Тем временем культурно-политическая программа «Немецкой Академии» постепенно увеличивалась. Так, например, в середине 30-х годов Академия поддерживала 49 языковых курсов, на которых работал 61 преподаватель. Если говорить о географии этих курсов, то они действовали в Югославии, Греции, Болгарии, Бразилии, Аргентине, Сиаме, Уругвае, Индии, Китае, Англии, Ирландии, Шотландии, Ираке, Швеции, Турции, Италии, Финляндии, Венгрии и Сирии. К этому надо добавить книги и журналы, которых для зарубежных немцев ежегодно закупалось приблизительно на 10 тысяч рейхсмарок. Научными отделениями «Немецкой Академии» был подготовлен ряд примечательных публикаций, которые уже в 1933 году превратились в специальную книжную серию. Всего же в ней вышло 20 томов, которые были посвящены самым различным проблемам культуры: истории театра, экономике стран Юго-Восточной Европы, голландской поэзии и т. д. Вдобавок Академия с известным постоянством издавала словари.
1935 год прошел для «Немецкой Академии» под знаком назревавшего внутреннего конфликта, который вырвался наружу в 1936 году, приведя к тяжелым и во многом непредвиденным последствиям. В данном случае не стоит преувеличивать политическую составляющую конфронтации, в значительной мере она была вызвана личными мотивами, равно как и различным пониманием служебных обязанностей. Скорее всего, президент, генеральный секретарь и директор «Немецкой Академии» придерживались каких-то собственных трактовок относительно полномочий, что неизбежно вело к увеличению дистанции между ними. Отношения в итоге оказались настолько натянутыми, что некоторые из противников Хаусхофера едва ли не открыто стали требовать его отставки с поста президента Академии. Как результат уже в самой «Немецкой Академии» против Хаусхофера началась хитрая тактическая игра. Наверное, нет никакой необходимости детально разбирать обвинения и интриги, которые плелись вокруг профессора геополитики. Сам же Хаусхофер назвал их «внутренней штабной войной» или «землетрясением психической формы». Впрочем, нельзя не отметить, что именно в указанное время он также испытывал неприятности в «Фольксдойче Совете» и «Объединении зарубежных немцев». Интриги прекратились только в 1937 году, когда президентом «Немецкой Академии» был избран профессор Кёльбль, а новым генеральным секретарем был назначен д-р Фохлер-Хауке. По сути, было сменено всё руководство «Немецкой Академии». Новые люди, в отличие от своих предшественников, уже не проявляли непомерных амбиций.
Если говорить о ставшем судьбоносным для «Немецкой Академии» конфликте, то он достиг своей высшей точки, когда Карл Хаусхофер обвинил генерального секретаря Тирфельдера в самовластии, которое шло отнюдь не на пользу общему делу. Поскольку полномочия директора, генерального секретаря и президента не были ясно очерчены, то Хаусхофер предложил провести реорганизацию управления «Немецкой Академии», внедрив «фюрер-принцип», то есть систему четкого подчинения. Однако летом 1936 года выяснилось, что ни генеральный секретарь Тирфельдер, ни директор Фен не пользовались доверием партийных кругов. Масла в огонь подлил и сам Хаусхофер, выразивший сомнения относительно того, что эти двое «когда-либо честно поддерживали НСДАП». Сам Тирфельдер не раз подчеркивал, что президент Академии должен был быть не ее руководителем, а «первым среди равных». По сути, за этой безобидной фразой скрывалось желание генерального секретаря получить неограниченные полномочия в организации, что никак не могло устроить Хаусхофера. Он отнюдь не намеревался довольствоваться почетными, но тем не менее декоративными функциями. Обвинения в том, что генеральный секретарь вел дела за спиной президента, были не совсем беспочвенными. Тирфельдер без каких-либо консультаций с Хаусхофером и Имперским министерством иностранных дел осуществлял проекты на территории Польши, Болгарии, Румынии, а также в Вене и в Загребе. Интриги настолько утомили профессора геополитики, что в 1936 году он хотел оставить все свои посты. Однако он желал, чтобы этот шаг был санкционирован, а потому решил не складывать с себя полномочий президента «Немецкой Академии» до 1937 года, когда должны были состояться очередные выборы главы организации. Раздраженность накапливалась, а потому со временем он стал говорить о своих противниках как о «клике париков», о «системных личностях», которые нельзя было сделать «инструментом Третьего рейха». В конце 1936 — начале 1937 года Хаусхофер находился на грани нервного срыва. Он почти прекратил общение с коллегами.
Между тем в конфликт оказался втянут Цвидинэк-Эюденхорст, который в январе 1936 года сменил профессора Майера по посту заместителя президента Академии. Он сразу же решил поддержать генерального секретаря Тирфельдера, которого считал не только незаменимым администратором, но и выдающимся германистом. Именно Цвидинэк-Эюденхорст напрямую обратился к Рудольфу Гессу с просьбой убедить Карла Хаусхофера подать в отставку с поста президента. Когда Гесс категорически отказался адресовать подобного рода просьбы своему бывшему учителю, то у оппонентов Хаусхофера Не осталось иного средства, кроме как устроить открытую обструкцию на заседании Малого Совета «Немецкой Академии». В этом им намеревался помочь «сенатор» Герланд. У каждой стороны были собственные интересы. Герланд считал Хаусхофера «старым маразматиком, который был в состоянии лишь подписывать финансовые документы». Тирфельдер полагал, что именно он должен был стать во главе Академии. При этом он намеревался свернуть все отношения с партийными структурами, чтобы в итоге предстать за рубежом в более выгодном для него свете. Однако в этой борьбе они проиграли. Все противники Хаусхофера были вынуждены покинуть «Немецкую Академию». Сам Хаусхофер тоже оставил свой пост, однако при этом ему был вручен почтенный знак. Кроме того, профессор геополитики до 1941 года оставался членом Малого Совета «Немецкой Академии». Впрочем, перестановки на этом не закончились. В 1939 году Кёльбля на посту президента сменил Людвиг Зиберт, на тот момент все еще являвшийся баварским министром-президентом. После смерти Зиберта пост президента перешел к Артуру Зейсс-Инкварту. К тому моменту «Немецкая Академия» полностью находилась под контролем Национал-социалистической партии, а ее руководящий состав утверждался приказом Гитлера.
Имение Хаусхоферов в Хартшиммеле
Карл Хаусхофер со своим любимым котом Феликсом
Письмо Карла Хаусхофера, направленное домой в 1944 году из лагеря Дахау
Письмо Альбрехта Хаусхофера, написанное родителям в ноябре 1943 года
Карл и Марта Хаусхоферы во время Второй мировой войны
Рисунок 1938 года, на котором изображен Альбрехт Хаусхофер
Письмо имперского министра Ламмерса (имперская канцелярия), адресованное Карлу Хаусхоферу
Карл Хаусхофер на одном из мероприятий, организованных «Объединением зарубежных немцев» (октябрь 1940 года)