После ранней смерти Иоахима Фридриха Иоганн Сигизмунд вынужден был платить за преемничество в Пруссии новыми уступками, как-то: выплатой ежегодной дани, введением григорианского календаря{49}, расширением апелляционного права, строительством в Кёнигсберге католической церкви. После долгих переговоров курфюрст добился в 1611 году ленного права на Пруссию, но сословия не спешили присягнуть ему на верность. Присягнули граждане Кёнигсберга новому удельному князю лишь 16 октября 1612 года. Их сопротивление было вызвано не только гражданским эгоизмом, но и непритворной озабоченностью о сохранении лютеранского учения. Согласно Люблинской привилегии 1569 года в Пруссии признавалось действительным лишь Аугсбургское{50} (лютеранское) исповедание. Но герцог к тому времени перешёл к кальвинистам, а католический верховный сюзерен стремился в ходе контрреформации восстановить католицизм во всех подвластных ему землях.
В это время евангелические церкви в Риге и Торне, а вскоре и в Эль-бинге были вновь преобразованы в католические, а в 1611 году польские комиссары потребовали у ландтага передачи им двух лютеранских церквей Кёнигсберга. Лишь после того, как сословия отклонили это требование, было достигнуто соглашение о строительстве новой церкви. Город под неё землю не выделил, и курфюрст возвёл её на собственной земле и на собственные средства в слободе Закхайм, неподалеку от церкви св. Елизаветы. В декабре 1616 года она была освящена епископом Куявийским. Так как она являлась единственной католической церковью во всём бывшем епископстве Самландском, папа Римский передал её в ведение епископству Эрмландскому и назначал туда священниками в основном выпускников браунсбергского лицея Lyzeum Hosianum. Так как католики жили разбросанно по всему городу, то их община была первой, которая была организована по персональному принципу. Первоначально среди прихожан было мало зажиточных граждан, большинство принадлежало к нижним слоям общества. Эту церковь посещали и приезжавшие в город поляки-католики, поэтому было поставлено условие, чтобы священник умел читать проповеди по-польски. Но сама католическая церковь не была польской. Ещё в 1644 году епископ Эрмландский не признал предложенную ему кандидатуру священника на том основании, что тот не говорит по-немецки, а кёнигсбергская католическая община в большей степени является немецкой, чем польской.
Для кёнигсбергских лютеран кальвинисты являлись более опасными противниками, чем католики. Переход курфюрста к кальвинистам вызвал бурю возмущения во всей Пруссии, в особенности, и это естественно, среди духовенства и в университете. Профессора и священники в своих полемических статьях и проповедях ожесточённо выступали против реформатской «чумы», хотя поначалу в Кёнигсберге кальвинистов было немного. В основном это были чиновники и придворные, а также голландцы и шотландцы. Они не имели собственной церкви. Молодой придворный священник-кальвинист Иоганн Кроциус в 1616 году провёл первую реформатскую службу в одном из маленьких помещений замка, а через полгода впервые совершил причастие по реформатскому ритуалу.
Неудачливый и отошедший от деятельной жизни, в августе 1618 года умер Альбрехт Фридрих. Уже через год Иоганн Сигизмунд передал правление своему сыну Георгу Вильгельму. Тому удалось после первых трудностей добиться признания сословий и наделения леном. Он был молод, но слаб здоровьем и слабоволен. Наследство, которое он принял, оказалось ему не по силам. Хотя он и подарил своим единоверцам-кальвинистам в 1629 году позади каретного двора участок под кладбище, однако из-за возмущения духовенства, которое не желало христианских похорон для «еретиков», и против воли сословий, которые по этому поводу даже пожаловались королю Польши, он не смог осуществить данный замысел. Только после его смерти и после того, как лютеранских пасторов заверили, что там не будут читаться проповеди и произноситься надгробные речи, они смирились с мыслью о таком кладбище.
Без участия Георга Вильгельма приняли городской устав, «Трансакцию 1620 года», которая целое столетие определяла внутреннюю жизнь Кёнигсберга. С её помощью после долгих споров и при посредничестве прусского придворного суда удалось сгладить противоречия между муниципалитетами и горожанами. Советники и судебные заседатели выбирались, как во времена Ордена. Новым стало лишь то, что городской секретарь — этот титул носил отныне городской писарь — приводил к присяге, а обербургграф её только утверждал. Однако, теперь обербугграф подносил советникам морселлы и рейнское вино, как это раньше делал комтур. Каждый новый гражданин давал присягу, касаясь поднятым пальцем шляпы бургомистра.
В «Трансакции» впервые стали различать «граждан в собственном понимании», как это позднее называлось в земельном праве, и «подзащитных родственников». Последние давали клятву подзащитных родственников и находились под покровительством полиции города, но не имели права вести собственное дело. К их числу относились подмастерья и ученики ремесленников, слуги и служанки, батраки и работники, уволенные солдаты и разный бедный люд. Кроме них имелись и пришлые: иногородние торговцы, коробейники, «подвальные» шотландцы и моряки, продававшие свои товары прямо на корабле или разнося их по улицам. Они имели право находиться в городе только в период навигации, длившейся с 1 мая до 1 ноября. В старые времена это относилось и к торговым представительствам, однако они уже давно имели в хозяйственной жизни города такое значение, что путём запретов их уже нельзя было вытеснить из городов. В своём большинстве это были голландцы и англичане. Многие из них уже давно жили в Кёнигсберге, тесно породнились с бюргерскими семьями и не воспринимались как чужие.
Торговая юрисдикция, так называемая «ветте», по-прежнему вызывала много споров. Муниципалитет и купцы хотели иметь общую «ветте», то есть один для всех трёх городов генеральный торговый суд. Курфюрст и ремесленники это требование отклоняли, так как боялись усиления власти муниципалитетов. Поэтому возобновился старый союз между верховной государственной властью и цехами ремесленников. Лишь в 1670 году было выработано общее положение, касавшееся как иногородних торговых представителей, так и «ветте».
Рисовальщик и гравёр по меди Иоахим Беринг в 1613 году выгравировал вид города Кёнигсберга с высоты птичьего полёта, посвятив своё произведение курфюрсту Иоганну Сигизмунду. Поэтому оно впоследствии попало в прусский Государственный архив и пережило там все превратности судьбы. При сравнении гравюры Беринга с так называемым «планом Брауна»{51} видно, насколько Кёнигсберг разросся, стал богаче. Башни и церкви построены с размахом, дома стоят тесно друг к другу фронтонами на улицу. Мосты Кремербрюке и Шмидебрюке с обеих сторон усеяны будками, лишь в середине имея свободные разводные платформы, которые открывались, если надо было пропустить корабли с мачтами. Лишь свайный мост Кёттельбрюке не имел развода. Морские корабли бросали якорь у ластадий, ниже мостов. Возле ворот Грюнес Тор возвышалось здание Биржи на вбитых в реку сваях. С тех пор, как в Кёнигсберг регулярно прибывали верховые вестовые, купцы собирались в том месте, где в город въезжал конный почтальон — у ворот Грюнес Тор, — чтобы взять у него свою корреспонденцию. Это место было удобным и для заключения сделок. Поэтому решили построить для этого специальное здание. Так как оно должно было служить всем купцам, его нельзя было построить на земле города Кнайпхофа. Выход нашли, построив здание над Прегелем, принадлежавшем не городу, а удельному князю. Биржа простояла на этом месте до 1875 года. Одно время Альтштадт имел собственную биржу на своей ластадии, то есть там, где товары и новости прибывали водным путем. В 1717 году её перестроили и разместили там вагу, назвав её Красной («Rote Waage»).