств-коллегия при этом не исчезла, а была включена в состав министерства как его важнейшая составная часть. До 1815 г. Морское министерство носило название Министерства морских сил. Структура нового центрального учреждения формировалась постепенно, новые органы как бы вырастали из структур прежней Адмиралтейств-коллегий. Первоначально в составе министерства были образованы только Военная по флоту канцелярия и Департамент министра морских сил. В результате в составе Морского министерства оказались два главных подразделения — Адмиралтейств-коллегия и адмиралтейский департамент, а также ряд второстепенных структур, таких как вскоре упраздненный Генеральный кригсрехт для флота (Военно-морской судебный орган) или более долговечные Аудиториатский департамент и Главное медицинское управление. Основные подразделения министерства — экспедиции, подчинялись министру не напрямую, а через коллегию[64]. Со временем Адмиралтейств-коллегия была преобразована в Адмиралтейств-совет, сохранявший за собой довольно широкие права.

Из Морского министерства в 1827 г. был выделен Морской штаб ЕИВ, которому подчинялись главные командиры Балтийского и Черноморского флотов и портов, центральные органы управления личным составом, а хозяйственные учреждения оставались в ведении морского министра. С января 1831 г. этот орган именовался Главным Морским штабом. Такое раздвоение морского управления продолжалось недолго, и в августе 1831 г. пост министра вообще упразднили, а начальник ГМШ стал полновластным руководителем морского ведомства, причем ему напрямую подчинялись все хозяйственные экспедиции, а Адмиралтейств-совет стал чисто совещательным органом[65]. Официально это объяснялось тем, что четырехлетний великий князь Константин Николаевич (1827–1892) был назначен генерал-адмиралом и считался главой флота. С 1829 г. начальником Морского штаба и фактическим руководителем флота становится А.С. Меншиков (потомок сподвижника Петра Великого), интриге которого приписывали упразднение поста морского министра. С 1839 г. Адмиралтейств-совету были вновь подчинены хозяйственные учреждения ведомства[66].

С началом Крымской войны А.С. Меншиков был назначен командующим русскими войсками в Крыму и управление флотом переходит в руки Константина Николаевича, хотя формально он получил права министра лишь в 1855 г.[67] Морское ведомство одним из первых в «эпоху великих реформ» подверглось коренной реорганизации. Ломка прежней структуры началась уже в 1860 г. Одной из целей нового «главного начальника флота и морского ведомства» было продемонстрировать возможность управлять ведомством на новых, либеральных началах. Стремление убедить Александра II и его ближайшее окружение в чудодейственной силе реформ привело Константина Николаевича к необходимости дать слишком поспешное обещание, что бюджет его ведомства не превысит 16,5 млн рублей в год. Это привело к режиму строжайшей экономии, в результате осуществления которого флот резко сократился. Судостроение в должных объемах не велось. Центральный аппарат был полностью реорганизован, ГМШ — упразднен. Теперь во главе флота и морского ведомства стоял генерал-адмирал, которому непосредственно подчинялись главные командиры флотов и портов, центральное управление личным составом, а управляющий Морским министерством заведовал хозяйственной частью. Основными подразделениями министерства продолжали оставаться департаменты, самостоятельно распоряжавшиеся финансовыми средствами в пределах сметы. Портовые управления получили значительную хозяйственную самостоятельность. Кораблестроение оказалось поделено между двумя департаментами: Кораблестроительно-Техническим, занимавшимся проектированием кораблей (он унаследовал функции Пароходного комитета, созданного еще в 1842 г.), и Кораблестроительным, осуществлявшим надзор за ходом работ. Тогда это нововведение было оправдано, так как бурное развитие техники в отечественном флоте только начиналось, и необходимо было дать возможность немногим специалистам сосредоточиться на решении технических вопросов. В то время в России практически не существовало собственного производства паровых машин, броневой стали и многих других новинок, поэтому одной из главных функций офицеров Кораблестроительно-Технического департамента было наблюдение за исполнением заказов за границей, и в повседневной деятельности они не были тесно связаны с Кораблестроительным департаментом, наблюдавшим за судостроением в России.

К 1867–1869 гг. был приурочен новый этап реорганизации ведомства. Великий князь Константин Николаевич с 1865 г. занимал пост председателя Государственного совета, а в 1862–1863 гг. был наместником Царства Польского. Новые обязанности вызвали охлаждение к повседневным делам морского ведомства, и поэтому управляющий Морским министерством получил права министра с передачей ему функций руководства всеми центральными учреждениями, причем сам управляющий подчинялся генерал-адмиралу. Кроме того, стремление экономить во что бы то ни стало привело к упразднению большинства департаментов и объединению всех хозяйственных дел в Канцелярии Морского министерства, превратившейся в главный орган управления ведомством. Естественно, что справляться со своими обязанностями директор Канцелярии мог только до тех пор, пока флот был невелик. Кораблестроительно-Технический департамент был упразднен, а его функции переданы Морскому Техническому комитету, ставшему коллегиальным учреждением. Получившаяся в результате структура центрального управления морским ведомством получила впоследствии название системы 1867 г.

В 1881 г. Константин Николаевич после смерти старшего брата вынужден был покинуть пост главного начальника флота и морского ведомства. Его сменил брат нового императора Александра III великий князь Алексей Александрович (1850–1908). Как и его дядю, Константина Николаевича, Алексея Александровича с детства готовили к роли будущего вождя русского флота. В 1871 г., когда великому князю исполнился двадцать один год, он был назначен старшим офицером фрегата «Светлана», на котором совершил плавание в Северную Америку, обогнул мыс Доброй Надежды, посетил Китай и Японию и побывал во Владивостоке. Алексей Александрович принял участие и в русско-турецкой войне 1877–1878 гг., наводя переправу через Дунай. 13 июля 1881 г. великий князь занял пост главного начальника флота и морского ведомства, а в 1888 г. получил чин генерал-адмирала.

Управляющим Морским министерством и правой рукой нового главного начальника флота стал вице-адмирал И.А. Шестаков (1820–1888). Его карьера сделала несколько резких поворотов. В 1836 г. гардемарин Морского корпуса, несмотря на успехи в учебе, был исключен за дисциплинарный проступок, но не оставил мечту о море и поступил юнкером в Черноморский флот в пору его расцвета. И.А. Шестаков участвовал в нескольких боевых операциях, в том числе и в высадке у мыса Адлер в 1837 г. Молодой человек был замечен адмиралом М.П. Лазаревым, стал его адъютантом, а в 1854 г. становится адъютантом великого князя Константина Николаевича и исполняет несколько важных поручений, связанных со строительством новейших кораблей как в России, так и в США. Позднее он командует русским отрядом в Средиземном море, занимает пост помощника командира Кронштадтского порта по морской части. Казалось бы, И.А. Шестакову предстоят новые высокие назначения, но в 1866 г. он оказался градоначальником в городе Таганроге, потом был два года Виленским губернатором, а затем и вовсе вышел в отставку, но в 1872 г. И.А. Шестаков снова на службе в качестве военно-морского агента в Австро-Венгрии и Италии. Когда в 1881 г. ведомство возглавил великий князь Алексей Александрович, И.А. Шестаков был вызван в Петербург и вскоре стал управляющим Морским министерством.