Однако вместе с развитием сахарной промышленности стал расти и акциз на сахар – прибыль царской казны. Но этот высокий налог платили не предприниматели, а население, так как сахарозаводчики вкладывали его в себестоимость и тем повышали цену продукции. В 1877 году цены на сахар выросли с 3 руб. 50 коп. до 7 руб. 50 коп. за пуд. Прибыльность сахарного бизнеса вызвала небывалый рост производства сахара. В результате рынок был перенасыщен им. В этих условиях сами сахарозаводчики обратились к правительству с просьбой в законодательном порядке сократить размеры производства отрасли. Понимая, что сахарный рынок находится в шатком положении, самые крупные из них, в том числе и И. Г. Харитоненко, выступили в 1887 году с инициативой создания сахарного синдиката, который бы регулировал рост промышленности, цены и объемы продукции, вывозимой за границу. По договоренности членов синдиката они были обязаны вывозить часть сахара за границу, но этот вывоз прекращался, как только цена на него падала до 4 руб. 50 коп. за пуд. За неисполнение договора, за каждый пуд не вывезенного сахара платилась неустойка в течение восьми недель. Так частные предприниматели пришли к необходимости обязательного регулирования «сахарной политики» в масштабах не только собственных экономий, но и государства в целом. Это во многом оздоровило положение на сахарном рынке. Но уже спустя 4 года после смерти Ивана Герасимовича Харитоненко многие сахарозаводчики стали уклоняться от обязательного вывоза сахара, и государство снова взяло в свои руки установление норм его производства для внутреннего рынка и норм производства на каждом заводе. И Павел Иванович Харитоненко, наследник одной из самых больших в Украине «сахарных держав», едва приняв на себя бразды управления, оказался лицом к лицу с государственной монополией. Но, несмотря на молодость и отсутствие опыта самостоятельного управления крупной фирмой, он сумел выйти победителем как из противостояния с государственным аппаратом, так и в жесткой борьбе с такими сильными конкурентами на сахарном рынке, как Терещенко, Яхненко-Симиренко, Бродские и Хряковы.

Единственный сын Харитоненко-старшего, Павел, родился 5 января 1852 года в городе Сумы. Для его воспитания и образования родители средств не жалели: на дом приглашали лучших учителей, благодаря чему юноша к 17-ти годам получил образование, значительно превышавшее объем среднего учебного заведения. После этого отец отправил его в Германию, где юноша в течение двух лет посещал вольнослушателем лекции в Гейдельбергском университете и получил фундаментальные знания в области экономики и естественных наук. В частности, здесь он основательно изучил химию, математику и даже философию.

После возвращения в родной город Павел Иванович занял свою первую общественную должность – почетного попечителя епархиального училища. Через несколько лет его изберут церковным старостой Свято-Духовской церкви Александровской сумской гимназии. На этом посту он пробудет почти 30 лет, до конца своей жизни.

Одновременно с этим Павел Иванович тщательно и вдумчиво под крылом отца вникал во все тонкости хозяйственного механизма фирмы. Вскоре Иван Герасимович стал поручать ему вести самостоятельно некоторые направления ее деятельности. Уже в апреле 1870 года он участвовал в торговых операциях с курскими партнерами Торгового дома Харитоненко. Как и отец, Павел постоянно работал над модернизацией производства, отслеживал новинки в ведении сельского хозяйства.

После смерти Ивана Герасимовича молодой предприниматель, согласно завещанию, унаследовал 6/7 части его имений и предприятий. Первым делом он заплатил все долги фирмы по текущим платежам земельным банкам (120 тыс. рублей), а затем начал расширять и модернизировать свое хозяйство. Павел Иванович закупает новую технику, внедряет более совершенную технологию выращивания сахарной свеклы и производства сахара. Так, на Новоянковском сахарном заводе Харьковской губернии впервые в мире (!) им была внедрена выпарная установка под давлением, которая привела к экономии топлива путем максимального использования вторичных паров при нагревании сока и варки сахара. При этом ни качество, ни цветность сахара не ухудшались, а кроме того, полностью исключалось его попадание в конденсированные воды.

Уже в 1894 году Харитоненко-младший покупает Угроидский сахарный завод и 3,7 тысячи десятин земли, потом Янковорожский и Парафиевский заводы вместе с прилегающими к ним посевными площадями. В большинстве хозяйств он организовывает с целью проведения агрономических изысканий опытные поля и селекционные станции. Наиболее продуктивные станции были открыты им в Николаевском имении и на базе Парафиевского завода. Последнюю он организовал в 1897 году, назвав в честь отца Ивановской. Здесь проводилась обширная программа исследований по актуальным вопросам общего земледелия и свекловодству, организовывались научные семинары для специалистов-аграриев и управляющих заводами.

Для вывоза своей продукции Павел Иванович активно использовал железнодорожный транспорт. После открытия в 1895 году железнодорожной линии Боромля – Лебедин он прокладывает узкоколейку Кириковка – Ахтырка, по которой ежегодно отправляет около двух миллионов пудов зерна и продукции Янковорожского сахарного завода. А в 1911 году проводит железнодорожную линию от станции Амбары к Николаевскому сахарному заводу для доставки на него сырья, дров, угля и вывоза оттуда сахара и жома.

Благодаря четкой и научно обоснованной работе всех своих предприятий молодому сахарозаводчику за короткий срок удалось утроить состояние, полученное от отца: если в 1892 году общая его стоимость составляла свыше 5 млн рублей, то уже в 1909 году она превысила 15 млн рублей. Все это время сахарозаводчик постепенно увеличивал количество своих предприятий, скупая их у местных помещиков или переводя в собственность арендуемые заводы. В 1904 году, после смерти матери Натальи Максимовны, Павел Иванович получил в наследство Николаевско-Выривский сахарный завод, а в 1906 году купил контрольный пакет акций Циглярского сахарного завода в Полтавской губернии. Особенно много новых предприятий появилось у Харитоненко в Харьковской губернии: к 1914 году ему принадлежало уже 10 сахарных заводов. Все это давало ему возможность поставлять сахар не только в центральные, но и в отдаленные районы Российской империи (Сибирь, Дальний Восток), а также за границу. Харитоненко мог диктовать рыночные цены на свою сладкую продукцию, ибо снабжал ею чуть ли не полстраны. При этом еще больше возросло ее качество: предприятия сахарозаводчика получали высокие награды на промышленных и сельскохозяйственных выставках, а на Всемирных выставках в Париже (1900) и в Глазго фирма имела собственные павильоны, спроектированные известным архитектором Федором Шехтелем. К Харитоненко приезжали за опытом делегации из Германии, Франции, Великобритании. В 1914 году его избрали председателем рафинадного синдиката России.

В результате отличной и слаженной работы фирмы «Харитоненко и сын» изображение двуглавого орла на продукции, разрешение на которое Иван Герасимович получил в 1882 году, Павел Иванович в 1896-м удвоил. А ведь наличия двух золотых орлов, что являлось наивысшей степенью отличия фирмы, удостаивались очень немногие предприниматели!

Высокое качество продукции, производимой сахарными заводами П. И. Харитоненко, во многом обеспечивалось благодаря научно обоснованному подходу предпринимателя к выращиванию сахарной свеклы. Будучи большим энтузиастом сельскохозяйственной науки, он хорошо понимал важность научных исследований в этой области и потому постоянно привлекал к исследовательским работам в своих экономиях высокообразованных специалистов. Еще в 1887 го ду Павел Иванович организовал в Михайловской усадьбе первое опытное поле, которое просуществовало до 1895 года. Работой на нем руководил известный ученый, профессор А. Зайкевич. По инициативе Харитоненко в 1893–1894 годах были основаны еще два опытных поля. Как уже упоминалось, в 1897 году неподалеку от города Ахтырка (ныне Сумской области) он организовал опытно-селекционную станцию, названную в честь отца Ивановской. Первым директором ее стал видный ученый Я. М. Жуков. Специалисты станции на основе многолетних опытов вырабатывали оптимальные севосменные приемы, позволяющие расширять воспроизводство плодородия и влагосодержание грунтов, улучшать их обработку, совершенствовать технологии выращивания высоких урожаев сахарной свеклы и зерновых культур. Занимались они также выведением и изучением сортов разных сельскохозяйственных культур, анализом почв и удобрений, разработкой агротехнических приемов выращивания растений. Для этого на станции был создан лабораторный корпус, помимо лабораторий имеющий свои теплицы и опытные поля, площадь которых достигала около 90 га.