При правильной постановке работы ВМУО его штаты и структура были бы вполне достаточны для того, чтобы нести функции Генерального штаба флота в 1880 — начале 1890-х годов, когда численный состав боевых сил был мал, а при столкновении с «морскими державами» России пришлось бы ограничиться обороной отдельных пунктов побережья и посылкой крейсеров в океан с целью нарушения вражеского судоходства. Со временем, когда к началу XX в. русский флот вырос, перед ним встали более масштабные задачи. Теперь уже можно было говорить о борьбе на равных с флотами некоторых второстепенных морских держав, например Японии. Зимой 1901–1902 гг. в Николаевской Морской академии прошла стратегическая игра для Дальневосточного театра, причем посредники пришли к выводу, что неудачные для русской стороны действия объяснялись отсутствием плана войны. 20 ноября 1902 г. начальник ВМУО контр-адмирал Андрей Андреевич Вирениус представил тогдашнему начальнику ГМШ Зиновию Петровичу Рожественскому доклад о необходимости создания при ВМУО особого Оперативного отделения, основной задачей которого стала бы разработка плана войны, «который должен представлять собою ряд заблаговременных соображений и расчетов, обеспечивающих флоту быстрый переход с мирного положения на военное и определяющий, какую первую задачу (до первого столкновения) можно преследовать»[76]. А.А. Вирениус в 1902 г. замечал, что насущная необходимость службы Генерального штаба в русском флоте появилась не более пяти лет тому назад, примерно со времени занятия Порт-Артура, когда «ясно и определенно обозначились наши три вероятных и самостоятельных театра войны»[77]. Проект пошел по инстанциям и 29 ноября 1903 г. Государственный совет одобрил изменение структуры ВМУО, император утвердил это решение 2 февраля 1904 г., на седьмой день русско-японской войны[78]. Однако на практике разделение ВМУО на Распорядительно-учебную часть и Оперативное отделение произошло несколько раньше, в самом начале 1904 г. и вскоре Оперативное отделение стали именовать Стратегической частью. Не исключено, что дополнительным толчком для инициативы А.А. Вирениуса послужила реорганизация Главного Морского штаба французского Морского министерства. 31 января 1902 г. из ведения французского ГМШ были изъяты кадровые вопросы и офицеры, служащие в этом органе, смогли сосредоточиться исключительно на разработке военных планов[79].

Первым заведующим Стратегической частью стал капитан 1-го ранга Лев Александрович Брусилов (1857–1910). Он начал службу в 1875 г., поступив юнкером на Черноморский флот, где и прослужил без малого двадцать пять лет. С 1899 г. по февраль 1904 г. Л.А. Брусилов служил на Тихом океане, а в самом начале русско-японской войны получил назначение в Петербург. В течение шести месяцев он пытался оказывать влияние «из-под шпица»[80] на деятельность боевых сил флота, но, видя безуспешность этих попыток, перевелся в действующий флот командиром броненосного крейсера «Громобой»[81]. Впоследствии Л.А. Брусилов стал первым начальником вновь образованного МГШ.

В 1904 г. в составе ГМШ появилась Законодательная часть, которая должна была разрабатывать и докладывать в Адмиралтейств-совете законопроекты, касающиеся морского ведомства. Положение Законодательной части оказалось довольно сложным: с одной стороны, ее чиновники, имевшие основательную юридическую подготовку, могли грамотно составить законопроект, но в силу незнания специфики морской службы и нюансов военно-морского управления зачастую эти законопроекты оказывались бесполезными и даже вредными для практической деятельности флота. Несмотря на это, Законодательная часть и в период преобразований 1905–1914 гг. ревниво оберегала свою монополию на законотворческую деятельность, что приводило к трениям с другими подразделениями Морского министерства.

Получил свою окончательную организацию в 1885 г. и МТК. Его председатель фактически занял пост главного судостроителя русского флота, а сам комитет был разделен на инспекции по специальностям: Кораблестроительную, Механическую, Артиллерийскую, Минную (в ведении которой находилось также и все электрооборудование на кораблях). Некоторое время существовал также Морской Строительный комитет, ведавший проектированием береговых сооружений, но в 1891 г. он был упразднен, а его дела переданы во вновь созданную Главную инспекцию строительной части МТК. В комитете разрабатывались проекты кораблей, а распределение заказов, закупка материалов, выдача нарядов на работы и другие хозяйственные дела были переданы вновь образованному Главному управлению кораблестроения и снабжения. Кроме того, ГУКИС заготавливал все предметы материально-технического и интендантского снабжения для флота — от угля до мундирного сукна и для всех портов — от Либавы до Владивостока. Система централизованного снабжения создавалась для прекращения злоупотреблений и бесхозяйственности на местах. В состав ГУКИС входили отделы: Сооружений (ведал строительством кораблей и береговых сооружений, был создан после упразднения Морского Строительного комитета в 1891 г.)., Заготовлений (заготовка любых материалов и припасов) и Счетный (составление сметы и отпуск средств)[82]. В портах аналогом ГУКИС стали портовые конторы, а функции МТК исполняли главные техники (в главных портах), старшие техники (в портах первого разряда) или техники (в портах второго разряда). Создание этого органа вызвало в начале 80-х годов XIX в. наибольшие споры. Протесты вызывала крайняя централизация и отсутствие независимого контроля над хозяйственной деятельностью ГУКИС, так как проверки Государственного контроля были достаточно формальными и не могли гарантировать хозяйственную целесообразность всех его распоряжений.

В рамках реформы 1885 г. создаются Главное гидрографическое управление, Главное военно-морское судное управление и Управление главного медицинского инспектора флота. Важную роль играла Канцелярия Морского министерства, в обязанности которой входили, кроме ведения переписки генерал-адмирала и управляющего Морским министерством, также и кодификационные работы, а ее директор по совместительству был юрисконсультом морского ведомства[83].

В целом можно сделать вывод, что система 1885 г. имела целый ряд преимуществ по сравнению с организацией морского ведомства образца 1867 г. Однако когда проводились преобразования середины 80-х годов, корабельный состав флота был еще сравнительно невелик. Эта система могла обслуживать и выросший флот рубежа веков, но только в условиях мирного времени, когда можно было более или менее точно прогнозировать потребность флота в запасах, и отсутствовала необходимость массового экстренного ремонта кораблей. Поэтому в ходе русско-японской войны прежде всего выявились недостатки материально-технического обеспечения боевых действий на море, и показали свою неподготовленность органы оперативно-стратегического руководства флотом. Их численная и интеллектуальная слабость усугублялась также непониманием большинством высших морских начальников значения и роли штаба. Еще до русско-японской войны для некоторых морских офицеров недостатки системы 1885 г. были очевидны. В частности А.Г. фон Витте предполагал, что уже в ближайшем будущем последует расширение компетенции Адмиралтейств-совета, а в его состав будут включены представители «плавающего» флота; ВМУО будет придана более четкая организация и его деятельность будет сосредоточена исключительно на разработке стратегических вопросов; в ведении МТК останется лишь решение важнейших научно-технических проблем, а частные технические и хозяйственные вопросы будут переданы в ГУКИС и в порты. Кроме того, по мнению А.Г. фон Витте, неизбежна и коренная реорганизация ГУКИС[84].