На протяжении всего пути от По до Парижа Жанна д’Альбре агитировала за новую веру, обличала происки папистов и обещала покровительство своим сторонникам. 20 августа она прибыла в Лонжюмо, где ее восторженно приветствовало множество парижских гугенотов, вышедших ей навстречу. На следующий день она с детьми уже была в Париже. Ее прибытие не осталось незамеченным, хотя и не сопровождалось манифестацией приверженцев, как накануне. В городе, ставшем цитаделью католицизма, обстановка была столь напряженной, что двор во главе с новым королем Карлом IX по возвращении с коронационных торжеств в Реймсе предпочел остановиться не в Лувре, а в одном из пригородов, в аббатстве Сен-Жермен-де-Пре, перебравшись затем в Сен-Жермен-ан-Лэ. В столице у Жанны не было постоянной резиденции, и она остановилась в особняке одного из своих сторонников, где, прежде чем встретиться с Екатериной Медичи, провела несколько дней в уединении, беседуя со своим духовным наставником Теодором де Безом, прибывшим из Женевы для участия в прениях по религиозным вопросам, которые по инициативе короля Франции должны были состояться в Пуасси. В самом Париже по случаю прибытия королевы Наваррской и одного из кальвинистских вождей протестанты, как доносил венецианский посол, провели богослужение, в котором приняли участие до пяти тысяч человек.

29 августа Антуан Бурбон, его брат Конде и адмирал Колиньи торжественным кортежем сопроводили Жанну д’Альбре из Парижа в Сен-Жермен-ан-Лэ, где ее прибытия ожидала Екатерина Медичи, считавшая встречу с королевой Наваррской своей большой личной победой. Ее присутствие при дворе должно было служить наглядным выражением политики религиозного примирения, которую решила проводить королева-мать, а потому ей был оказан такой прием, которого удостаивались только самые высокие иностранные гости. Во время придворных празднеств Жанна д’Альбре восседала рядом с Екатериной Медичи, а ее сыну Генриху отводилось место наравне с королем Карлом IX, по рангу выше, чем у будущего Генриха III и принцессы Маргариты. Многое теперь пошло по-другому. Колиньи вновь стал членом Королевского совета, и ему прочили место наставника малолетнего короля. Его брат кардинал Шатийон, епископ Бове, публично объявил о своем переходе в протестантизм. Проведя скорее для видимости процесс по делу о государственной измене, Конде объявили невиновным. Королева-мать умело вела свою тонкую игру, нейтрализовав Антуана Бурбона предоставлением ему должности генерального наместника. Переменчивый Антуан вернулся в католицизм, демонстрируя свойственные ему метания: на Пасху он удалялся в монастырь, перед этим публично поприсутствовав на мессе, в июне вдруг взял себе протестантского проповедника и ежедневно бывал на протестантском богослужении, а в июле опять был образцовым католиком. Эти шараханья из крайности в крайность вызывали предельное возмущение Кальвина, а скандальные амурные похождения генерального наместника королевства вынудили вождя протестантов дать о нем уже известный нам нелицеприятный отзыв. Вскоре по прибытии Жанна д’Альбре убедилась, что бессильна возвратить супруга на праведный путь и, дабы не компрометировать себя, решила отдалиться от него.

С 9 сентября по 9 октября 1561 года проходили знаменитые прения в Пуасси, в ходе которых в присутствии многочисленных слушателей католические и протестантские теологи отстаивали истинность своего вероучения. Ни переубедить друг друга, ни прийти к единому мнению они не могли, и все же это была невиданная прежде свобода выражения собственных убеждений. Как ни странно, эти, казалось бы, сугубо теологические вопросы заинтересовали многих, в том числе и придворных. По вечерам, после дебатов, пасторы проповедовали как протестантам, так и католикам. Теодор де Без, возглавлявший группу протестантских теологов, пользовался особым успехом. Под влиянием его проповедей многие дворяне изгоняли из своих домов исповедников и капелланов.

Жанна д’Альбре демонстрировала свою приверженность Реформации с пылом, присущим неофитам, возможно, даже неуместным в обстановке, когда, казалось, устанавливаются взаимопонимание и терпимость по отношению друг к другу католиков и протестантов. Она решительно отказывалась идти на мессу и бичевала «папистов» с поистине слепым фанатизмом. В день, когда члены духовно-рыцарского ордена Святого Михаила проводили торжественную мессу, она демонстративно устроила в пригороде Парижа Аржантейле бракосочетание своего племянника по кальвинистскому обряду. Окончательно осмелев, она прямо в своих апартаментах проводила кальвинистское богослужение, на которое собирались до четырехсот человек, распевавших псалмы в превосходном переводе Клемана Маро. Отвага Жанны дошла до того, что она пригласила на свое религиозное собрание папского легата, кардинала Феррарского, и он не отказался. В тот день, как сообщает очевидец, в хоре исполнявших псалмы различимы были голоса Генриха Наваррского и его кузена Генриха Конде. В то же самое время Екатерина Медичи предоставила придворную капеллу Святого Людовика в распоряжение обоих культов — один день там служили мессу, а другой проводили протестантское богослужение, причем сама она поочередно посещала то и другое. Ее примеру следовал и Антуан Бурбон.

Королева-мать решила изменить порядок религиозного воспитания своих детей, разрешив им читать молитвы и петь псалмы на французском языке, а не на латыни, как требовал католический обряд. По завершении прений в Пуасси она позволила Теодору де Безу остаться при дворе, уважив коллективную просьбу Жанны д’Альбре, Конде и братьев Шатийонов, а те задумали, ни много ни мало, обратить в свою веру самого короля. Карл IX будто бы изъявлял такое желание, уверяя, что порвет с католицизмом, как только начнет править самостоятельно. Они принялись также обрабатывать и брата короля, будущего Генриха III, за которого Антуан Бурбон мечтал выдать замуж свою дочь Екатерину. Юный принц, прежде ревностный католик, начал поддаваться их влиянию и даже попытался увлечь своим примером сестру Маргариту, но тщетно: Марго до конца своих дней оставалась убежденной католичкой. Сама Жанна д’Альбре, как ни старалась, не могла обратить в свою веру будущую невестку.

Что же до Екатерины Медичи, то она продолжала демонстрировать широту взглядов (впрочем, она никогда не было ревностной католичкой и вообще глубоко верующим человеком). Испанский посланник при французском королевском дворе рассказал в своем донесении Филиппу II о невероятном представлении, разыгранном в его присутствии 24 октября 1561 года. Они чинно беседовали с королевой-матерью, когда в помещение ворвались верхом на ослах юные принцы. Впереди — Генрих Наваррский в красной сутане и стихаре, за ним следовали Карл IX, его братья и приятели, нарядившиеся прелатами и монахами. Екатерина Медичи искренне расхохоталась, тем самым приведя гостя в еще большее смущение. В ноябре этот кощунственный фарс повторился. На сей раз кавалькаду возглавлял Карл IX, облаченный в белый стихарь, с папским посохом и митрой на голове, ведя за собой Генриха Наваррского, братьев и приятелей. Эти «детские шалости», как назвала их, извиняясь перед важным иностранным гостем, королева-мать, весьма показательны для того непродолжительного периода, когда казалось, что в королевстве воцарились веротерпимость и свобода волеизъявления. В январе 1562 года государственный канцлер Мишель Лопиталь при поддержке Теодора де Беза и Колиньи и с одобрения Екатерины Медичи опубликовал эдикт о веротерпимости, впервые дозволявший во Франции отправление кальвинистского культа, хотя и при определенных условиях.

Реакция католического лагеря не заставила себя долго ждать. Французское духовенство яростно протестовало, папство и Испания объединили свои усилия, чтобы помешать королеве-матери продолжать ее, как они говорили, сатанинскую политику. Слабым звеном, как всегда, оказался Антуан Бурбон, которого испанцы постарались увлечь лестными обещаниями, потребовав взамен, чтобы он провел через Королевский совет постановление о запрете протестантского культа. Осознав серьезность положения, поняв, что зашла слишком далеко, пошла на попятную и королева-мать. Карлу IX были возвращены его прежние наставники, Гизы опять оказались в фаворе, а Шатийоны, напротив, получили отставку.