После окончания гимназии Карл Хаусхофер оказался перед нелегким выбором. Вся его юность прошла под знаком искусства и науки. Однако он опасался, что так называемые «свободные профессии» не смогут принести достаточного количества средств. Это была оборотная сторона творческого существования. Он прекрасно помнил слова своей бабушки, которая жаловалась на то, что дед не смог оставить достаточного количества денег, которых бы хватило для воспитания нескольких детей. По этой причине без каких-либо наставлений со стороны отца Карл решил сделать военную карьеру. Кроме того, он убеждал себя в том, что военная форма была чем-то вроде тоги римского патриция, то есть служба в армии рассматривалась им как честь.

В своих воспоминаниях Карл Хаусхофер отмечал, что настроения в баварских армейских частях принципиально отличались от прусского военного духа, который господствовал на севере Германии. «Это было чувство защищенности, которое я редко испытывал за переделами Баварии и которое, кажется, полностью сейчас утрачено в Европе. Тем больше я по нему скучаю». Хаусхофер подчеркивал, что в отличие от прочих германских земель в Баварии того времени никогда не выпячивались сословные различия, не культивировался кастовый дух. «Представители различных сословий спокойно общались друг с другом, каждый из них выигрывал в чем-то своем, каждый крепко стоял на ногах». Что касалось службы в армии, баварцы принципиально выделялись тем, что среди них никогда не происходило разделения на офицерский корпус и солдат. Этот принцип стал проникать в южные земли Германии многими годами позже.

Выбор офицерской карьеры во многом был спровоцирован школьными друзьями Карла Хаусхофера. Многие из них решили направиться в армию. Среди них были, например, Филипп фон Бранд-Найдштейн и приобретший известность сначала в качества командира фрайкора, а затем национал-социалистического активиста Франц фон Эпп. Первоначально отец Карла Хаусхофера решил направить письмо в один из баварских полков. Вскоре пришел ответ, из которого следовало, что в этой части не было свободных мест. В данной ситуации отец Карла решил задействовать свои связи. Он был дружен в том числе с полковником Теодором фон Бомхардом, который работал референтом в военном министерстве. Тот сообщил, что имелась возможность попасть в армию, если бы Карл Хаусхофер вначале прослужил год добровольцем в 1-м полку полевой артиллерии. Предполагалось, что за год можно было бы найти шанс для повышения.

Поступление добровольцем в один из баварских полков не было связано с какими-то излишними бюрократическими проволочками, а потому Карлу Хаусхоферу не потребовалась помощь его отца. Однако юноше приходилось экономить почти на всем. Он был вынужден снять поблизости от казарм Макса II меблированную комнату. Рано утром он покидал ее, чтобы направиться в часть, и возвращался поздно вечером смертельно уставшим. Впрочем, ему не пришлось ожидать целый год. Под Рождество 1887 года Карл Хаусхофер был принят на место ушедшего в запас служащего. Это произошло не без помощи Теодора фон Бомхарда. После этого юноше быстро был присвоен чин унтер-офицера, а весной 1888 года он был направлен в военное училище, где предстояло пройти специальную военную подготовку. Карл Хаусхофер вспоминал позже об «отличных преподавателях и благоустроенном заведении». Несмотря на то что занятия в училище были связаны с множеством трудностей, Карл Хаусхофер остался доволен этим периодом своей жизни. Он не был лучшим из учащихся, однако смог обратить на себя внимание нескольких преподавателей, и в первую очередь специалиста по тактике. Окончание военного училища, собственно, и стало стартом военной карьеры Карла Хаусхофера.

8 марта 1889 года, буквально накануне празднования дня рождения принца-регента Луитпольда, считавшегося в Баварии официальным праздником, Карлу Хаусхоферу был присвоен чин секунд-лейтенанта. В новом качестве он был направлен в полк, который на долгие годы стал объектом приложения сил молодого офицера. Впоследствии Карл Хаусхофер убедился, что он попал в одну из лучших баварских частей. Большинство офицеров имели явную склонность к культуре и искусству, что значительно облегчило несение службы Карлу Хаусхоферу. Он вспоминал: «Несмотря на многочисленные сплетни относительно офицерских бесед, мы говорили о высокой культуре». Кроме того, Хаусхофера не мог не радовать истинно товарищеский дух, которого, по его мнению, явно недоставало представителям творческих профессий и академическому миру.

Итак, служба в 1-м полку полевой артиллерии превзошла даже самые смелые мечтания Карла Хаусхофера. Только много позднее он признался себе в том, что офицеры его полка были отнюдь не общераспространенным явлением в германской армии, а, так сказать, лучшими из лучших. Они отличались не только способностями, но и высокими моральными установками. Это положительное обстоятельство в дальнейшем невольно вызвало разочарование Хаусхофера, когда тот столкнулся с «обыкновенными» офицерами. После того как Хаусхофер по очереди прошел службу в нескольких артиллерийских батареях, фон Трентини, командир полка, принял решение направить талантливого молодого человека на очередную учебу. Карла Хаусхофера ожидало артиллерийско-инженерное училище, которым командовал полковник фон Хартлиб.

8 августа 1896 года состоялось бракосочетание Карла Хаусхофера и Марты Майер-Досс. Это событие, наверное, стало самым существенным происшествием в судьбе Хаусхофера. По крайней мере, оно оказало немалое, если не сказать решающее влияние на всю его оставшуюся жизнь. Марта была образованным человеком. Она обладала сильной волей, блестящим логическим умом. Ее отличало не только стремление к идеалам, но и способность к аналитическому мышлению. Как показала их совместная жизнь, Марта мота в любой момент оставить все дела и полностью сконцентрироваться на решении какой-то одной задачи. Наверное, ей не хватало творческого полета, интуитивных порывов, творческих устремлений. Однако этого было в изобилии у Карла Хаусхофера. Уже по этой причине супруги как бы дополняли друг друга. Это была истинная гармония, а не столкновение противоположностей, которое могло бы сделать несчастными любых людей. Это было удивительное, почти уникальное созвучие человеческих душ, которое очень редко можно встретить в нашей жизни. О том, что Марта была некоей путеводной звездой в жизни баварского офицера и профессора, можно судить по многочисленным стихотворениям, которые Карл Хаусхофер посвящал своей супруге. Они даже из жизни решили уйти вместе, совершив самоубийство в 1946 году.

Отец Марты, Георг Людвиг Майер, был юристом. В силу того, что это была очень распространенная фамилия, он прибавил к ней фамилию своей супруги, что позволяло ему избегать ненужной путаницы в делах. Отец Марты был весьма состоятельным человеком. В 1895 году он продал свою долю в деле, которое имел в Мангейме, чтобы иметь возможность переехать в Баварию. Он был сыном владельца табачной фабрики Рудольфа Майера, считавшегося очень уважаемым человеком в городе. Дед Марты по отцовской линии был не только членом городского совета, но и принимал активное участие в деятельности местного Национал-либерального союза. Карл Хаусхофер описывал его как весьма осторожного и рассудительного в делах человека. Он пытался быть благоразумным в своей коммерции. Это проявлялось и когда Рудольф Майер в 1895 году построил в Партенкрихене имение «Кристина», и когда в 1900 году он помогал молодой семье Хаусхофер построить собственный дом в Хартшиммеле. Дед Марты много путешествовал. По своим делам он посетил большинство европейских стран, однако жить предпочитал все-таки уединенно, ведя замкнутый образ жизни. Его сын во многом унаследовал эти черты. Карл Хаусхофер отмечал в своих воспоминаниях, что он проявил решительность лишь однажды, когда возжелал жениться на «сказочно-прекрасной Кристине фон Досс». Хаусхофер писал: «В этом браке, возникшем из сильной и самоотверженной любви, оказались смешаны различные поколения предков, разное наследие, разная кровь. В нем оказались соединены ветви германских, романских князей и патрициев, крепкой баварской и швабской буржуазии с древнейшими семьями евреев-сефардов».