Если говорить о деятельности Карла Хаусхофера в рамках «Немецкой Академии», то надо подчеркнуть, что после 1933 года и эта структура стала заложницей так называемой «борьбы компетенций», которую вели между собой различные партийные и государственные инстанции. Рудольф Гесс по поручению Гитлера провозгласил 16 сентября 1933 года полную независимость «Немецкой Академии» от партии и правительства. Подобное решение было принято в отношении многих другим организаций, занимавшихся «народной политикой». Впрочем, на протяжении последующих нескольких лет стало понятно, что у национал-социалистов имелись собственные средства, чтобы подчинить общественную работу требованиям своего режима. Если говорить о «Немецкой Академии», то ее сугубо научная деятельность велась в нескольких направлениях: немецкая история, немецкий язык, литература и этнография, немецкая педагогика, музыка, изучение немецкой государственности и хозяйства. Практическое отделение специализировалось на осуществлении нескольких программ: пропаганда немецкого языка за рубежом, учебные языковые курсы, курсы повышения квалификации для иностранных преподавателей немецкого языка, снабжение немецкой литературой, выделение стипендий. Кроме того, в составе Академии имелось несколько комитетов, за которыми были закреплены отдельные страны: США, Индия, Южная Африка. По большому счету, структура «Немецкой Академии» нисколько не поменялась после того, как в 1933 году к власти пришли национал-социалисты. И по-прежнему Академия остро нуждалась в денежных средствах. Несмотря на то что в условиях диктатуры эту проблему можно было бы решить, заметного улучшения финансового положения «Немецкой Академии» не произошло. Как во времена Веймарской республики, так и в Третьем рейхе финансирование продолжало оставаться самой большой проблемой. Ситуацию не изменили даже многочисленные письма, которые Карл Хаусхофер направлял Рудольфу Гессу и Йозефу Геббельсу. Гесс оказывал поддержку только на словах. В конце концов, всего-навсего Имперское министерство иностранных дел стало выделять «Немецкой Академии» скромную субсидию. Когда Карл Хаусхофер сетовал, что Академия влачит нищенское существование, то он отнюдь не преувеличивал.

В 1938 году финансирование «Немецкой Академии» было увеличено с 300 тысяч до 400 тысяч рейхсмарок. Но даже этих средств явно не хватало на всю запланированную деятельность. Ситуация была настолько плачевной, что в 1935 году Хаусхофер думал распустить Академию. От принятия подобного решения его удержала лишь внезапно поступившая финансовая помощь, которая была найдена несколькими неутомимыми активистами. Впрочем, в 1933 году представители Академии (как и многие немцы) приветствовали приход к власти правительства Гитлера. Они полагали, что политическая унификация их не коснется, так как якобы «Немецкая Академия» всей своей прошлой деятельностью «доказала» свое служение делу нации. Когда было объявлено о ее независимости от партийных и государственных органов, то это решение было истолковано не совсем верно. В Академии посчитали, что это было признанием ее заслуг, а также ожидали, что это было доказательством полного соответствия организации духу «национальной революции». Подобного рода высказывания можно в какой-то степени интерпретировать как некий психологический защитный механизм, а отчасти как демонстрацию полного непонимания того, какие цели намереваются преследовать национал-социалистические власти. По большому счету, кроме Хаусхофера, ни у кого из сотрудников «Немецкой Академии» не было опыта общения с руководителями национал-социалистической партии. Да и сам профессор в своем общении ограничивался встречами с Гессом, а потому однобоко воспринимал гитлеровские установки. Однако в «Немецкой Академии» не могли не видеть, что национал-социалисты насильственно вмешивались в дела многих общественных организаций. Чтобы избежать подобного развития событий, было решено заблаговременно произвести изменения в составе Малого Совета и Сената Академии. В одном из писем, адресованных Хаусхоферу, предлагалось «возвысить людей нового времени». Во-первых, президентом Академии было решено сделать самого Карла Хаусхофера. Планировалось с выгодой использовать его дружбу с Гессом. Во-вторых, вынужденно-добровольно в отставку ушли все члены Малого Совета. В его новый состав пригласили известного националистического издателя Брукмана, Рудольфа Гесса и баварского министра-президента Зиберта. После этого была сформирована специальная комиссия, куда кроме Хаусхофера вошли Брукман и Кисскальт. Эта комиссия должна была заняться проверкой списков сенаторов «Немецкой Академии». На самом деле подобная «чистка» полностью противоречила § 10 Устава «Немецкой Академии», в котором говорилось, что сенаторы избирались пожизненно. Однако в условиях «национальной революции» едва ли кто-то планировал подавать в суд. В итоге из Сената Академии под различными предлогами оказались выведены Конрад Аденауэр, Томас Манн, Эдмунд Гуссерль, Макс Либерман, Адам Штегервальд.

О растущем значении личности Карла Хаусхофера для «Немецкой Академии» говорят события сентября 1933 года, когда общее собрание этой организации попросило профессора рассказать о «задачах Академии в новом рейхе». Нельзя сказать, что Хаусхофер очень ясно понимал, что предстоит делать. По этой причине он предложил слушателям собственную интерпретацию «национального социализма», которую он увязал с перспективным видением политики в области культурного строительства. Эта речь изобиловала множеством сравнений. Так, например, Третий рейх Карл Хаусхофер именовал «молодым ростком, взошедшим от корней древнего германского дуба». Основная же идея выступления сводилась к тому, что было необходимо заручиться поддержкой национал-социалистических властей. При этом профессор призывал вплести «всходы нашей Академии в величавую лиственную крону Третьего рейха». Идея сделать Хаусхофера новым президентом «Немецкой Академии» носилась в воздухе с самого начала 1933 года. На тот момент действующему президенту организации профессору фон Мюллеру уже исполнилось 75 лет, а потому многие думали о его замене. Карл Хаусхофер, наученный горьким опытом управления некоторыми организациями, весьма скептически отнесся к этому предложению. Его вполне устраивала должность главы практического отделения «Немецкой Академии». Однако факт остается фактом — в марте 1934 года Хаусхофера все-таки избрали новым Президентом. К сожалению, детали этой истории не сохранились. Впрочем, в этом не было ничего удивительного. Карл Хаусхофер, кроме дружбы с Гессом, выделялся еще тем, что уже в 20-е году стоял у истоков только еще зарождавшейся организации. Некоторые из «академиков» предлагали пригласить на пост президента Рудольфа Гесса, но это предложение было отвергнуто почти сразу же самим заместителем фюрера. Дело в том, что с 1933 года шел усиленный дележ власти и избрание Гесса президентом «Немецкой Академии» могло изменить баланс сил, что имело бы для него самого нежелательные последствия. Не стоило забывать, что Академия считалась прибежищем консервативных сил, которые в своей «народной» деятельности конкурировали с зарубежной организацией НСДАП. Сам Хаусхофер прекрасно понимал, что на новом посту он неизбежно окажется втянутым в круговорот интриг, которые он терпеть не мог еще с 20-х годов. Не исключено, что он планировал пробыть президентом Академии лишь некоторое время, но задержался на этом посту на несколько лет. Если же говорить об интригах, то Хаусхоферу пришлось бороться не столько со сторонними силами, сколько со своими же сотрудниками, которые постоянно выражали недовольство недостаточным финансированием проекта.

В современной исторической литературе нередко можно обнаружить обвинения в адрес Хаусхофера: дескать, именно при нем в программу «Немецкой Академии» стали проникать национал-социалистические идеи, а сама организация постепенно перешла под контроль партийных органов. Едва ли подобное развитие событий стало результатом того, что именно Карл Хаусхофер был избран президентом Академии. Это было характерно для большинства немецких общественных организаций — так сказать, общая тенденция. В случае с «Немецкой Академией» воедино оказались связаны конформизм, желание продолжить деятельность организации в новых политических условиях, личные устремления Рудольфа Гесса, стремление защититься от нежелательного вмешательства в дела Академии рьяных национал-социалистов и некоторый протест превалировавших консервативных исследователей. Большинство этих моментов оказалось настолько тесно связано друг с другом, что без одного из компонентов немыслимо в полном объеме представить деятельность «Немецкой Академии» в 30-е годы. Многое в ней было унаследовано из времен Веймарской республики, в частности, это относилось к консервативнонационалистическим установкам большинства «академиков». Но все-таки появлявшиеся в годы национал-социалистической диктатуры публикации свидетельствовали не только о весьма высоком научном уровне сотрудников Академии, но и об определенной интеллектуальной независимости. Но это не исключало использования аргументов НСДАП, в первую очередь тех, что проходили под знаком «грандиозного самоуничижения». Это относилось к тому периоду, когда национал-социалисты пытались продемонстрировать миру и Европе мнимое «миролюбие» Третьего рейха и своей партии. Волей-неволей Карл Хаусхофер стал пропагандистом «новой Германии», поскольку ретранслировал ряд аргументов на иностранные державы. Эта его деятельность натолкнулась на непонимание некоторых из коллег, в первую очередь профессоров Фосслера, Гираха и фон Цвидинэка-Эюденхорста. Желая нейтрализовать подобные настроения, Карл Хаусхофер ссылался на указания фюрера. Но в глубине души он понимал, что Гитлер фактически не проявлял интереса к «Немецкой Академии», которую ее Президент называл «важнейшим культурно-политическим инструментом». Но осознание данного факта едва ли могло что-то изменить. Наверное, по этой причине в середине марта 1935 года Карл Хаусхофер после консультаций со своим заместителем направил в Имперскую канцелярию телеграмму: «Благодарю за поздравления, которые приходят к 10-летнему юбилею существования "Немецкой Академии". Я связываю с этими пожеланиями дальнейшую успешную деятельность Академии, которая намерена и впредь исполнять возложенные на нее задачи по укреплению и расширению неофициальных культурных связей между Германией и другими народами мира».