28 октября Александр поселяется в замке Сант-Анджело. В этот же день, по странной случайности, полиция посадила в карцер подземелья бывшего личного секретаря понтифика архиепископа Козенца Бартоломео Флореса, предварительно лишенного церковного сана. Арестованный 14 сентября прелат был приговорен к пожизненному заключению 13 октября, после того как сознался, что вместе с тремя из своих служащих он изготовил более 3000 фальшивых булл. Один из этих актов разрешал монахине из Португалии, особе королевской крови, покинуть монашеский сан и вступить в брак с внебрачным сыном покойного короля. Другой позволял священнослужителю жениться, сохранив свой сан. Большинство предоставляли освобождение и возможность незаконно получить богатые бенефиции. За такую торговлю, чрезмерно практиковавшуюся в папской канцелярии, Флорес был замурован в подвал мавзолея императора Адриана, ужасный каземат Сан-Марокко. В рубахе из грубой парусины и зеленом плаще с капюшоном архиепископ-фальсификатор дожидался там своей смерти.

С верхнего этажа, где в роскоши жил папа, он приказал приносить пленнику каждые три дня немного хлеба и воды и давать ему немного масла, чтобы тот мог читать Библию, Послания Святого Петра и требник, который ему оставили. Александру было необходимо, чтобы его пленник прожил еще некоторое время. Скрывая свои намерения, он несколько раз посылал к нему Жана Марадеса, избранного епископа Тула, Пьера де Солиса — архидиакона Бавии в церкви Овиедо, и еще других своих приближенных, чтобы с ним поиграть в шахматы. Так они принудили его признаться, что он направлял многочисленные бреве без ведома понтифика, и среди них право на получение бенефиций в Испании: это признание позволило бы Александру VI доставить удовольствие Изабелле и Фердинанду, отменив как подложные подлинные акты, полученные людьми, которые им не нравились. Флоресу пообещали дать новые должности, если он признается. Но когда он это сделал, посетители исчезли и оставили его гнить в своей камере до самой смерти 23 июня 1498 года.

Вот что происходило за кулисами папской резиденции. Знаком божьего гнева посчитали ужасную грозу, которая обрушилась на замок Сант-Анджело. Молния ударила в пороховой склад, и он взорвался. Каменные глыбы разлетелись во все стороны. Некоторые упали на другом берегу Тибра, было ранено около пятнадцати человек. Статуя Святого архангела Михаила, венчавшая памятник, исчезла, разбитая на куски, молния ударила в острие шпаги, направленной в небо. Народ был убежден, что статуя вознеслась на небо.

Свирепствовала болезнь. Раскаяние папы закончилось очень быстро, в Вечном Городе снова царил разврат. В первом ряду в церквах стояли публичные женщины и любовницы прелатов, как это видел Буркард в церкви Отшельников Святого Августина 28 августа в день праздника этого святого, когда шла торжественная служба. Эпидемия сифилиса охватила все слои населения. За два дня до того как Флорес был заключен в тюрьму, сторож замка Сант-Анджело Бартоломео де Луна, епископ Никастро, умер от «французской болезни». Скорее всего, в Неаполе у Чезаре тоже был приступ этой венерической болезни. Его личный врач Гаспаре Торелла, к счастью, нашел лекарство, которое в соединении с заботами Санчии позволило больному преодолеть кризис. Лекарь приобрел большую известность, опубликовав впоследствии свой рецепт в трактате De Pudendagra. Сразу же по возвращении кардинал Валенсийский, защищенный этим лекарством, смог наслаждаться прелестями римских куртизанок. Одной из его любовниц была знаменитая Фьямметта. Но Чезаре умел скрывать свои связи. Матери его незаконнорожденных детей неизвестны. Говорят только, что одной из них была придворная дама его сестры Лукреции.

Сладострастие, поощряемое примером высших слоев, ничем не сдерживается. Буркард приводит самые яркие примеры из жизни Священной коллегии. Кардиналу Сегорбскому, изъеденному сифилисом, разрешено не преклонять колени перед папой во время празднования Пасхи в 1499 году. Кардиналу Монреальскому удалось, наконец, выздороветь после двухлетнего отсутствия на церемониях: он присутствует на мессе в декабре 1499 года. Враг папы — Джулиано делла Ровере, будущий Юлий II, — тоже заразился этой болезнью. Отказ от плотских удовольствий, который из-за болезни стал более явным, чем когда-либо, выражается в глубоком скептицизме. Нравственное отречение папы становится более уязвимым. Он не препятствует появлению памфлетов, отрицающих загробную жизнь. Только в связи с необходимостью охраны здоровья общества предпринимаются меры, ограничивающие царящий разврат. В апреле 1498 года римляне становятся свидетелями странной процессии: по улицам сбиры ведут шесть селян в бумажных митрах и хлещут их кнутом. Зараженные «французской болезнью» дали им деньги, чтобы те позволили им лечь в чаны с растительным маслом для облегчения их страданий. После чего крестьяне отправились продавать это масло в город, уверяя покупателей, что оно чистое и хорошее.

Многочисленны не только преступления с целью наживы, но и связанные с распутством. Широко распространились гомосексуальные связи. Нередко видят в окружении папы и кардиналов женственных молодых людей. Во Флоренции Савонарола считает самым большим преступлением содомский грех. Но в Риме с этим свыклись; быстро закончился период покаяния, последовавший после смерти герцога Гандийского: Александр тогда решил изгнать молодых людей из окружения прелатов. Однако жестоко преследуется смешение полов, когда это связано с общественными скандалами. В начале все того же апреля 1498 года римляне наблюдают не менее любопытное зрелище, чем наказание торговцев маслом. По улицам города ведут проститутку по имени Курсетта и мавра, который принимал мужчин, переодевшись женщиной. Руки мавра были связаны за спиной, а платье задрано до пупка так, чтобы все могли видеть его половые органы. Когда они обошли весь город, проститутку отпустили, а мавра бросили в тюрьму. Через неделю он вышел из темницы башни Нона, скованный цепью с двумя разбойниками. Перед ними на осле ехал сбир, к его палке были прикреплены тестикулы, отрезанные у одного еврея, убежденного, что он находился в плотской связи с христианкой. На Марсовом поле все три пленника были казнены: два разбойника повешены; мавра задушили, а его тело сожгли; но, как сообщает Буркард, из-за дождя «труп не загорелся, сгорели только ноги, находившиеся ближе всего к огню».

Лицемерие римского двора, наказывавшего общественный порок, но закрывавшего глаза на частный разврат, не вызывало у сановников и у кардиналов особого желания заниматься религиозной службой. В основном их интересовали личные материальные проблемы — они стали настоящими мэтрами в финансовых науках. Чезаре в этом не отставал от других. Он продал имущество своего брата Хуана Гандийского. Его драгоценности и обстановка были оценены в 30 000 дукатов, но вдова Мария Энрикес потребовала, чтобы они были проданы за 50 000 дукатов: в конечном итоге она добилась выплаты этих денег с помощью акта, подписанного в Ватикане 19 декабря 1497 года. В этом же месяце в качестве компенсации за время, потраченное на эти расчеты, Чезаре получил от своего отца бенефиции покойного кардинала Склафенати, оцененные в 12 000 дукатов.

Папу и Чезаре интересует не только рост их доходов, их заботит величие собственной семьи. Они надеются, что очень выгодным может оказаться новый брак Лукреции. Но для начала нужно расторгнуть ее брак с Джованни де Пезаро. И этим они занимаются очень активно. Убийство герцога Гандийского пришлось весьма кстати и позволило начать предварительные переговоры с семьей Сфорца: Александр VI принимает кардинала Асканио 21 июня — через пять дней после убийства. Он заявляет ему, что полностью уверен в его невиновности и пользуется этой встречей, чтобы попросить его убедить Джованни Сфорца разорвать брачный союз с Лукрецией.

Джованни не хочет об этом и слышать. Он умоляет о поддержке главу его семьи Людовико Моро. Но тот не хочет ссориться с папой: его поддержка нужна в борьбе против Карла VIII, он боится, что Людовик Орлеанский заберет у него герцогство, если французы снова вторгнутся в Италию. Поэтому под видом помощи графу Пезаро он просит его доказать неправомерность предлога, выдвинутого Ватиканом для расторжения брака, — импотенция супруга и в связи с этим невозможность выполнять супружеский долг. Он предлагает ему встретиться с Лукрецией в Непи, владении кардинала Асканио, и провести с ней ночь под присмотром семейств Борджиа и Сфорца. Уязвленный этим лукавым предложением Джованни отвергает его: он боится оказаться несостоятельным во время публичного испытания, которое из-за его нервозности может плохо для него закончиться. Тогда Людовико Моро предлагает, чтобы доказательство мужской силы было дано с другой женщиной в присутствии, на этот раз, только одного кардинала Джанни Борджиа. И опять Джованни отказывается. Он напоминает, что однажды уже доказал свои способности: все знают, что его первая жена Магдалина де Гонзага умерла при родах. Впрочем, Гонзаги по-прежнему его уважают. Узнав о давлении, которое на него оказывают, они предлагают ему руку принцессы из своего дома, если его неудачный «папский брак» будет расторгнут.