Не надеясь больше на помощь своих миланских родственников, Джованни возвращается в Пезаро. Он не только настойчиво утверждает, что его брак состоялся, но и защищается от нападок Рима, наступая сам: если папа хочет расторгнуть брак своей дочери, это значит, что он желает ее оставить для себя. Еще в Милане в разговоре с Людовико Моро Джованни уже выдвигал это чудовищное обвинение в инцесте. Оно казалось неправдоподобным, если учесть то количество любовниц, которых папа мог иметь в своем распоряжении в любое время. Но, возможно, Джованни не все придумал. Вероятно, когда он был в Риме, его удивили по меньшей мере неуместные проявления нежности, расточаемые понтификом и братьями Лукреции по отношению к молодой женщине. Разгневанный Джованни вспоминает об этом весьма кстати, отвечая оскорблением на оскорбление.

Впрочем, Александр VI не оскорблен подобным обвинением, напротив, он пишет заботливые письма своему беглому зятю. Он предлагает ему достойный способ разорвать узы брака: Джованни только укажет причиной временный физический недостаток, вызванный порчей. Потом он предлагает ему сослаться на то, что брак с Лукрецией был недействителен, потому что она была помолвлена с Гаспаре д’Аверса. Выбившись из сил, Джованни соглашается, чтобы этот довод был представлен на обсуждение членов комиссии по делу о разводе: кардинала Сан-Джорджо, кардинала Паллавичини и аудитора трибунала Роты Фелино Сандео. Но Сан-Джорджо, ревностный сторонник канонического права, заявляет, что предыдущая помолвка не может быть признана законной помехой, так как она была расторгнута. Поэтому единственной действительной причиной развода может быть только неосуществление брака вследствие невыполнения супружеских обязанностей. Папа в ярости — приходится все начинать сначала, а в Неаполе тем временем готовится новый брак Лукреции. Чтобы усмирить Джованни Сфорца, Александр обязуется передать в его полное распоряжение значительное приданое своей дочери. Людовико Моро вынуждает своего племянника подчиниться: если тот не согласится выполнить волю папы, он лишит его своей поддержки. На этот раз Джованни вынужден уступить. 18 ноября 1497 года во дворце Пезаро в присутствии многочисленных свидетелей он подписывает признание о своей супружеской несостоятельности и передает Асканио Сфорца в Рим все необходимые полномочия, чтобы расторгнуть его брак.

Умирая от скуки в монастыре Сан-Систо, Лукреция ожидала решения о своем разводе. После убийства Хуана, когда папа предавался покаянию, он перестал писать своей дочери нежные письма. Но, вернувшись к прежнему образу жизни, сразу же начал усиленно интересоваться всем, что касалось Лукреции. Во время переговоров с Джованни Сфорца было необходимо поддерживать постоянную связь с монастырем Сан-Систо. Почтальоном стал испанский камергер, пользовавшийся полным доверием папы, — Педро Кальдес, или Кальдерон, называемый еще Перотто. Он почти ежедневно приходил в монастырь и очень быстро завоевал доверие, став другом семнадцатилетней молодой женщины, страдавшей без мужской компании. Эти дружеские отношения между двумя молодыми людьми обернулись драмой, которую можно восстановить с большой долей вероятности.

В цветущих садах и апартаментах для почетных гостей монастыря Лукреция чувствует себя свободной как никогда. Вдали от постоянной опеки своего отца Лукреция может отдаваться порывам своей натуры, веселой и сладострастной как у всех Борджиа. Юный Перотто этим пользуется. Благодаря своему очарованию он сумел заставить Лукрецию забыть о той опасной ситуации, в которой она оказалась. Ведь она всего лишь заложница честолюбивых устремлений семьи. Перотто убеждает молодую женщину воспользоваться временной свободой. Но молодые люди весьма неосторожны: Лукреция забеременела. Пока еще удается скрывать тайну под просторными одеждами. Ей помогает ее камеристка Пентасилея — эту молодую женщину приставил к ней папа, — бывшая, как говорят, одной из его любовниц. Но на шестом месяце беременности Лукреции приходится вынести тяжелое испытание: 22 декабря 1497 года она должна присутствовать на церемонии расторжения ее брака с графом де Пезаро.

В этот день толпа любопытных заполонила Ватикан. Послы и прелаты пристально разглядывают дочь Александра VI, которая предстала перед каноническими судьями. Ей зачитывают приговор, объявляющий ее «нетронутой», то есть девственницей, по свидетельству Джованни Сфорца, что она сама подтверждает. Лукреция улыбается и благодарит на латыни, что вызывает всеобщее восхищение. Миланский проповедник Стефано Таверно считает, что она изъясняется «с таким изяществом и приветливостью, что если бы она была каким-нибудь Туллием Цицероном, то не могла бы говорить с большей изысканностью и утонченностью». Возможно, текст продиктовал ей брат Чезаре, который с этого момента берет в свои руки судьбу сестры.

Едва объявлено о разводе, как тут же становятся известны претенденты. Это Франческо Орсини, герцог де Гравина, стремящийся сблизить две семьи: свою и Борджиа; Оттавиано Риарио, потомок папы Сикста IV и Сфорца по линии своей матери Катарины, графини Форли; Антонелло Сан-Северино, сын принца Салерно, неаполитанского барона, дружественного королю Франции.

Союз Лукреции с неаполитанцем, более чем какой-либо другой, выгоден для кардинала Валенсийского: все знают о его видах на королевство Неаполитанское. Известно, что он собирается отказаться от кардинальского сана и жениться на неаполитанской принцессе. Речь идет о том, что он вступит в брак с Санчией Арагонской, которую Джофре оставит в обмен на кардинальскую шапку: но Санчия — всего лишь внебрачная дочь, а Чезаре явно предпочитает законную дочь короля Фредерика — Карлотту, воспитывавшуюся во Франции при дворе королевы Анны Бретонской. Если бы мужем Лукреции стал принц неаполитанского двора, это могло бы облегчить брак ее брата. Когда Чезаре был в Неаполе, он познакомился с братом Санчии и оценил его. Альфонс Арагонский считался одним из самых красивых принцев своего времени, был известен любезными манерами и мягким характером. Чезаре выбирает его для своей сестры. Начинаются переговоры: король Неаполя предлагает присвоить ему титул герцога де Бисельи и передать ему значительные доходы. Лукреция получила бы в приданое 40 000 дукатов — это больше, чем то, что ей пришлось оставить своему бывшему мужу, и римский дворец Санта-Мария-ин-Портику.

Тем временем в ходе переговоров Чезаре узнает о беременности своей сестры и приключении с Перотто. Легко можно представить себе его ярость. Посол Венеции Капелло сообщает о сцене, разыгравшейся в Ватикане. Через месяц после развода Лукреции Чезаре бежит за Перотто с вынутой из ножен шпагой до самого папского трона, на котором восседает папа. И там, на глазах отца, который пытается защитить своего камергера, прикрыв его мантией, кардинал Валенсийский наносит юному испанцу удар такой силы, что «кровь брызнула в лицо папы». Рана не смертельна, Перотто сажают в тюрьму, но ему не придется долго разлеживаться на своей подстилке. В ночь на 8 февраля, пишет Буркард, «он упал в Тибр против своей воли». А через 6 дней, в среду, как сообщает венецианец Санудо, выловили два тела — его и камеристки Лукреции Пентасилеи. Людская молва тут же приписала эти убийства Чезаре, но замять скандал не удалось: новость о беременности Лукреции облетела все итальянские дворы. 2 марта 1498 года Кристофоро Поджо, секретарь Бентиволио — тирана Болоньи, пишет маркизу Мантуанскому о том, как Перотто посадили в тюрьму «за то, что от него забеременела дочь Его Святейшества, мадам Лукреция».

Через некоторое время в депеше от 15 марта 1498 года, посланной агентом герцога д’Эсте из Венеции, куда стекаются все слухи в мире, сообщается о рождении внебрачного ребенка Лукреции. 18 марта это подтверждено в анонимном послании из Рима: «Уверяют, что дочь папы родила». Но новости с трудом просачиваются из папского дворца, где укрылась Лукреция. Объединившись вокруг главы семьи, Борджиа заслоняют ее, не допуская проявления эмоций. После того как тело Перотто было найдено в Тибре, кардиналы Борджиа выезжают из Рима, одетые в охотничьи костюмы по французской моде. С 21 по 24 февраля они собираются отдохнуть в Остии. Таким образом, семья демонстрирует полное спокойствие, нисколько не смущенное волной жестокости из-за таинственного сведения счетов. 18 февраля происходят убийства в Санта-Мария-на-Минерве. В качестве предупредительных мер папа решает запретить проведение маскарадов на карнавале, так как убийцы пользуются переодеванием.