Основной темой разговоров в штабе был бой в Филиппинском море, в котором японцы основательно потрепали американский флот и сорвали высадку на остров Самар. Из-за задержки с выходом линкорной группы из Батанга, полностью сработал план адмирала Одзавы. Корабли адмирала Сима, служившие "наживкой", появились на экранах локаторов американцев, приняли на себя основной удар авиацией, и демонстративно начали отход на северо-запад. Адмирал Оллендорф организовал погоню за ними 34-м оперативном соединением, в составе 6 новейших линкоров, оставив фактически без прикрытия большую группу авианосцев и десантных кораблей. Выскочившая из пролива Сан-Бернадин, группа из 4-х сверхлинкоров, трех крейсеров и трех авианосцев, обогнув остров Самар, поймала американцев "со спущенными штанами". Прикрытия у них не было. Соединение 7-го флота адмирала Кинкейда в заливе Лейте, под командованием адмирала Спрэгью, прекратило своё существование. Лишь на отходе группу Куриты слегка потрепала авиация противника, но они прорвались, и ушли в сторону Борнео. Занятые морским сражением американцы оставили без огневой поддержки высаженный десант, который японцы сбросили в море. 34-му соединению пришлось прекратить погоню за соединением адмирала Сима, и возвращаться к острову Самар. В сражении в море Сибуян японцы не потеряли ни одного корабля, хотя многие имели серьёзные повреждения. И хотя было понятно, что эта победа решающего значения для японцев уже не имела, Филиппины им не удержать, но крови прольётся много. В распоряжении Японии оставались значительные, на первый взгляд, силы: 6 авианесущих боевых единиц разных классов, 7 линкоров, 19 крейсеров и 33 эсминца, всего 64 корабля. Командующего Филиппинской армией генерала Мак-Артура отправили в отставку с формулировкой "за полную военную неспособность", адмиралов Оллендорфа, Хелси и Кинкейда отстранили от командования. Однако Нимиц расширил свои полномочия и ликвидировал неуместное планирование операций в нескольких местах.
По приказу Кузнецова, Жуков проводил занятия и учения подводных сил Тихоокеанского флота, знакомил подводников ТОФа с тактикой и практикой эскадренных действий лодок, сопровождения конвоев и боевых оперативных групп. Провели два выхода в море для показательных учений. Моряки-североморцы на первом выходе буквально разгромили подводные силы ТОФа. Финансируемые по остаточному принципу корабли флота сильно отставали в техническом отношении от новейших лодок Северного флота. Обо всем этом Жуков написал в Москву Наркому. За что и "поплатился": назначили заместителем Юмашева, командующим подводными силами ТОФ. Приняв под начало 111 лодок, 75 из которых были устаревших конструкций, и, попробовав разыграть вариант "завес", Жуков вывел из состава боевых большинство "малюток", часть старых "щук" поставил на переоборудование, благо, что ремонтных и доковых мощностей было достаточно. Несмотря на удалённость, под руководством адмирала Юмашева, флот имел развитую береговую службу и довольно большое доковое хозяйство. Многие моряки прошли подготовку на базе Колд-бей на Аляске. Авиация флота имела новейшие "Кинг Кобры", много спасательных "Каталин", достаточное количество патрульных самолётов "Либерейтор". Сил и средств для обороны Японского моря хватало, но к наступательным действиям, без участия сил Северного флота, флот, конечно, был не готов. Выручало обстоятельство, что океанский императорский флот находился в районе Филиппин, где разыгрывалась битва за последние источники нефти для Японии. Декабрь стремительно приближался, штаб флота был перегружен разработкой операций. С Северного флота постоянным потоком поступали десантные корабли "Северянка" с демонтированной рубкой. Все силы ремонтных бригад перебросили на них, всех умеющих варить матросов и старшин направили восстанавливать ДКМ. Десятого декабря США, Великобритания и Китай выдвинули ультиматум Японии. Наркоминдел СССР присоединился к Ультиматуму, передав соответствующую ноту послу Японии в СССР генералу Татекава. Флот перевели на готовность номер один. Лодки 1-й дивизии СФ ушли к Цусимскому проливу и образовали завесу от острова Чеджу до острова Такара. Приказа начинать активные боевые действия они не имели. Просто встали на позиции. 22-го декабря патрульный самолет ТОФ обнаружил три больших ордера в Восточно-китайском море. Жуков на "Каталине" вылетел к выставленной завесе. Идёт большой японский флот. Дипломаты молчат. Американцы радостно потирают руки. Они нас, всё-таки, подставили. Официально СССР и Япония не находятся в состоянии войны. Жуков свернул завесу и начал отход к Владивостоку. Японцы вошли в Японское море, и взяли курс на Владивосток. Американский флот, по-прежнему, находится в районе Филиппин и поддерживает десанты на островах. Из Японии вылетел большой гидросамолёт, который приводнился у головного ордера. Чтобы выяснить намерения японцев, Юмашев отправил один из дальних разведчиков пролететь над обнаруженными ордерами. С головного "Дзуйкаку" взлетело звено истребителей, атаковать разведчик не стали. Подошли близко, рассмотрели звезды, и отвернули. Погода стояла хорошая, видимость была хорошая. Москва подтвердила прежние приказания: огонь открывать только ответный. К тому времени американцы смогли захватить два аэродрома на Филиппинах и полностью блокировали поставки нефти в Японию, как с Суматры, так и из Борнео. Жуков, лодки которого были на пути эскадр Одзавы, запросил разрешения атаковать танкера в ордерах. Их было восемь, Москва ухватилась за эту идею, и передала ультиматум Японии: "Пересечение 40-го градуса широты Вашим флотом будет считаться объявлением нам войны. Либо отворачиваете, либо мы Вас атакуем!" Жуков получил добро на открытие огня в случае пересечения флотом 40-й параллели. Японцы продолжали сохранять радиомолчание, и следовали противолодочным зигзагом со средней скоростью 15 узлов. Лодки легко держали дистанцию и следовали впереди тактических групп японцев под РДП. Судя по всему, японцы шли экономическим ходом, экономя топливо. Они не стеснялись, так как знали, что Тихоокеанскому флоту выставить особо нечего. Пытались задавить массой. 64 надводных боевых корабля перло к Владивостоку, хотя ещё в 19-м году англичане признали, что преодолеть русскую систему береговой обороны линейному кораблю невозможно, а с 19-го года оборона только усилилась. 10 дивизий пикировщиков, торпедоносцев и бомбёров, прикрытых 12 дивизиями истребителей, ждали в полной боевой готовности японский флот. Более двух с половиной тысяч самолётов. Скрытно подойти к Владику японцам не удалось. Приведены в готовность номер один и части двух фронтов: Приморского и Дальневосточного. Четыре танковых армии, две воздушных, семь общевойсковых на маленькую группировку японских сил численностью 320 тысяч человек, растянутых на 3,5 тысячи километров от Тихого океана до Чойбалсана. Адмирал Одзава проскочил 40-ю параллель, и семь лодок Жукова выплюнули 16 самонаводящихся торпед по танкерам противника. А 12 тысяч орудий начали 45-тиминутную артподготовку в лучших традициях лучшей артиллерии мира. Фронты двинулись вперёд, а японский флот по инерции ещё катился вперёд. Потеря семи танкеров поставила его на грань катастрофы, топлива на отход не было. "К-84" атаковала ещё раз последний танкер, который получил до этого торпеду, но сохранил плавучесть и ход, а четыре лодки заходили на ударную группировку Куриты на траверзе Хамхына. С берега поднялись бомбардировщики и торпедоносцы. Их прикрывало более тысячи "Кинг кобр". Армада самолётов шла к трём эскадрам японцев, у которых было чуть более двух сотен самолётов. Неожиданно линкоры "Ямато" и "Мукаси" сбросили ход, и заговорила радиостанция "Ямато", предлагая прибыть на борт адмиралу Юмашеву.
— Сэвва Тэнно выступил с радиообращением к народу и повелел капитулировать. Я не могу не последовать его божественным указаниям. Адмирал Одзава.
— Кимонотохеровато! — проговорил Жуков, складывая ручки перископа "К-91", и опуская его вниз.
Юмашев передал Жукову команду всплыть и подойти к "Ямато". Команду приняла "К-62" и по звукопроводке передала это на все лодки. Жуков прошёл на 200-метровой глубине, используя "подкрадывающиеся" двигатели, не был обнаружен и всплыл в трех кабельтовых от "Ямато". Появление лодки внутри ордера было шоком для японцев. Они считали лодки вспомогательными кораблями. Их лодки были большими, шумными, с небольшой глубиной погружения. Здесь у борта суперлинкора всплыла зализанная черная субмарина, несущая 24 самоуправляемых "смертей", каждая из которых могла разворотить брюхо любого линкора, и, до момента пуска, ни один человек японского флота даже не услышит подкрадывающейся смерти. На палубе надули подковообразную шлюпку, адмирал и пять матросов с автоматами ППС-43 пересели в неё. Рыкнул 30-сильный "Меркьюри", и шлюпка полетела к правому борту "Ямато". Поднявшись на борт, Жуков, в парадном мундире, приняв рапорт от дежурного офицера на английском языке, представился:
— Вице-адмирал Жуков, командующий подводными силами Тихоокеанского флота СССР.
Один из автоматчиков остался в шлюпке, один у трапа, трое последовали вместе с Жуковым за вахтенным офицером.
— Адмирал Одзава, командующий Императорским флотом Японии.
Жуков ещё раз представился.
— Его величество Император Японии сегодня в 12.00 по Токийскому времени высочайше повелел принять условия капитуляции Японии, выдвинутые Объединёнными Нациями 10-го декабря текущего года. Его Величество высочайше повелел остановить операцию "Ока" (Цветок вишни) против Вашего флота, и капитулировать перед полномочным представителем командования Тихоокеанского флота.