Арафат озабоченно наблюдает, как возросла напряженность между Египтом и Израилем в первые месяцы 1967 года. Он не был заинтересован в начале войны, поскольку его организация еще не была оснащена для сопротивления израильскому врагу. Но Арафат не мог влиять на события. На воздушный бой между сирийской и израильской авиацией, который ясно продемонстрировал преимущество израильтян, Насер отреагировал резкими угрозами. В середине мая верховный главнокомандующий египетской армией объявил на территории Египта полную боевую готовность первой степени. В эти дни Гамаль Абдель Насер потребовал вывода вооруженных сил ООН, которые были размещены в демилитаризованной зоне Синайского полуострова.

Египетский президент заявил, что он должен иметь возможность беспрепятственно довести свои войска на Синайском полуострове до сектора Газа, чтобы в случае необходимости оказать помощь сирийцам, открыв второй фронт. 18 мая Генеральный секретарь ООН без предварительных консультаций с Советом Безопасности согласился на вывод войск ООН из демилитаризованной зоны. Уже 19 мая начался вывод этих контингентов.

Палестинские соединения ПОА заняли освобождаемые позиции. 22 мая Гамаль Абдель Насер выехал в инспекционную поездку на Синай. На следующий день он объявил о запрете израильским кораблям прохода по Красному морю. К этому времени король Хусейн решился на диалог с Насером для координации арабских вооруженных сил.

30 мая король Хусейн встретился с египетским президентом.

Хусейн сразу же выразил свое недовольство палестинскими партизанами. Насер согласился, что эту проблему следует основательно обсудить и приказал доставить на вертолете из сектора Газа тогдашнего шефа ООП Ахмеда Шукейри.

Встречу с Шукейри король описывает так: «Палестинец появился в вызывающе небрежном виде: без галстука, в открытой рубашке, в брюках хаки. Едва войдя в комнату, он устремился ко мне с протянутой рукой. Он сказал: «Я надеюсь после этого полететь в Иорданию, чтобы нанести Вам визит». Однако Насер перебил его: «Ты не потом полетишь в Иорданию, а уже сегодня, с Его величеством». Затем Насер сказал мне: «Вы можете взять Шукейри с собой. Если он причинит Вам неприятности, Вы можете просто запереть его в одну из Ваших башен. Так Вы снимете с меня эту проблему». Это был явный намек на постоянные утверждения Шукейри, что мы в Иордании будем держать палестинцев в тюрьме и жестоко с ними обращаться».

Время Шукейри на посту председателя ООП подходило к концу. Когда 5 июня 1967 года началась открытая война между арабами и израильтянами, то этот человек, который часто предсказывал, что в следующей войне израильтян сбросят в море, замолчал.

О поведении Шукейри в решающие дни Хусейн сообщает: «Шукейри покинул иорданскую столицу Амман в субботу 3 июня, на этот раз на нем была форма в духе Мао. Он поехал в Иерусалим, где устроил пресс-конференцию и сделал одно из своих воинственных заявлений. В понедельник он был в главном штабе верховного главнокомандующего в Аммане. На этот раз в штатской одежде. Он оставался там до вечера и казался очень уверенным.

Днем позже, 6 июня, он внезапно выехал в Сирию. Он хотел просить правительство Дамаска предоставить нам больше помощи. Этот пункт не заслуживает ни слова комментария».

На второй день войны ее исход был предрешен. Арабам пришлось смириться с поражением, равным позору. Как горькое бесчестье воспринималось то, что весь мир смеялся над снимками и описанием бегства арабов. Победители опубликовали фотографии ботинок, оставшихся лежать в пустыне. В прилагаемом тексте рассказывалось о египетских солдатах, которые снимали эти ботинки, чтобы босиком быстрее бежать с фронта. Эти фото воспринимались мировой общественностью и самими арабами как символ арабского поражения.

Редко в новейшей истории столь внезапно обнаруживалось такое резкое противоречие между пропагандой и реальностью. Громкие слова, которые произносили перед войной Гамаль Абдель Насер и Ахмед Шукейри, сделали арабов в свете военных событий посмешищем.

Руководство Фатах настоятельно подчеркивало, что его члены вели себя не как трусы. Арафат, которого начало войны застало в Дамаске, попытался вместе с пятью сотнями партизан из тренировочного лагеря Хаме, находившегося вблизи сирийско-израильской границы, сдержать продвижение израильтян на сирийскую территорию. После окончания боевых действий Арафат вновь оказался в Дамаске. Покидая лагерь Хаме, он отдал приказ обучающимся там партизанам искать в районе боев, теперь занятом израильтянами, оружие, брошенное при бегстве сирийскими соединениями.

Заявление Насера об отставке 9 июня 1967 года Арафат воспринял психологически тяжело. Хотя основатели Аль Фатах никогда не находили взаимопонимания с египетским президентом, однако они сохраняли к нему уважение как к символу арабского единства. Они считали непростительной ошибкой, что Насер почти без подготовки пустился на подобную военную авантюру. Однако они уважали его за то, что этот человек решился не признавать существование государства Израиль. Если Насер уходил в отставку, то арабы теряли образ отца, часто неудобный, но всегда необходимый. Отставка Насера удваивала победу Израиля.

В часы, последовавшие за решением Насера отказаться от политической борьбы, скорбь мешала принять решение о будущей политике партизанского движения.

Однако, как только стало известно о готовности Насера остаться на своем посту, люди вокруг Арафата очнулись от летаргии. Представители Аль Фатах собрались 12 июня в Дамаске. Признание поражения вызвало дискуссию. Довольно значительное число руководителей Фатах придерживалось мнения, что продолжение борьбы в данный момент не имеет смысла. Аль Фатах должна держаться в тени, уйти в подполье, пока арабские армии не будут реорганизованы.

Любой вид партизанской активности сейчас вызовет израильские удары возмездия, которым не смогут противостоять ни египетская, ни иорданская, ни сирийская армии. Если Аль Фатах поведет войну дальше, то это, естественно, вызовет конфликты с правительствами трех государств. Однако в этих конфликтах Аль Фатах будет побеждена как более слабая сторона.

Арафат опровергал это мнение. Его точка зрения: «Если регулярные арабские армии признают свое поражение, то это их дело. Если мы не будем дальше бороться, то и мы признаем свое поражение. Палестинский народ, питавший надежду, будет нас презирать».

Сотни тысяч этого народа вновь теряли корни. Те из них, кто после основания государства Израиль жил в поселениях в районах Иерихона, Хеврона и Набулуса, в массовом порядке переселялись на восток. Теперь они устраивали лагеря на восточном берегу Иордана. Молодые люди из рядов беженцев были теперь резервом для Аль Фатах. Однако их подготовка была бы напрасной, если бы их нельзя было использовать на оккупированных территориях.

Предварительным условием такого использования служила готовность палестинцев, которые не бежали, принимать и прятать у себя партизан с восточного берега Иордана. Предстояло выяснить, существовала ли вообще такая готовность после позорного поражения. 12 июня руководство Фатах приняло решение, чтобы Арафат на месте проверил, как сказалась арабская неудача на настроениях людей, которые должны были теперь жить под израильским оккупационным контролем. Арафат взялся за это поручение. Он уже давно отстаивал тезис, что революционер должен чувствовать себя среди народа, за который он борется, как рыба в воде. Этот тезис не принадлежал ему, он заимствовал его из положений китайских революционеров. Теперь Арафату предстояло проверить, захочет ли палестинский народ быть жизненно важной опорой для революционеров.

Сообщения. Арафата, которые он посылал из оккупированных областей и из Израиля в Дамаск, звучали обнадеживающе: его хорошо приняли, он чувствует себя защищенным, он даже уже посетил свой родной город Иерусалим. Затем в сирийскую столицу к руководству Фатах поступил глубокий анализ, проделанный Арафатом. Арафат подвел итог: население оккупированного западного берега реки Иордан требует, чтобы Аль Фатах продолжала борьбу. Они не принимают пораженчества.