Напрасно готовил Никон поучение самодержцу, царь не желал более слушать нотации. Никон не шел во дворец — Алексей Михайлович и его двор не появились на патриаршей службе 8 июля, в праздник Казанской Божией Матери. На праздник Ризы Господней 10 июля Никон приказал благовестить, пока царь не явится в Успенский собор. Он забыл, как тот пренебрегал службами патриарха Иосифа, молясь с ним, Никоном, в дворцовых церквах, и был уверен, что благочестие вынудит самодержца преодолеть гордыню. Долго гудели в Кремле большие колокола, призывая сначала на вечерню, а потом на всенощную. Патриарх обнаружил, что остался один, что его освященная саном власть чуть ли не вся была властью царского любимца, а сверхъестественные способности ограничивались влиянием на одного человека. Исчезли толпы, собиравшиеся при входе в патриарший дворец. Даже нищие попы разбежались по Москве, ожидая, чем кончится ссора, а патриаршие слуги вспомнили, что законный суд над священнослужителями принадлежит Монастырскому приказу.

После заутрени в Успенский собор вступил прославленный храбрец князь Ромодановский ^[29]: "Царское величество гневен на тебя, и сего ради к заутрене не пришел, и к святой литургии ожидать себя не повелел… Ты царским величеством пренебрег и пишешься великим государем, а у нас один есть великий государь — царь". "Называюсь я великим государем не самозванно, — отвечал Никон, — так восхотел и повелел мне называться и писаться его царское величество. На то свидетельство имеем мы: грамоты, писанные царского величества рукою". "Царское величество, — возразил князь, — почел тебя, как отца и пастыря, но ты не уразумел, и ныне царское величество повелел мне сказать тебе: отныне впредь да не пишешься и не называешься великим государем, а царь почитать тебя впредь не будет!"

Никон велел принести простую монашескую рясу, клобук и палку, решив наказать самодержца по евангельскому слову: "Если гонят вас из града, бегите в иной град". Отслужив литургию, патриарх стал говорить народу о своем недостоинстве, что он более трех лет не хотел быть в патриархах и только государь его уговорил, а впредь на Москве патриархом быть не желает и идет по смерть свою в монастырь. Прихожане, не выпуская Никона, заперли соборные двери и послали митрополита Крутицкого Питирима сообщить царю. Сидя в бедном одеянии на ступеньке патриаршего престола, Никон ждал, что царь и его советники бросятся умолять о прощении. И действительно, в собор пришел виднейший боярин Алексей Никитич Трубецкой с государевым словом: "Для чего он патриаршество оставляет, не посоветовавшись с великим государем, и от чьего гоненья, и кто его гонит? И он бы, святейший, патриаршества не оставлял и был по-прежнему".

Никону нужно было не примирение, а победа над гордыней самодержца, и он отвечал с показной кротостью: "Оставил я патриаршество собою, а ни от чьего и ни от какого гоненья, государева гнева на меня никакого не бывало. А я о том и прежде государю бил челом и извещал, что мне больше трех лет на патриаршестве не быть". С этими словами Никон дал Трубецкому письмо к царю и велел просить у Алексея Михайловича отвести ему келью. Трубецкой сдержался и, перед тем как уйти, попросил у патриарха благословения. "Какое тебе от меня благословение? — ответил Никон. — Я не достоин патриархом быть, если хочешь, сам тебе стану исповедовать грехи свои". "Мне до того какое дело, твою исповедь слушать, — сорвался Трубецкой, — то дело не мое!" Он поспешил во дворец, но вскоре вернулся, велел открыть соборные врата и вернул Никону его письмо. "Великий государь велел тебе сказать, — объявил князь, — чтобы ты патриаршества не оставлял и был по-прежнему. А келий и на Патриаршем дворе много, в которой хочешь — в той и живи!" "Я уж слова своего не переменю, — отвечал оскорбленный равнодушием царя Никон, — давно у меня о том обещанье, что патриархом мне не быть!" И пошел из соборной церкви вон.

Никон решил отказаться от мира, затворившись в Воскресенском монастыре. Приехавший из Москвы Трубецкой узрел его в грубом рубище и железных веригах, умерщвляющего плоть воздержанием, постом, молитвой и трудами. "Убоялся я того, — объяснил Никон свой отъезд из Москвы, — чтобы мне, больному, в патриархах не умереть; а впредь в патриархах быть не хочу — если захочу быть патриархом, пусть я проклят буду и анафемствован!" На свое место Никон повелел выбрать другого патриарха, пока же благословил ведать церковью митрополита Крутицкого Питирима.

Алексей Михайлович, умиляясь его подвижничеством, согласился оставить за Никоном Воскресенский, Иверский и Крестный монастыри со всеми приписными владениями, в которых работало более шести тысяч крестьян. Чтобы доходов хватало на возведение храма в Новом Иерусалиме, царь отказался взимать с них налоги и оброки. Он то и дело присылал Никону деньги, жаловал братию от своего стола, делал в пользу Новоиерусалимского храма отчисления с Камских соляных варниц. Через год после оставления Никоном престола царь прислал к нему гонца предупредить о татарском набеге и просил укрыться в Макариев Калязин монастырь, имевший крепкие стены. Патриарх ответил резко: "Чем в Калязин идти, лучше мне быть в Зачатейском монастыре, что в Китае-городе в углу!" "Про который святейший патриарх Зачатейский монастырь говорит, что он лучше Калягина монастыря?" — вопросил царский посыльный. "Тот, — ответил Никон, — что на Варварском крестце под горой у Зачатия". "Так там же тюрьма, а не монастырь", — возразил гонец. "Вот и возвести великому государю, — сказал Никон, — что иду в Зачатейский монастырь доложить о своих нуждах".

В Москве он остановился на Иверском подворье и известил царя, что желает беседовать с ним, дать благословение и уйти обратно, как только кончится татарская опасность. Алексей Михайлович и бояре стали совет держать и в первый день Никона во дворец не пустили. Во второй день послали к патриарху думного посольского дьяка Алмаза Иванова спросить, о чем он хочет говорить с государем. Никон отвечать дипломату отказался и благословения царю заочно не дал. Он волновался и ничего не ел до вечера третьего дня, когда после бурных споров во дворце его пригласили к государю. Сопровождаемый толпами народа, ликующего по поводу возвращения архипастыря и отступления крымских татар, Никон прошествовал во дворец. Царь встретил его на переднем крыльце и проводил в палату, где они как прежде говорили о государевой семье, военных делах и душеспасительных вещах. Затем Никон пошел к царице и детям Алексея Михайловича, задержавшись на женской половине часов до четырех ночи в молитвах. Ни единого слова о его возвращении произнесено не было. Отказавшись прийти на утренний пир во дворец, Никон на рассвете покинул столицу, где ему на каждом шагу чудились заговоры.

Никону мнилось, что враги чуть не настигли его в Крестном монастыре на Белом море, где он строил собор Воздвижения и вырубал в диком камне колодезь. Келейник его Феодосий оказался подосланным Крутицким митрополитом Питиримом и Чудовским архимандритом Павлом. Они якобы обещали Феодосию сан митрополита Новгородского, если тот отравит Никона. Злодей был замечен за приготовлением зелья, схвачен и допрошен, собственноручное признание отправлено в Москву с убийцей и его сообщником. На следствии церковные иерархи вышли сухими из воды, казни подвергся один Феодосий. В гневе Никон заявил, что оставил лишь московский престол, но не отрекался от сана патриарха, что все архиереи, поставленные им на свои степени, должны его почитать, а Питирим Крутицкий "седалище архиерея великого олюбодействовал незаконно". Алексей Михайлович крайне обеспокоился доносом, что бывший патриарх проклинает самодержца и поет на молебне неприличные псалмы: "Да будет двор его пуст, и жена его вдова, и чада его сироты". Немедля в Москве был созван собор русских и иностранных архиереев, постановивший сослать Никона, но один или два архиерея настаивали на расследовании. Царь согласился с последними.