В начале 1880-х годов необходимость увеличения морских сил была очевидна, как и непригодность старых учреждений для руководства растущим флотом, а поэтому в 1884–1886 гг. проводятся серьезные преобразования в системе управления ведомством. Новое устройство центральных учреждений Морского министерства было введено «высочайше утвержденным» 3 июня 1885 г. «Положением об управлении морским ведомством». Впоследствии введенная этим «Положением…» структура управления получила название системы 1885 г. Иногда ее ошибочно называли системой 1884 г. или системой 1886 г.

Реформируя морское управление, тогдашнее руководство свои первоочередные задачи видело в борьбе со злоупотреблениями на местах, освобождении строевых начальников от обременительных административно-хозяйственных, «бумажных» функций и поднятии престижа «плавающего» флота. Полная хозяйственная самостоятельность портов часто приводила к закупкам предметов снабжения у поставщиков по завышенным ценам и «нехозяйственному» ведению дел. В заграничные плавания, поучительные и хорошо оплачиваемые, посылались немногие «фавориты», а большинство флотских офицеров не ходили дальше Финского залива. Стремление дать «понюхать океанской соли» как можно большему числу офицеров привело к введению так называемого плавательного ценза, когда ни один офицер не мог получить следующий чин, не проплавав определенное количество месяцев[68]. На практике же цензовая система привела к постоянным перетасовкам командного состава, чтобы пропустить через немногочисленные корабли как можно большее число кадровых военных моряков. Морской ценз требовал для получения чина мичмана не менее четырех летних плаваний и в том числе одного продолжительностью не менее четырех месяцев в звании гардемарина, то есть учащегося Морского корпуса выпускного курса. Для производства в лейтенанты было необходимо иметь в общей сложности 50 мес. плавания, включая плавание в бытность кадетом и гардемарином. Для производства в капитаны 2-го ранга требовалось 98 мес. плавания, в том числе 58 мес. (до 1891 г. требовалось 48 мес.) в чине лейтенанта. Для производства в капитаны 1-го ранга было необходимо проплавать 12 мес. старшим офицером корабля и прокомандовать не менее 12 мес. кораблем 2-го ранга в плавании. Для производства в контр-адмиралы необходимо было командовать четыре года кораблем 1-го ранга и совершить в этом звании внутреннее плавание, продолжавшееся 8 мес, или заграничное, продолжавшееся не менее 12 мес. Для производства в вице-адмиралы контр-адмирал в должности начальника отряда или эскадры обязан был совершить 12 мес. внутреннего плавания или 24 мес. заграничного. При определении цензовых сроков «день за день» считалось только пребывание на корабле в открытом море в «заграничном» плавании. Если судно стояло на якоре или плавало во внутренних водах — применялись понижающие коэффициенты. Офицеры и адмиралы не могли служить непрерывно на берегу дольше определенного срока: адмиралы — 10 лет, штаб-офицеры — 7, обер-офицеры — 4 года, по истечении которых они подлежали назначению на корабли или зачислению в запас. Одновременно с морским цензом впервые в русском флоте были введены правила о предельном возрасте. Мичман увольнялся в запас через 10 лет службы в этом чине; лейтенант — по достижении 47 лет от роду; капитан 2-го ранга — 51; капитан 1-го ранга — 55; контр-адмирал — 60; вице-адмирал— 65 лет. Первоначально правила о предельном возрасте были установлены лишь для строевых офицеров; затем они были распространены на прочие категории служащих морского ведомства[69].

Еще одним недостатком системы 1867 г. было то, что боевой флот не имел органа оперативного руководства. Незначительное по числу сотрудников Военно-морское отделение Канцелярии Морского министерства занималось исключительно вопросами «русской и иностранной статистики», то есть разведкой и сбором самых общих сведений о своем флоте. Смешение функций управления личным составом, техникой и хозяйством в Канцелярии Морского министерства породили стремление разделить эти отрасли управления, для чего необходимо было создать соответствующие компетентные органы.

Система 1885 г.[70] в целом просуществовала до октября 1911 г. Она и стала объектом реформирования в период между русско-японской и Первой мировой войнами. В середине 80-х годов XIX в. был сохранен пост генерал-адмирала как главы флота и морского ведомства, и ему непосредственно подчинялся управляющий министерством. Высшим коллегиальным учреждением, формально руководившим ведомством, был Адмиралтейств-совет, члены которого назначались царем по представлению генерал-адмирала. Председателем совета был генерал-адмирал, а вице-председателем — управляющий министерством. Совет рассматривал проекты новых законов, штатов, постановлений, наказов (кроме относящихся к судебной части), утверждал финансовую смету, разрешал отступления от утвержденных предположений по хозяйственным операциям, решал вопросы о несостоятельности подрядчиков и поставщиков, рассматривал претензии частных лиц к казне и, наоборот, решал все дела по хозяйственной части, превышавшие компетенцию управляющего министерством, исполнял функции высшего призового суда в военное время и рассматривал любые другие вопросы, вынесенные на обсуждение управляющим министерством[71]. После рассмотрения в Адмиралтейств-совете законопроекты подлежали обсуждению Государственного совета и только затем попадали к императору. В отличие от морского ведомства, существовавший в Военном министерстве Военный совет направлял свои законопроекты непосредственно царю, минуя Государственный совет. После появления в России Государственной думы неравноправие Военного и Адмиралтейств-советов вызвало ряд столкновений в Совете министров. Любопытно, что в период подготовки реорганизации Морского министерства в 1905–1911 гг. значение Адмиралтейств-совета зачастую преувеличивалось. Особенно грешили этим офицеры МГШ, приписывавшие этому учреждению «общее направление дел» в морском ведомстве, а морскому министру оставлявшие только ответственность по распорядительной части. В действительности, конечно, роль Адщиралтейств-совета была гораздо скромнее. Выдающийся кораблестроитель А.Н. Крылов, занимавший пост председателя МТК в 1908–1910 гг., характеризовал его как «по идее весьма важное учреждение, призванное к руководству флотом, а на деле последовательно сведенное если не на нет, то к решению мелочных хозяйственных дел»[72].

Говоря о других подразделениях министерства, следует назвать в первую очередь ГМШ. Этот орган был воссоздан в 1885 г. и призван руководить строевой и учебной частями и боевой подготовкой «плавающего» флота. Начальник штаба становился третьим лицом в морском ведомстве, после генерал— адмирал а и управляющего министерством. Он получал право инспекции кораблей и береговых команд. Таким образом, главные командиры флота и портов оказывались в определенной степени под надзором начальника ГМШ, хотя их взаимоотношения не были четко определены. В состав штаба первоначально входили: Военно-морской отдел и Отдел личного состава. ВМО поначалу состоял из трех отделений — Военно-морского, Распорядительного и Статистического. В 1891 г., с упразднением Морского учебного комитета, ВМО был переименован в Военно-морской ученый отдел, дополнительными обязанностями которого стало руководство учебными заведениями морского ведомства и наблюдение за изданием «Морского сборника»[73]. Позднее в его составе была образована Стратегическая часть, с возложением на нее разработки планов войны, однако в силу малочисленности она не смогла выполнить своего предназначения в 1904–1905 гг.[74] В 1894 г. предполагалось, что «Стратегическая часть должна была составлять ведомости о степени боевой готовности кораблей и состоянии пароходов Добровольного флота, и коммерческих обществ, планы их мобилизации, флотских маневров; ей предписывалось изучение новинок тактики, техники и вооружения за границей, зарубежных портов, статистики морской торговли, а также ведение дел "по приготовлению к военным действиям нашего флота в случае разрыва с какой-либо из иностранных держав"»[75].