Напряжение усилилось до такой степени, что горожане осадили крепостные валы, а ночью ввели патрулирование улиц. Тем временем Роту удалось тайно выехать в Варшаву, где он выступил представителем прусских сословий, а затем, несмотря на охрану дорог, так же незаметно вернулся в город. В глазах курфюрста действия Рота являлись явной государственной изменой. Королю Иоганну Ⅱ Казимиру прусская оппозиция сама по себе была желательной, и он заверил кёнигсбержцев письмом с печатью, что полностью их поддерживает. Предоставить запрашиваемую ими военную помощь он, однако, не может, так как тем самым он бы нарушил Велауский договор и Оливский мир. Но он надеется на открытое восстание сословий против курфюрста. Судя по всему, оно действительно назревало. Граждане трёх городов, поверив письму короля, в котором тот обещал взять их под защиту, собрались в соборе и составили встречное союзническое послание, обещая держать сторону Польши. Дни «Прусского союза», казалось, возвращались вновь. Лишь сомнения представителей некоторых цехов помешали всему собранию в целом тотчас же присягнуть Союзу. До запланированного второго собрания дело не дошло, так как наместник и верховные советники срочно призвали бургомистров запретить такие сборища, а альтштадский присяжный заседатель уже перешёл на сторону муниципалитета. Но все старания верховных советников достичь в последующие недели согласия с общинами были безуспешны, и схватить Рота им также не удалось. В конце концов курфюрст решил отправиться в Кёнигсберг сам. Фон Шверин уже давно просил его об этом. 18 октября курфюрст с двухтысячным войском прибыл в Пиллау, а 25 октября вошёл в Кёнигсберг. Хотя Рот и говорил с издёвкой, что он сам в этом случае пошёл бы на поклон к курфюрсту, однако при виде этой мощи мужество населения заметно ослабело, и народ принял даже участие в чествовании курфюрста при вступлении в Кёнигсберг. Тот пригласил в замок членов муниципалитета всех трёх городов, предварительно выставив на Замковой площади 3000 солдат в полной боевой готовности. Пушки Фридрихсбурга также были направлены на город. Советники пришли и подчинились курфюрсту. В тот же день Рот был арестован. Полковник фон Хилле поскакал с сотней драгун в Кнайпхоф. Всё выглядело как при сопровождении военного обоза, однако повозки у дома Рота были умышленно сбиты в кучу, чтобы таким образом перегородить улицу. Рот, услышав шум, неосторожно показался в окне, драгуны тут же ворвались в дом, связали хозяина и на повозке доставили в замок. Советник курфюрста Фридрих фон Иена сообщил сословиям об аресте, и те повиновались. Восстание было предотвращено.

Курфюрст назначил большую комиссию. В течение ноября она четырежды допросила Рота, признав его по некоторым пунктам виновным, однако приговор не вынесла, так как в её задачу входило расследование, а не суд. Процесс, который должен был за этим последовать, не состоялся. Курфюрст считал неуместным в связи со своим суверенным правом подвергать законность своей позиции и политики дополнительному судебному контролю. Он охотно выпустил бы Рота на свободу, если бы тот согласился признать свою вину и попросил бы о помиловании. Но Рот этого делать не хотел и не мог, так как был убеждён в своей правоте, а тому, кто прав, не пристало просить у того, кто не прав, о пощаде. 16 лет, до самой своей смерти, он находился в заключении под не очень строгим режимом. Его сын поступил на польскую службу и был секретарём воеводы Михаила Вишневецкого, ставшего впоследствии королём.

Иеронимус Рот принадлежит к наиболее известным, но не великим личностям в истории Кёнигсберга, потому что был не движущей силой, а её тормозом. Он не был изменником ни по отношению к лютеранству, ни по отношению к народу. Его связи с Польшей имели скорее всего политическую, чем национальную подоплёку. Он являлся честным человеком, и никто не откажет ему в уважении, которого заслужила его судьба.

С устранением Рота путь к переговорам стал свободен. Но понадобилось ещё десять месяцев, прежде чем решились все спорные вопросы. По многим позициям курфюрст уступил. Он закрепил за Кёнигсбергом его привилегии. В октябре 1663 года желанное соглашение было достигнуто. 17 числа присягнули советники и высшие чиновники, а днём позже в замке давали коллективную присягу горожане. После торжественного молебна курфюрст взошёл на подест, и на троне, оббитом красным бархатом, принял присягу. Вокруг него стояли земельный хофмейстер, держа курфюршескую красную шляпу, обшитую горностаем, обербургграф с мечом курфюрста, канцлер с жезлом и верховный маршал с маршальским жезлом. Все знатные люди, чиновники и представители городов давали личную клятву, повторяя её за секретарём курфюрста Фабианом Калау. День завершился народным гуляньем. На площади перед замком из сооружённой здесь фигуры орла текло вино, а камергеры разбрасывали среди людей золотые и серебряные памятные монеты. Празднование продолжалось угощениями, фейерверками, медвежьей охотой и в последующие дни. Завершилось оно в Альтштадтской ратуше роскошным обедом, который дал город в честь курфюршеской четы. Тем самым был закреплён мир между полновластным сувереном и его столицей.

18 октября 1663 года началась новая эпоха в истории Пруссии, а значит, и Кёнигсберга. Пруссия заметно отошла от союза с польским государством и теснее скрепила его с Бранденбургом. Но до образования из двух земель единого государства было ещё далеко. Ещё долго властвовали в Кёнигсберге по соседству прусские герцогские и бранденбургские курфюршеские чиновники. И всё же Пруссия в своём внутреннем развитии стала шагать в ногу с Бранденбургом. Она избрала не польский путь дворянской республики, который вёл к упадку, а совместно с Бранденбургом шла к абсолютизму и тем самым к укреплению государства. В 1663 году Пруссия была ещё далека от абсолютистского государства, но вехи к нему уже были расставлены. Новый путь дался кёнигсбержцам нелегко. Они не стали ни княжескими холопами, ни бранденбуржцами. Они сохранили сильное прусское самосознание, но должны были учиться думать в масштабах возникающего единого государства.

Мир между курфюрстом и его подданными ещё раз подвергся испытанию, когда шведы в ноябре 1678 года вторглись в Пруссию со стороны Лифляндии и быстро продвинулись к Кёнигсбергу. Граждане его, несмотря на призывы готовиться к обороне, не имели большого желания защищаться. Многим из них лютеранский швед был ближе, чем исповедующий кальвинизм властелин. Бранденбургский корпус численностью в 5000 человек вошёл в город, но был слаб, чтобы прогнать шведов из Пруссии. И тогда курфюрст в январе 1679 года лично прибыл в Кёнигсберг с 9000 солдат. Переход от Вислы до Прегеля он совершил за шесть дней, последний отрезок пути на санях по льду залива. В Кёнигсберге он пробыл только два дня, ожидая, пока население соберёт 300 саней, затребованные хлеб, пиво, ячмень и овёс. После этого он отправился в путь, чтобы знаменитым маршем через Куршский залив выйти на шведов и освободить Пруссию.

Этот блестящий успех заставил недовольных примолкнуть. Граждане города прониклись уважением к курфюрсту, как к Божьему посланнику, а возможно, и полюбили, как отца страны, за его заслуги. Главное — он сохранил мир, что является лучшим доказательством правомерности любого правления. Религиозные споры, бывшие всё ещё на переднем плане в сознании людей, курфюрст, достигший суверенитета страны, мог решать совсем по-другому, чем ранее. Он сохранил равноправие католиков и распространил на них гражданские права, допустил к учёбе в университете. Лишь профессорами они не имели права стать. Альбертина по-прежнему оставалась «питомником чистого учения».

Труднее было отстоять равноправие кальвинистов, которые после Вестфальского мира^{65} стали официально признанной конфессией. И всё же маленькая община сумела утвердиться, так как курфюрст и его наместник Радзивилл исповедовали эту религию. В трудных переговорах Фридрих Вильгельм достиг согласия сословий на строительство реформатской церкви в Кёнигсберге. Выдвигалось условие, что она будет находиться не в городе, а за его пределами, и останется единственной реформатской церковью Пруссии. Место нашлось на территории бывшей бойни, принадлежавшей курфюрсту. Начало строительства всё время откладывалось, и первый камень заложили лишь в 1690 году. Принадлежавшая церкви латинская школа была впоследствии преобразована в Бурггимназию. В университет кальвинисты ни в качестве учителей, ни в качестве студентов не допускались, однако в верховных судах они с 1663 года были представлены в качестве заседателей.