«Господа лотарингцы» вознамерились было казнить Конде под предлогом его участия в Амбуазском заговоре, однако Екатерина Медичи взяла принца под свою защиту, понимая, что его смерть незамедлительно спровоцирует мятеж Бурбонов, Шатийонов и их дяди Монморанси. Кроме того, вожди гугенотов нужны были ей в качестве противовеса влиянию Гизов: «разделяй и властвуй» отныне стало ее политическим кредо. Впрочем, у нее и не было иного выбора. Кончина Франциска II 5 декабря 1560 года, лишившая Гизов главного рычага воздействия на власть, позволила королеве-матери стать хозяйкой положения. Она потребовала, чтобы Антуан Бурбон отрекся от протестантизма, тем самым обеспечив помилование для Конде. При поддержке со стороны кардинала Лотарингского она добилась своего. Легкомысленный Антуан позволил увлечь себя обещаниями, в которые едва ли поверил бы более основательный человек: перед ним открывалась радужная перспектива стать королем Сардинии и возглавить крестовый поход против турок. В качестве гарантии исполнения данных обещаний он получил должность генерального наместника Французского королевства — и его протестантский дух рассеялся как сон.

Впрочем, это произойдет несколько позже, а сразу после Амбуазского заговора в межконфессиональной и политической борьбе наступила короткая передышка. По инициативе Екатерины Медичи канцлером был назначен Мишель де Лопиталь, известный умеренностью своих взглядов. Гонения на гугенотов временно прекратились. Амбуазский эдикт 1560 года предоставил на ближайшие два года свободу совести, хотя и не разрешал свободного отправления протестантского культа. В этой обстановке религиозно-политической «оттепели» Жанна д’Альбре еще соблюдала известную осмотрительность, предпочитая не раздражать ни папу, ни местное католическое духовенство. Прежде всего это касалось воспитания юного принца Наваррского. Ему исполнилось уже шесть лет, и это был возраст, когда мальчики переходили из-под опеки женщин в мужские руки. На смену мадам де Миоссан пришел Шарль де Бомануар де Лаварден, сын которого Жан де Лаварден, двумя годами старше Генриха, станет одним из его верных товарищей. Крещенный по католическому обряду принц Наваррский тогда впервые стал подвергаться влиянию новой проповеди благодаря его наставнику Ла Гошри, назначенному не без влияния Теодора де Беза и вопреки решительному протесту кардинала д’Арманьяка. Прелат апеллировал к папе римскому, угрожая Антуану Бурбону отрешением от власти. Двое проповедников, а также наставник юного принца Ла Гошри были отлучены от церкви.

Узнав об этом, Екатерина Медичи в августе 1560 года обратилась с письмом к Антуану, убеждая его не впадать в ересь и приглашая прибыть ко двору. Ей пришлось не раз повторять приглашение, прежде чем он согласился, да и то лишь когда к нему с королевским приглашением приехал его брат, кардинал Бурбон. Однако король Наварры, вопреки ожиданиям королевы-матери, двинулся в путь в сопровождении многочисленного отряда, который можно было бы назвать небольшой армией, постоянно увеличивавшейся благодаря присоединению все новых дворян по мере ее продвижения по территории Гиени, Лимузена, Сентонжа и Пуату. Такого визита при дворе не ожидали и восприняли его как прямую угрозу. В дело вмешались Гизы. Близ Орлеана, где находился тогда король, их армия встретила отряд Антуана, как мятежников. Личное вмешательство Екатерины Медичи позволило предотвратить кровопролитие, а последовавшая вскоре затем смерть Франциска II в корне изменила ситуацию. Произошел своего рода дворцовый переворот: после вступления на престол Карла IX молодой вдове Марии Стюарт пришлось вернуться в Шотландию, и влиянию ее родственников Гизов пришел конец.

Королева-мать, фактически ставшая регентшей при малолетнем короле, решила привлечь на свою сторону Антуана Бурбона и с этой целью изменила свою тактику в отношении гугенотов. Она удивила многих, позволив отправление протестантского культа в частных домах. Так неожиданным образом началась эра веротерпимости. На это Жанна д’Альбре ответила демонстративным актом: в душе уже будучи приверженкой протестантизма, она открыто заявила о своих религиозных убеждениях, распорядившись 25 декабря 1560 года провести в По церемонию причащения под обоими видами — хлебом и вином. В своих мемуарах она утверждала, что ей было дано благодатное озарение, вследствие чего она решила отринуть ересь католицизма. В действительности же это было политическое решение, направленное против католиков вообще и Гизов в особенности. Контролируя весь юго-запад Франции, королева Наваррская представляла мощную политическую силу, с которой корона вынуждена была считаться. Обращение Жанны д’Альбре в протестантизм приветствовали в своих поздравительных посланиях Елизавета Английская и Жан Кальвин, по достоинству оценивший успех усилий, предпринятых Теодором де Безом. Желая как можно громче заявить о своем обращении в протестантизм, королева уведомила супруга, что намеревается прибыть к французскому двору. В январе 1561 года Антуан в ответном послании одобрил это ее намерение.

К принятию судьбоносного решения о переходе в новую веру Жанну подтолкнуло не только ее религиозное убеждение, непреклонное и неизменное (чего так недоставало ее легкомысленному супругу и не менее легкомысленному сыну Генриху), но и горечь обманутой жены. Время нежных чувств и любовных писем отныне безвозвратно ушло. Ей нестерпимы были доходившие до нее слухи о любовных похождениях Антуана, о праздниках, кои устраивал он для своих метресс, о застольях, переходивших в оргии. Возможно, гугеноты, рассказывая о его непотребном поведении, намеренно сгущали краски, чтобы тем вернее завлечь королеву Наваррскую в свои сети. Гизы, в свою очередь, распускали эти слухи, дабы сделать необратимым отчуждение супругов. В какой-то, а возможно, и в значительной, мере приход Жанны к Реформации объяснялся ее желанием спасти свою супружескую честь и преодолеть собственное отчаяние. Новой религии она отдалась столь же безоглядно, как когда-то любви к супругу, постаравшись передать свое религиозное чувство и детям. Генриху Наваррскому тогда едва исполнилось семь лет, но, будучи смышленым и чутким ребенком, он не мог не почувствовать происшедшую в душе матери перемену.

1561 год оказался особенно трудным в семейной жизни королевской четы Наварры. Антуан окончательно сделал выбор в пользу Римско-католической церкви. Когда 27 марта 1561 года Екатерина Медичи назначила его генеральным наместником Французского королевства (должность, делавшая его третьим лицом в государстве после королевы-матери и ее сына Карла IX), одним из первых его распоряжений в этом качестве было требование, чтобы супруга отреклась от протестантизма. В ответ Жанна д’Альбре, как и следовало ожидать, заявила, что не только не отречется, но и готова отстаивать свои религиозные убеждения в открытой полемике с католическими проповедниками.

Назначив на время своего отсутствия ответственных за управление в собственных владениях, приняв меры по защите протестантских проповедников и подлечившись на термальных водах, она в июле того года отправилась в столицу Франции вместе с сыном Генрихом и дочерью Екатериной. Не исключено, что она намеревалась предпринять последнее усилие в борьбе за супруга, постараться вырвать его из цепких рук новых приятелей и любовниц. О том, с чем пришлось ей столкнуться в Париже, можно судить по анекдоту, пересказанному (или сочиненному) Брантомом. Приехав однажды ко двору, где оживленно обсуждали амурные похождения ее супруга, Жанна д’Альбре, приветствуя собравшихся дам и девиц, демонстративно прошла, не удостоив ее, как других, дружеского поцелуя, мимо дамы, которая была ей известна как любовница мужа (Брантом деликатно не называет ее по имени). Тогда соперница, почувствовав себя уязвленной, тихо, но так, чтобы все слышали, сказала: «Вы повернулись ко мне задом, но, клянусь святыми, поцелуй, в коем вы отказали мне, будет стоить вам другого поцелуя, коим ради любви ко мне не порадует вас ваш супруг!»