Хотя все источники связывают название Кёнигсберга с богемским королём, все же было решено проверить, не восходит ли оно к орденской крепости Mont Royal (Королевская гора) в Сирии или к Кёнигсбергу{3} в провинции Новая Марка, принадлежавшей маркграфу Отто. Заимствование названий не было чем-то из ряда вон выходящим. Хотя этим предположениям и нет доказательств, не исключено, что Орден, известный своим дипломатическим мастерством, при выборе наименования Кёнигсберг учёл все три интереса: пожелания своих двух знатных крестоносцев и собственную привычку. Чьим бы то именем ни был назван Кёнигсберг, одно известно точно: со строительством крепости начинается новый отсчёт времени. Крепость орденских рыцарей лишь локально является преемницей языческого укрепления Твангсте, где гонимые находили пристанище. Сами люди, их происхождение, образ мыслей и устремления были совсем иными. С 1255 года начинается история города Кёнигсберга как части немецкой и западноевропейской истории. Такой она оставалась до 1945 года на протяжении 690 лет.
Начало было скромным. Вместе с верными пруссами рыцари построили на месте прусских построек на юго-восточном склоне Твангсте небольшую, уходящую в землю деревянную крепость. Но уже с самого начала они намеревались соорудить на просторном западном плато горы большую каменную крепость, к строительству которой они приступили через несколько лет. От Прегеля дорога в крепость вела вверх по упомянутому ущелью с ручьём. Этот ручей, называемый Катцбах, рыцари у входа в крепость перекрыли, получив таким образом пруд, названный впоследствии Шлосстайх, из которого они отвели воду в крепостной ров и одновременно использовали энергию воды для привода в движение мельниц, которые они соорудили в ущелье, позднее названном Мюленгрунд.
У северо-восточного угла крепости, в том месте, где располагалась старая рыночная площадь, возле Янтарной дороги в Самландию возникло поселение с неравномерной планировкой. Это был ещё не город и даже не ядро запланированного любекцами торгового города, но уже civitas, укреплённое поселение, населённое дружинами и мастеровым людом Ордена и обращёнными в христианство пруссами. На его северной стороне возвышалась старейшая церковь Кёнигсберга, небольшая церковь св. Николая в Штайндамме. Вопреки своему святому патрону она была церковью не мореплавателей, а пруссов-христиан для крещения и отпевания. Так как в этом месте поселилось и несколько любекцев, из этого поселения мог бы возникнуть настоящий город, если бы не крупное восстание пруссов, резко прервавшее такое развитие.
Через пять лет после покорения Самландии — главная крепость Кёнигсберг ещё не была достроена, но с её помощью уже можно было держать оборону — пруссы восстали против людей, представлявших опасность для их свободы и веры. Сигналом послужило поражение Ордена у озера Дурбен{4} в Курляндии в битве против язычников-литовцев. Подготовленное в большой секретности восстание вспыхнуло в сентябре 1260 года. Пруссы перебили всех попавшихся им под руку христиан, захватили врасплох множество крепостей и окружили те немногие, которые оказывали сопротивление. В отличие от прежних сражений, на этот раз нам известны имена их предводителей: самов Гланде и Налубе, эрмландца Глаппо и натангенца Геркуса Монте, который хотя и получил в Магдебурге христианское воспитание, но хотел, как своего рода прусский Арминий или Верцингеторикс{5}, вернуть своему народу утраченную свободу. После того, как восставшие разбили отряды крестоносцев в Самландии и Эрмландии, они окружили в феврале 1261 года крепость и поселение Кёнигсберг. Им удалось захватить и разрушить недостаточно сильно укреплённый район Штайндамм. Часть населения укрылась в крепости, взять которую пруссам было не под силу. Другая часть была убита. Однако попытка перегородить Прегель ниже крепости провалилась. Водный путь оставался свободным. Таким образом, окружившим крепость отрядам не удалось заморить осаждённых голодом. О том, почему была снята осада, нам ничего не известно. В 1265 году пруссы без видимых причин отступили. Возможно, к тому их побудило приближение новых отрядов крестоносцев, а может быть, и сознание того, что немецких рыцарей невозможно изгнать. Напрасно предводители восставших, эти симпатичные реакционеры, противостояли такому ходу событий, которым суждено было вписать их родину в широкий контекст западноевропейской истории.
Ещё во время сражений в Кёнигсберге произошло важное изменение. Уже в 1243 году папский легат Вильгельм Моденский решил церковные дела Пруссии таким образом, что необходимо было основать четыре епископата, и один из них в Самландии. В результате после того, как епископат после начальной путаницы всё же был образован, гору с крепостью разделили между Орденом и епископом таким образом, что Орден оставил за собой место с главной крепостью, а место старейшего сооружения и кое-какие земельные владения вместе с правом совместного пользования крепостной мельницей уступил епископу. Поскольку епископ во время восстания не имел от своих владений никаких доходов, а одни только расходы, то в 1263 году он согласился на их обмен. За 50 хуф{6} в надёжной кульмской стороне и обещание оказать содействие при постройке в Самландии замка — его возвели в Фишхаузене — он передал свои владения в Кёнигсберге и в округе Ордену. В обменном договоре сказано, что гохмейстеру эта земля нужна для основания города во славу Христа и для защиты только что обращённых в христианство. Беспорядочно застроенное поселение Штайндамм восстанавливать не стали.
Город заложили на выгодном в транспортном и военном отношении, но неблагоприятном для застройки месте между крепостной горой и Прегелем. Прежде, чем на территории заложили уличную сеть в форме решетки с чётко разделёнными кварталами для построек, необходимо было осушить землю и укрепить берег. Улица Ланггассе в Альтштадте вместе с двумя параллельными улицами — Бергштрассе, проходящей по береговому склону, и Вассергассе у Прегеля — образовывала продольную ось города. Их пересекало множество коротких поперечных переулков. Два незастроенных квартала образовывали рыночную площадь Марктплатц, у которой возвышалась ратуша (рынок Альтштедтишер Маркт). Один квартал на северо-западной стороне оставили для церкви и погоста (площадь Кирхенплатц, названная позднее площадью Кайзер-Вильгельм-Платц). С южной стороны, обращённой к реке, а также с западной и восточной стороны город укрепили, но с северной, обращённой к крепости, он не был защищён. Город имел лишь трое ворот: Штайнтор на западе, Лёбенихтшес Тор на восточном конце улицы Ланггассе и Кремертор, или Коггентор, называемые ещё воротами св. Георга, через которые имелся выход к мосту Кремербрюке, старейшему в Кёнигсберге. Этот мост был собственностью Альтштадта, но находившиеся на нём лавки принадлежали Ордену. Маленькие калитки вели к рыбным мосткам Фишбрюке у Прегеля и наверх к крепости. К Альтштадту относились Штайндамм и большой участок земли вниз по Прегелю вплоть до Лавскена, на котором выросли относившиеся к городу поселение Хуфен и подворье старшего священника, названное позднее Ратсхофом; далее Лаак и Ломзе. На ещё не застроенном острове Кнайпхофе горожанам разрешили основать ластадию (от среднелатинского lastagium, что означает корабельный балласт), то есть складировать лес, сено и зерно. Город был также наделён правом рыбной ловли вверх и вниз по Прегелю вплоть до Пайзе и правом пользоваться принадлежавшим Ордену лесом.
Свой город жители строили, наверное, на протяжении примерно двадцати лет, однако вплоть до 28 февраля 1286 года нам об этом почти ничего не известно. В этот день ландмейстер Конрад фон Тирберг в торжественной обстановке вручил в крепости горожанам грамоту об основании города, в которой были закреплены права граждан, в особенности их право на самоуправление по «Кульмскому городскому праву», и которая являлась городской Конституцией. Тотчас была сформирована администрация с бургомистром во главе, муниципальным Советом и судом. 12 марта она выпустила своё первое постановление, извещавшее о штрафах за воровство. Среди первых граждан — к сожалению, нам известны имена лишь немногих — были представители известных родов, традиционно представленных в любекском магистрате, однако они были не основателями города, не партнёрами Ордена, как это было задумано ранее, а его подданными, гражданами города, основанного Орденом. Большинство новых граждан города переселилось сюда из Нижней Саксонии и Вестфалии, кроме того, были выходцы из Померании и Мекленбурга, Силезии, Приэльбских земель и прусских городов. Языком общения был, по всей видимости, нижненемецкий, однако не сохранилось ни одного документа, написанного на этом языке. Администрация пользовалась либо латинским, либо средненемецким — официальным языком Ордена.