В Кёнигсберге существовало четыре группы служителей культа: орденские священники, Соборный капитул, городское духовенство и монахи и монахини. Резиденция епископа находилась в Фишхаузене, и в Кёнигсберг он наведывался лишь по случаю особых событий, но большинство епископов хорошо знало город, так как долгие годы они являлись настоятелями собора, прежде чем были возведены в сан епископа. Соборный капитул, в который входили также представители палат от Заалау и Кведнау, состоял из старшего священника, декана и четырёх каноников, являвшихся и официальной властью, и хранителями церковной документации и имущества, и схоластами. Он являлся корпоративным ведомством Ордена, т.е. каноники были одновременно и членами Ордена. Капитул назначал священников собора и был покровителем Альтштадтской приходской церкви, Орден был патроном лёбенихтской церкви. Каждый из трёх городов имел лишь одну приходскую церковь, каждая гражданская община была таким образом и религиозной общиной. Во всех церквах имелись капеллы и алтари, пожертвованные братствами и гильдиями и посвящённые определённым святым. Кроме трёх городских церквей и орденской церкви в крепости имелось ещё две маленьких церкви без паствы в слободах — уже упомянутая церковь св. Николая в Штайндамме и церковь Святого Крещения на окраине Замковой слободы у рынка Россгертер Маркт; кроме того, капеллы в монастырях, госпиталях и в домах призрения. Духовенство, как и во всех средневековых городах, было многочисленным. Наряду с богатыми священнослужителями было и большое количество бедных викариев, капланов и католических священников, служивших только мессу. Церковная жизнь была, как и повсюду в те времена, разнообразной. Кёнигсбержцы отмечали многочисленные церковные праздники, участвовали в процессиях, покупали индульгенции и совершали паломничества. Отдельные паломники отправлялись к знаменитым святыням Западной Европы и в Иерусалим.
В этой палитре духовной жизни почти отсутствовала одна краска — монастыри. Монахов и монахинь, преподававших в школах и создававших в тиши своих монастырей рукописи и всякого рода произведения искусства, в Кёнигсберге можно было сосчитать по пальцам. Ведь Орден сам являлся духовным объединением и не терпел поэтому в своих городах монастырей, не основанных им лично. В Кёнигсберге долгое время существовал всего лишь один женский монастырь, основанный гохмейстером для одной аббатисы и двенадцати монахинь в 1349 году в ознаменование победы в битве с литовцами. Построен он был около города Лёбенихта на землях Ордена, вероятно, на месте бывшего рыбацкого поселка Липник, и щедро наделён земельными угодьями и правом попечительства над несколькими церквами, расположенными неподалеку от города. Первые монахини прибыли из монастырей Кульма и Торна и жили по уставу св. Бенедикта Нурсийского. В дальнейшем поместное дворянство определяло туда своих оставшихся не замужем дочерей. Монахи появились в Кёнигсберге незадолго до Реформации. В 1517 году из Велау в Кёнигсберг был переведён монастырь францисканцев{13}, под который в 1521 году отвели место рядом с женским монастырём; на этом месте, называвшемся с тех пор Мюнхенхофом (монашеское подворье), им было наказано построить монастырь. Он был, несомненно, очень маленьким и бедным. Ещё менее значимым был третий монастырь, находившийся в том же районе между Альтштадтом и Лёбенихтом и разместившийся в бывшем частном доме. Так как его монахинями были терцианки{14}, или Серые Сёстры, то и монастырь получил название Серый монастырь. Его обитательниц называли ещё «монахинями-коклюшками» — по всей вероятности, они занимались плетением кружев на коклюшках. Впервые упомянутые в 1409 году общины бегинок{15}, из числа которых в Альтштадте было две, а в Кнайпхофе и в Лёбенихте по одной, монастырями не являлись. Бегинки жили под началом ими же выбранной наставницы и по уставу, но могли в любое время выйти из общины. На своё существование они зарабатывали рукоделием, уходом за больными и всевозможными другими услугами.
Забота о больных и бедных относилась к первоочередным задачам Ордена. В каждой крепости имелась так называемая фирмария для господ (герренфирмария), в которой доживали свой век старые и немощные рыцари, а также фирмария для слуг. В Кёнигсберге она располагалась в нескольких домах между крепостью и прудом Шлосстайх, где находилась и церковь Марии Магдалены. В ней, по преданию, был похоронен павший в битве при Рудау{16} маршал Ордена Хеннинг Шиндекопф. Для старых и больных граждан Орден во всех своих, городах содержал госпитали «К Святому Духу». В Кёнигсберге такой госпиталь находился, как уже было сказано, в Альтштадте. Второй госпиталь Орден построил в своей слободе Закхайм и посвятил его похороненной в Марбургской орденской церкви святой Елизавете, покровительнице бедных. Он скорее был не лечебным заведением, а приютом для попрошаек и бездомных, где останавливались и литовские плотогоны, сплавлявшие вниз по Прегелю лес для Кёнигсберга и остававшиеся в городе на несколько недель. Они посещали богослужения в госпитальной церкви. Город Альтштадт тоже имел два госпиталя: св. Мартина за городской стеной, на месте позже возникшей площади Гезекусплатц, и св. Георга, или иначе св. Юргена. В госпиталях св. Георга в средние века содержались прокажённые. Так как проказа была заразной и неизлечимой болезнью, то больные были изолированы и предоставлены самим себе, но благодаря этой обособленности пользовались относительным самоуправлением. Кёнигсбергский госпиталь св. Георга располагался далеко за пределами города, в Дальнем Пригороде напротив того места, где заканчивался переулок, названный позже поэтому Госпитальным. В Ближнем Пригороде располагался относившийся к городу Кнайпхофу госпиталь св. Антония. После пожара 1550 года его не стали восстанавливать. Город Лёбенихт не имел собственного госпиталя. Заведение, именуемое позднее лёбенихтским госпиталем, имело другое происхождение.
Церковная и социальная деятельность тесно переплетались друг с другом. Для оказания помощи ближнему при жизни и на смертном одре духовенство и миряне действовали сообща, особенно в обществах, братствах и гильдиях. Выделялись «Братства, или Гильдии страждущих и бедных», которые заботились не о членах своей гильдии, а о приезжих. В средневековых городах не было постоялых дворов. Орден размещал своих гостей в собственных помещениях или же снимал их у состоятельных горожан. Прибывшие по торговым делам купцы жили у своих компаньонов, подмастерья — в общежитиях для подмастерьев. Люди, не имевшие никаких средств, связей и знакомств, брались под опеку «Гильдией страждущих и бедных». Они имелись во всех трёх городах, и в ведении каждой из них находился приют для бедняков. Все три приюта находились у ворот за пределами города и имели свои алтари.
В средние века каждый имел своё место в обществе. Только там он что-то значил; лишь в обществе, членом которого он был, он мог существовать. Определяла это место профессия, способ зарабатывать на хлеб, или, как тогда ещё говорили, «питание». И тут горожанам открывались лишь две возможности: торговля или ремесло и промысел. Расслоение общества на богатых и бедных произошло уже после падения Ордена. Много споров и большой находчивости потребовало решение проблемы торговых компетенций: можно ли запретить купцам торговать изделиями ремесленников, а тем, в свою очередь, производить товары сверх полученного заказа про запас, а затем торговать этими излишками. Неясным оставалось при таком разграничении место мелких торгашей и спекулянтов, уличных торговцев, проживавших в Замковой слободе купцов и ремесленников (так называемых «чердачных зайцев»{17}), не состоявших в цехах и гильдиях и не бывших гражданами городов, но составлявших немалую конкуренцию горожанам. Купцы каждого города объединялись в гильдии, а ремесленники — в цехи и союзы. Солодильщики и владельцы домов с привилегией на пивоварение относились к обоим сословиям. В маленьком Лёбенихте, где было мало купцов, они относились к верхним слоям общества. Зачастую солодильщики и купцы состояли в одной общей гильдии. Городских патрициев в смысле сословного разделения семей, достойных быть представленными в муниципалитете от горожан, здесь в юридическом смысле не существовало. Однако членов Совета города и бургомистра избирали обычно не из общего числа граждан, а из более именитых и известных семей города.