Положение в столице усугублялось абсолютной неавторитетностью царя и открытыми разногласиями среди его опекунов. Прибывшие в Москву литовские послы воочию убедились в том, что московские правители, назначенные покойным Иваном IV, находились между собой в величайшем несогласии и очень часто спорили в присутствии самого Федора без всякого уважения к нему⁴³. Разногласия в верхах могли привести к непредвиденным последствиям в условиях, когда из-за катастрофической разрухи и военного поражения настроения недовольства широко затронуло почти все слои населения.

Через полгода после объявления всеобщей амнистии Б. Ф. Годунов осуществил первые ограниченные репрессии против знати. Репрессивным мерам предшествовали перестановки в верхах. Триумвират Н. Р. Юрьева, Б. Ф. Годунова и А. Я. Щелкалова просуществовал несколько месяцев. Но уже в конце лета 1584 г. в Польшу стали поступать сведения о том, что из-за болезни Юрьев устранился от дел. В последний раз имя Юрьева упоминалось в Разряде московской «семибоярщины» в августе 1585 г. Но это почетное поручение регент уже выполнить не мог. Против его имени дьяки пометили в Разряде: «Болен». По словам очевидцев, Н. Р. Юрьей внезапно лишился речи и рассудка. В столице много говорили о том, что его околдовали⁴⁴. В связи с отставкой наиболее авторитетного из членов триумвирата борьба в думе вспыхнула с новой силой. Влияние партии Мстиславского значительно усилилось. Вскоре в сферу конфликта было втянуто центральное финансовое ведомство — Казенный приказ, находившийся в ведение Головиных.

При Грозном четверо членов этой семьи — Петр, затем его сын Фома, а позже внуки Петр и Владимир — распоряжались государственными финансами. Но особенно преуспели Головины в начале царствования Федора. По традиции казну возглавляли два лица, проверявшие друг друга. При Федоре казначеями стали двоюродные братья. Впервые казна оказалась в бесконтрольном ведении одной семьи. Два брата главного казначея — Владимир и Иван Большой Мудрый — получили думные чины окольничих. Благодаря знатности, богатству и личным качествам И. П. Головин стал одним из подлинных руководителей той партии в думе, которую номинально возглавлял регент Мстиславский. Он не побоялся бросить вызов Бельскому и добился его отставки. Боярское руководство оценило его заслуги. Во время коронации Федора он нес перед царем главную корону — шапку Мономаха. Располагая поддержкой регентов Мстиславского и Шуйского, главный казначей открыто добивался изгнания бывших опричников из правительства. С Годуновым он обращался дерзко и неуважительно⁴⁵. Семья Головиных обладала большими местническими преимуществами перед родом Годуновых. Выиграв местнический спор с Бельским, казначей лишь ждал случая, чтобы посчитаться с его свояком.

Интрига боярской партии встревожила Бориса, и он решил нанести упреждающий удар. По его настоянию дума постановила провести ревизию казны. Проверка обнаружила большие хищения. Посольский приказ выступил за рубежом с заявлением, что Головины «покрали» царскую казну⁴⁶. Подлинность их заявления удостоверена описью царского архива, в котором упомянут столпик с боярским приговором 7094 г.: «…что приговорили бояре Петра Головина за государеву краденную казну Казенного двора казнити смертию, тут же и вин его скаска, какова ему Петру чтена»⁴⁷. Казначея вывели на Лобное место и обнажили для казни, но в последний момент ему объявили о помиловании. С опальным обошлись сравнительно мягко: его избавили даже от обычной в то время торговой казни. Головина сослали в Казанский край, где он и умер в тюрьме. Ходили слухи, что его тайно умертвили по приказу Бориса. Источники подтверждают версию о насильственной гибели П. И. Головина⁴⁸. Вместе с ним опале подвергся (не позднее декабря 1584 г.) окольничий и казначей В. В. Головин. Брат казначея — М. И. Головин, находившийся в своей вотчине в Медынском уезде, — бежал от царской опалы в Литву⁴⁹.

Летописи утверждают, что дело Головина было следствием прямого столкновения между Годуновым и знатью. В открытой вражде бояре будто бы «разделяхуся надвое: Борис Федорович Годунов з дядьями и з братьями, к нему же присташа и иные бояре, и дьяки, и думные и служивые многие люди; з другую же сторону князь Иван Федорович Мстиславский, а с ним Шуйские и Воротынские, и Головины и Колычевы, и иные служивые люди, и чернь московская»⁵⁰. Столкновение завершилось пострижением Мстиславского и ссылкой Воротынских и Головиных. Хотя летописец верно определил круг аристократических противников правителя, в его записи, по-видимому, были объединены разновременные события. Осуждение Головиных имело место задолго до падения Мстиславского, а ссылка Воротынских относилась к более позднему периоду.

Пострижение главы Боярской думы окружено многими легендами. В поздних и недостоверных источниках XVII века отразилось предание о том, что Мстиславский выступил против Бориса после долгих колебаний, поддавшись уговорам Шуйских, Воротынских, Головиных и других бояр. Старый регент будто бы замыслил призвать Годунова в свой дом на пир и там убить, однако правителя предупредили о его замысле⁵¹. Эта версия не внушает доверия. Мстиславскому незачем было прибегать к таким крайним мерам, как убийство. Глава опекунского совета и Боярской думы мог бороться против Годунова в рамках законности. В источниках имеются сведения о том, что Мстиславский и его сторонники разрабатывали планы развода царя с бесплодной царицей Ириной Годуновой. В случае успеха, заметил в своих записках Петр Петрей, бояре рассчитывали женить Федора на дочери Мстиславского. Шведский дипломат, впервые посетив Москву после воцарения Бориса, записал немало слухов без всякой критической проверки. Его сообщение можно было бы опровергнуть как недостоверное, но оно находит косвенные подтверждения в русских источниках. После пострижения Мстиславского судьба его дочерей стала предметом специальных разъяснений со стороны Посольского приказа. Борис поручил своим дипломатам объявить за рубежом, что девица Мстиславская была выдана замуж за князя Василия Черкасского⁵². Для русской дипломатической практики подобные разъяснения по поводу заурядного брака в боярской среде были случаем из ряда вон выходящим. Интерес Посольского приказа к боярышне подтверждает версию о том, что дочь Мстиславского метила в жены царю Федору. Источники сохранили предание о том, что Борис одолел главу думы и «напрасно измену положи» на него, благодаря поддержке главных думных дьяков — братьев Щелкаловых⁵³. В годы опричнины номинальный глава Боярской думы был послушной пешкой царя в сложной политической игре. После сожжения Москвы татарами Грозный принудил его публично покаяться в том, что он своей изменой навел татар на святую Русь и тем погубил отражение от армии Батория, избил его посохом и взял с него новую запись с признанием вины⁵⁴.

Годунов и Щелкалов добились отставки Мстиславского без суда, после того как раскрылись его интриги против царицы Ирины. Главный опекун приходился Федору троюродным братом, и ссора была улажена чисто семейными средствами. Первый боярин думы был вынужден сложить регентские полномочия и удалиться на покой в монастырь. Власти старались возможно дольше скрывать опалу Мстиславского. Спустя полгода после его отставки московские дипломаты получили предписание разъяснить за рубежом, что он «поехал молитца по монастырям»⁵⁵. Это была полуправда. В приходо-расходных книгах Соловецкого монастыря удалось найти запись, раскрывающую обстоятельства и время изгнания регента. «Июля в 23 день (7093 г. — Р. С.), — значится в документе, — приезжал в Соловецкий монастырь помолитися князь Иван Федорович Мстиславский и дал корм на два стола 20 рублей⁵⁶. Из Соловков боярин уехал на Белоозеро, в Кириллов монастырь, ще подстригся под именем старца Ионы⁵⁷. Согласие боярина на изгнание избавило от опалы членов его семьи. Более того, старший сын регента боярин Ф. И. Мстиславский унаследовал обширное удельное княжество и сменил отца на посту первого боярина думы. Начиная с ноября 1585 г. он неизменно занимал место главного воеводы в армии и старшего из бояр на торжественных приемах»⁵⁸.