Власти отдали приказ о повальных арестах подозрительных лиц. В руки следователей попали слуга Нагих Иван Михайлов, некий банщик Левка и другие лица. Банщик сознался, что поджег Москву после того, как получил деньги от Ивана Михайлова. 28 мая правительство предупредило население об опасности новых поджогов в столице и провинциальных городах. Афанасий Нагой, гласила царская грамота, велел своим слугам «накупить многих зажигальников, а зажигати им велел московский посад во многих местах… и по иным по многим городам Офанасей Нагой разослал людей своих, а велел им зажигальников накупать, городы и посады зажигать»²³.

Официозная версия насчет поджога Москвы Нагими не внушала большого доверия современникам. Ее истинность не поддается проверке. Очевидно лишь одно. Пожары накалили обстановку в столице до предела, и каждая из противоборствующих сторон пыталась направить народное возмущение против соперников. Нагие и прочие противники Годунова провоцировали мятеж, обвиняя Бориса во всех бедах. Правитель возложил ответственность за пожары на Нагих.

Комиссия Шуйского вернулась в Москву в конце мая, в разгар борьбы между правителем и оппозицией. Она тотчас же представила властям отчет о своей деятельности. 2 июня главный дьяк Щелкалов зачитал текст угличского «обыска» высшим духовным чинам, собравшимся в Кремле. Устами патриарха Иова собор одобрил работу комиссии и полностью согласился с выводом о нечаянной смерти царевича. Упомянув мимоходом, что «царевичу Дмитрию смерть учинилась божьим судом», патриарх посвятил свою речь «измене» Нагих, которые вкупе с угличскими мужиками побили «напрасно» государева дьяка Битяговского и других приказных людей, стоявших «за правду». По существу, глава церкви санкционировал прямую расправу с Нагими и другими заводчиками угличского бунта. Закрывая собор, он заявил, что мятеж Михаила Нагого и мужиков-угличан — «дело земское, градцкое, в том ведает бог да государь… Все в его царской руке»²⁴. На основании патриаршего приговора царь Федор приказал схватить Нагих и угличан, «которые в деле объявились». Дворянин Ф. А. Жеребцов, служивший до этого приставом у ссыльного А. Ф. Нагого в Ярославле, получил приказ арестовать в Угличе ряд лиц и немедленно доставить их в Москву.

Началось новое расследование «измены» Нагих. Материалы его не сохранились. Но источники позволяют воссоздать в общих чертах ход розыска. Наибольшую осведомленность обнаружил автор «Нового летописца», широко использовавший подлинные документы царского архива. По его словам, события развивались в следующем порядке. Когда Василий Шуйский с товарищами вернулся в Москву и доложил о «самозаклании» Дмитрия, царь вызвал Нагих в Москву и положил на них опалу. Михаила Нагого вкупе с его братом Андреем взяли к пытке. Сам правитель Борис вместе с другими боярами присутствовал на Пыточном дворе. Описанные события имели место в Москве после доклада Шуйского 2 июня. Последующий ход розыска о поджоге Москвы Нагими кратко изложен в официальных заявлениях Посольского приказа. Не позднее середины июля 1591 г. дьяки поручили послам выступить за рубежом со следующим разъяснением насчет московских пожаров: «… то поворовали мужики-воры и Нагих Офанасея з братьею люди, то на Москве сыскано, да еще тому делу сыскному приговор не учинен». Новые заявления, сделанные за рубежом в 1592 г., гласили, что розыск по делу о пожарах закончен и «приговор им (виновным. — Р. С.) учинен… хто вор своровал, тех и казнили…»²⁵.

Завершив следствие, правительство произвело массовые казни «мужиков»-угличан. На современников это произвело страшное впечатление. А. Палицын утверждал, будто в Угличе погибло до 200 человек. Составитель «Нового летописца» отметил, что одним угличанам вырезали язык, других разослали по темницам или казнили, многих ссыльных увезли в Сибирь и там поселили во вновь построенном городке Пелыме, «и оттово-де Углич запустел». Мария Нагая тщетно молила пасынка — царя Федора — о прощении своих братьев. Власти конфисковали имущество у Нагих, а их самих подвергли тюремному заключению. Духовенство благословило правителя на расправу со вдовой Грозного. Царицу Марию насильственно постригли в монахини и сослали в пустынь на Белоозеро²⁶.

Власти не простили угличанам страха, пережитого ими в майские дни. Разве что страхом можно объяснить такой жест, как «казнь» большого колокола в Угличе: сначала у него вырвали язык и урезали «ухо», а затем отправили в Сибирь.

Русское правительство воздерживалось от активных действий в Прибалтике, пока его военные силы были прикованы к восточным и южным границам и существовала опасность совместных действий Речи Посполитой и Швеции.

Шведский король Юхан III, сосредоточив свои войска на русской границе, угрожал России войной. Его сын Сигизмунд III, занявший польский трон, рассчитывал оказать отцу прямую военную помощь. Но ему не удалось преодолеть традиционное польско-шведское соперничество из-за Ливонии. К тому же политика войны не вызвала энтузиазма у польско-литовской шляхты. В результате Речь Посполитая отклонила проекты антирусского вооруженного выступления, и Швеции вскоре пришлось пожинать плоды спровоцированного ею конфликта¹.

Распад польско-шведского союза создал почву для пересмотра итогов проигранной Ливонской войны. Россия попыталась вернуть себе русские города — Ивангород, Ям и Копорье, захваченные Швецией, и вернуться в Ливонию. При Грозном ливонский порт Нарва в течение 25 лет служил морскими воротами страны. Девять лет шведского владычества привели нарвскую торговлю в полный упадок. Предпринимая поход в Прибалтику, московское правительство ставило целью захват Нарвы и возрождение «нарвского мореплавания». Русское командование использовало для наступления все имевшиеся в его распоряжении силы. Формально во главе похода стояли Ф. И. Мстиславский и Ф. М. Трубецкой. Фактически возглавил наступление против шведов самый выдающийся из воевод — боярин князь Д. И. Хворостинин, назначенный вторым воеводой передового полка².

23 января 1590 г. русские войска окружили город Ям. После трехдневной осады местный гарнизон капитулировал. Сдавшиеся в плен шведы получили разрешение вернуться на родину, но часть солдат перешла на царскую службу. 30 января воевода Хворостинин с передовыми силами достиг окрестностей Ивангорода. В районе Нарвы и Ивангорода находился четырехтысячный шведский корпус. Шведы пытались остановить продвижение русских, но Хворостинин умелыми действиями парализовал их усилия. Он атаковал шведов, не дожидаясь подхода главных сил. Сражение продолжалось с 2 часов дня до вечера и закончилось победой русских. Шведы отступили за реку Нарву. Крепость Нарва располагала первоклассными укреплениями, и шведское командование отвело конницу и часть пехоты к Раквере. В крепости осталось около 1600 солдат³.

В ночь с 4 на 5 февраля русские завершили установку батарей и приступили к методичному обстрелу крепости. Превосходство русской артиллерии было несомненным. После двухнедельной бомбардировки в западной и северной стенах образовались большие проломы. На рассвете 19 февраля русская армия предприняла генеральный штурм. Крепостные стены подверглись атаке сразу в семи пунктах. Колонна, устремившаяся в главный пролом, насчитывала, по неполным данным, 5230 человек, в том числе 1850 стрельцов, 1 тыс. казаков и других ратных людей, 2380 боярских холопов⁴. Несмотря на громадное численное превосходство, русский осадный корпус после четырех-пяти часов боя потерял множество людей и был вынужден прекратить штурм⁵. На другой день русская артиллерия возобновила бомбардировку крепостной стены в районе Северных ворот. Пролом был значительно расширен. Воеводы подвели к крепости свежие силы и приготовились к новому штурму⁶. Обороняя крепость, шведы понесли тяжелые потери. Восполнить их они уже не могли. Не надеясь на благоприятный исход борьбы, шведский главнокомандующий К. Горн обратился к царю с предложением мира.