Нет сведений и о том, был ли герб присвоен городу или он выбрал его себе сам. Герб представлял собой разделённый горизонтальной чертой щит, на верхней белой половине которого была изображена красная корона, а на нижнем красном поле — белый крест. Цвета красный и белый были, с одной стороны, общими для свободных городов, но, с другой стороны, и цветами Богемии. Красная корона была короной богемских королей, белый крест был антиподом чёрного орденского креста. На старейшей из сохранившихся печатей Альтштадта виден одетый в доспехи рыцарь с короной на голове и жезлом с лилией, не без основания считающийся изображением короля Оттокара.
Хотя резиденция епископа Самландского находилась в Фишхаузене, капитул и кафедральный собор должны были оставаться в Кёнигсберге. Поэтому Орден в своей грамоте отдал капитулу Соборной церкви юго-восточный угол Альтштадта южнее улицы Ланггассе и территорию на восточной стороне улицы Бадергассе. Капитул воздвиг там в честь святого Адальберта, покровителя Пруссии, первый кёнигсбергский Кафедральный собор, по всей видимости, деревянное строение; хроме того, построили Соборную школу и жилища для каноников. Тут же располагался и госпиталь «К Святому Духу».
Если первые городские укрепления представляли собой, видимо, один лишь земляной вал с деревянным частоколом, то в период между 1333—1350 годами жители Альтштадта приступили к замене их каменной стеной с бойницами. Стена была в среднем двухметровой ширины и девятиметровой высоты, нижняя часть её была выложена из валунов, верхняя, где была проложена оборонительная галерея, из кирпича. Примерно к 1370 году сооружение было готово. Вскоре после этого горожанам разрешили присоединить к укреплённому городу участок, находившийся западнее города (за улицей Коггенштрассе). Каменные ворота Штайнтор снесли, новую западную сторону укрепили особенно прочно и снабдили пятью массивными башнями и тремя воротами. Через ворота Штайндаммер Тор, или по-другому Николайтор, дорога вела по мосту через городской ров к Штайндамму и церкви св. Николая; ворота Ботентор, или Лаакентор, в конце продлённой улицы Ланггассе вели в Лаак; находившиеся в юго-западном углу ворота Ластадиентор с башней Пфайфентурм вели к альтштадтской ластадии. Из всех ворот и башен Альтштадта сохранилась лишь Жёлтая башня, одна из башен северо-западной стороны. Площадь Гезекусплатц, на которой она стояла, появилась много позже.
Пока горожане строили и укрепляли свой город, члены Ордена возвели свою монастырскую крепость. В отличие от существовавшего порядка застройки, здание Конвента выстроили не рядом с входной частью крепости, так называемой форбург, разделив их рвом, а внутри основных крепостных сооружений. Восточная часть, ранее принадлежавшая епископу, стала входной частью крепости и служила кроме того для хозяйственных нужд. Основные крепостные сооружения, имевшие форму вытянутого с запада на восток прямоугольника, занимали всё плато горы. Внешнее укрепление состояло из двойного кольца каменных стен с пархамом{7} между ними, с девятью чуть выступающими башнями и четырьмя угловыми башнями — двумя с северной стороны и двумя с южной. Из этих башен до новейших времён сохранилась лишь одна — восьмигранная башня Хабертурм на северо- восточном углу. Часть каменной стены сохранилась в качестве внешней стены позже перестроенного южного флигеля и нижнего этажа башни Шлосстурм. Та, в свою очередь, одиноко возвышалась над южным пархамом. В качестве сторожевой и колокольной башни и репрезентативного венца всего крепостного ансамбля она была построена, вероятно, в конце ⅩⅣ века, то есть в пору расцвета Ордена. К внешним укреплениям относилась и внушительных размеров башня Данцкер, возвышавшаяся у юго-западного угла на четырёх каменных опорах над крепостным рвом и соединённая с крепостью ходом. Здания во дворе крепости примыкали к внутреннему кольцу крепостной стены: госпиталь и приют для престарелых ветеранов Ордена — герренфирмария, а также большой амбар и другие помещения.
В западной половине большого двора возвышался замок — здание Конвента, Конвентхауз. С трёх сторон он был окружён двором, но не был отделён о него стеной и рвом. О том, что он из себя представлял, мы можем судить лишь по раскопкам 1926 года. Он имел как раз к тому времени разработанную форму прямоугольного укреплённого замка и содержал во всех своих четырёх крылах все важные для крепости помещения, прежде всего посвящённую Деве Марии капеллу и трапезную. В центре внутреннего двора находился колодец, как раз в том месте, где в 1945 году стоял насос. Подземных ходов, столь часто приписываемых легендами крепостям, в Кёнигсберге не было, если в качестве таковых не рассматривать водную канализацию. Однако герренфирмария и Конвентхауз были соединены между собой подвальным ходом под крепостным двором и переходным мостом над ним. Когда после переезда гохмейстера в Мариенбург в 1309 году была произведена реформа администрации Ордена, а Кёнигсберг стал резиденцией орденского маршала, то поверх больших погребов, впоследствии вместивших прославленное виноторговое заведение «Блютгерихт»{8}, построили так называемый маршальский дом с жилыми и служебными помещениями для маршала и его писарей. Но когда в 1457 году в эти помещения вселился гохмейстер, то весь корпус, простоявший до 1944 года, получил название гохмейстерский флигель. Позже в нём расположились восточно-прусские высшие ведомства: придворный суд, бюджетное министерство, палата военных и государственных имуществ, государственный архив. В последние годы до разрушения там хранилось выставочное собрание Кёнигсбергской государственной библиотеки.
Всякий город на землях Ордена с самого начала закладывался для определённого количества граждан. Его территория равномерно делилась на дворовые участки, и когда на плане все клетки были заняты, город считался как бы построенным. Ни путём деления дворов, ни с помощью расширения города нельзя было увеличить количество его граждан. Вновь прибывающие могли снять жильё в городе или же временно обосноваться непосредственно у его ворот, однако гражданских прав они тем самым не приобретали. Для этого необходим был новый правовой акт правителя, т. е. рядом со старым городом необходимо было заложить новый. Так было принято на землях Ордена, таков же был порядок и за пределами Пруссии, и не надо видеть в этом положении одно только недоверие по отношению к слишком быстрому росту города. Оно отвечало представлениям того времени о порядке. В Кёнигсберге основание нового города стало необходимостью уже через четырнадцать лет после вручения Альтштадту учредительной грамоты.
По обе стороны дороги, ведшей через принадлежащую крепости нижнюю мельницу к Прегелю, то есть на землях Ордена, поселился мелкий люд, и среди них множество ткачей, переселившихся сюда, видимо, из Торна. Кёнигсбергский комтур пожаловал поселению своей грамотой от 27 мая 1300 года городские права и хотел назвать его Нойштадт, то есть Новым городом, но верх взяло всё же прусское наименование Лёбенихт. Как и Альтштадт, новый город получил «Кульмское городское право», кроме того, скромные земельные владения, право рыбной ловли и пользования лесом. Герб изображал золотую корону между двумя серебряными звёздами на синем фоне. Город лежал не на берегу Прегеля, а на склоне горы. Такое местоположение заставило отказаться от обычной планировки. Продольную ось на месте литовского торгового тракта образовала улица Лёбенихтская Ланггассе. Она являлась продолжением не Альтштадтской Ланггассе, а улицы Бергштрассе, а так как та заканчивалась стеной без единых ворот, то Лёбенихтская Ланггассе должна была сделать крутой изгиб (улица Крумме Трубе), прежде чем влиться в восточное окончание Альтштадтской Ланггассе. У этого изгиба располагались маленькая рыночная площадь и ратуша. Ланггассе тянулась на восток до ворот Кольтор, или иначе Закхаймер Тор. Через них дорога вела к деревне Закхайм и далее в Литву. Эти ворота не следует путать с построенными позже воротами Закхаймер Тор на восточной окраине пригорода Закхайм. Улица Обергассе, заканчивавшаяся у ворот Крёнхентор, или иначе Росстор, являлась главной улицей Оберштадта, Верхнего города. Там находилась городская церковь, строительство которой началось в 1334 году. У неё было два покровителя: Иоанн Креститель, заступник ткачей, и св. Барбара, особо почитаемая Орденом. В дальнейшем прижилось название Барбаракирхе.