Между тем царь Василий Шуйский безуспешно пытался завоевать симпатии столичного населения. Сначала он потревожил прах Дмитрия Углицкого. Потом в ход пошли трупы Годуновых. По решению думы и духовенства их извлекли из ямы в ограде убогого Варсонофьева монастыря и отправили для торжественного захоронения в Троице-Сергиев монастырь. Двадцать троицких монахов пронесли их останки по улицам столицы. В траурной процессии участвовали бояре. Они отдали последний долг свергнутой династии. Ксения Годунова, облаченная в черное монашеское платье, шла за гробом отца, рыдая и громко жалуясь на свою несчастную судьбу. Затея имела определенный политический смысл. Обличение злодейства «Дмитрия» укрепляло позиции нового царя.

В обстановке гражданской войны правящие верхи волейневолей должны были объединиться вокруг трона. Бояре вызвали из Старицы низложенного Иова и 16 февраля 1607 года передали на рассмотрение двух патриархов и священного собора утвержденную грамоту об избрании на трон Василия Шуйского. Составители грамоты взялись доказать, что Василий Шуйский был таким же законно избранным царем, как Борис и Федор Годуновы, тогда как Лжедмитрий завладел троном как узурпатор и самозванец.

20 февраля 1607 года бояре собрали на Красной площади весь столичный народ – «из сотен и слобод посадских и мастеровых и прочих людей мужского пола». Гости и торговые люди были затем приглашены в Кремль, в Успенский собор. После богослужения представители посада просили прощения у патриарха Иова за то, что некогда «всем миром» низложили его. Иов отпустил посаду «грех» восстания против Годуновых и заклинал не нарушать верности новому самодержцу.

В дни осады Болотникова в Калуге царь Василий издал указ о продлении срока сыска беглых крепостных крестьян до пятнадцати лет. Землевладельцы с энтузиазмом приветствовали такую меру. Сознавая силу восставших, Шуйский пытался расколоть их ряды. Его указ от 7 марта 1607 года обещал свободу тем «добровольным» холопам, которых господа закабалили насильно.

Пока восставшие использовали имя доброго царя как лозунг, их руки были развязаны. С появлением «царевича» Петра ситуация стала меняться. Ко двору мнимого царевича потянулись титулованные авантюристы. По иронии судьбы главным боярином нового самозванца стал боярин князь Андрей Телятевский, которому Болотников служил некогда в качестве холопа. Восстание застало Телятевского на воеводстве в Чернигове, и выбирать ему не приходилось.

Из Путивля «царевич» Петр перешел в Тулу. Воротынский был послан в Тулу, чтобы захватить самозванца. Но на его пути встал боярин Телятевский, и знатный воевода едва унес ноги. Возглавив отряд донских и запорожских казаков, Телятевский пошел на выручку к осажденной Калуге. Истома Пашков пытался остановить его. Сражаясь в рядах повстанцев, веневский сотник не знал поражений. Под Калугой Пашков был разгромлен наголову и позорно бежал с поля боя. Болотников использовал победу Телятевского. Он предпринял вылазку из Калуги и вынудил к отступлению братьев царя.

Телятевский не пошел в Калугу на соединение со своим бывшим холопом, а поспешно возвратился в Тулу. Туда же под защиту каменного кремля перешел со своим поредевшим войском и Болотников.

В мае 1607 года Шуйский, собрав огромную рать, лично возглавил поход на Тулу. Четыре месяца повстанцы успешно обороняли город, совершали дерзкие вылазки и громили дворян. Осаждавшие не могли взять Тулу силой. Тогда они выстроили запруду на реке Упе и затопили осажденный город. Среди бояр «царевича» Петра начался разброд. Восставшие упрятали в тюрьму Григория Шаховского. Болотников убеждал население не сдавать крепость до последней возможности. «Если вам нечем будет питаться, – говорил он тулякам, – я отдам вам на съедение свой труп». Но положение в городе становилось все более отчаянным. Запасы продовольствия, уцелевшие после наводнения, были съедены. Смерть принялась косить войска и население.

Чтобы спасти жизнь уцелевшим ратным людям, Болотников решил прекратить сопротивление. Шуйский клятвенно обещал не причинять вреда сдавшимся тульским сидельцам.

10 октября 1607 года Тула открыла ворота перед царскими воеводами. Василий Шуйский распустил пленных по домам. Однако многие из повстанцев были удержаны в его лагере, а затем разосланы в заточение по городам. «Царевича» Петра увезли в Москву и там казнили, а Болотникова отправили в ссылку в Каргополь. В пути дворяне грозили пленнику тем, что закуют его в цепи и затравят. Тот гордо отвечал: «Я скоро вас самих буду заковывать и в медвежью шкуру зашивать». Что касается его отношения к «доброму» царю Дмитрию, оно претерпело перемены. В течение многих месяцев Болотников обращался с настойчивыми призывами о помощи к тому, кто вручил ему командование повстанческой армией. В Туле он понял наконец, что мнимый Дмитрий бросил его на произвол судьбы. И Болотников признал всенародно, что не может сказать точно, истинный или мнимый царь тот человек, которому он присягнул в Самборе.

Дворянам Болотников внушал страх даже в заточении. В итоге царь Василий приказал сначала ослепить его, а несколько позже – «посадить в воду».

Властям удалось удержать от выступления столичный посад. В стороне от восстания остались Новгород Великий, Казань, Смоленск и некоторые другие крупные города.

В нижегородской округе от царя Василия Шуйского отпали лишь небольшие города Арзамас, Алатырь, Свияжск и Муром. В составе повстанческих отрядов там сражались дворяне, боярские холопы, казаки, мордва и черемисы. Все свои усилия они направили на то, чтобы овладеть центром края – Нижним Новгородом. Повстанцы окружили город со всех сторон. Людей, пытавшихся проникнуть в крепость либо покинуть ее, они захватывали и отправляли на расправу в Путивль.

Посадское население Нижнего Новгорода не поддержало восстания. Город имел первоклассные укрепления. Кузьма Минин, можно полагать, принимал деятельное участие в обороне города вместе с другими посадскими людьми. Ему и его семье пришлось пережить осадное время. Продолжалось оно не слишком долго. Как только Болотников потерпел поражение под Москвой, отряды повстанцев отхлынули от стен Нижнего.

Источники не сохранили никаких фактов из биографии Пожарского, относящихся ко времени воцарения Шуйского. Можно лишь заключить, что смена династии положила конец и без того более чем скромным успехам князя Дмитрия. Царь Василий и не подумал вернуть Марию Пожарскую ко двору.

Подобно самозванцу, Шуйский щедро жаловал дворянам придворные чины, чтобы надежнее привязать их к трону. В прежнее время в стольниках служило не более трех десятков людей. Попав в их число, Пожарский оказался в окружении знати. На службе у царя Василия числилось более 120 стольников. Тут были не одни аристократы, но и малознатные дворяне вроде Полевых, Измайловых, Мещерских. В сохранившемся списке стольников 1606–1607 годов имя Пожарского отсутствует. Поскольку конец списка утрачен, можно предположить, что князь Дмитрий попал в самый конец списка. По традиции стольников записывали в перечне в строгом соответствии с их «породой» и местническим положением. При Борисе Годунове получение почетной дворцовой должности открыло перед Пожарским блестящие перспективы. При Шуйском ему пришлось проститься с былыми надеждами.

Полоса неудач и унижений Пожарского совпала по времени с подъемом гражданской войны в России. Многие сверстники князя Дмитрия отличились в войне с Болотниковым и были щедро награждены Шуйским. Пожарский не принадлежал к их числу.

Восставшее население Северщины в течение года ждало «исхода» доброго царя из Польши. Путивль, Стародуб и другие города не раз посылали за кордон людей на поиски Дмитрия. Нужен был царь, и он появился.

В мае 1607 года жители Стародуба могли видеть на улице трех пришельцев. Тот, кто был одет побогаче, именовал себя Андреем Нагим, родственником московского государя. Его сопровождали двое русских людей – Григорий Кашинец и Алешка Рукин, московский подьячий. Прибывшие сообщили стародубцам захватывающую новость. Они будто бы пришли с рубежа от самого Дмитрия, и государя следует ждать со дня на день. Время шло, а обещанный царь все не появлялся. Из осажденной Тулы Болотников прислал в Стародуб расторопного казачьего атамана Ивана Заруцкого. Скоро повстанцам надоело ждать, и они взяли к пытке Алешку Рукина. На пытке подьячий повинился в обмане и объявил о том, что истинный царь давно уже находится в Стародубе и, опасаясь происков своих врагов, именует себя Нагим. Пьеса была разыграна как по нотам, и голоса сомневавшихся потонули в общем энтузиазме. 12 июня Стародуб присягнул на верность Лжедмитрию II.