Митрополит Газский Паисий Лигарид с толпой духовных лиц и придворных, с воинством полковника Василия Философова окружил Воскресенский монастырь. Они не стали слушать объяснения Никона, что он проклинал не царя, а своего супостата и доносчика Романа Бобарыкина, оттягавшего в суде часть монастырской земли. Месяц, пока велось следствие, монастырь был окружен стражей, его работники томились в колодках. Следствие ничего не дало, но Новый Иерусалим остался под стрелецкой охраной. Никон видел, что его попытка уйти от мира не удалась. То и дело в монастырь по доносам набегали следователи. Царя особенно волновало пребывание в Новом Иерусалиме иноземцев — греков, поляков, украинцев, белорусов, новокрещеных немцев и евреев, с которыми Никон вел беседы о положении Православной церкви в России. Выговоры из Кремля сыпались один за другим, однако царь не забывал посылать множество гостинцев, которые Никон делил с братией.
Непоследовательность государя склонила Никона поддаться на уговоры придворного Никиты Зюзина, писавшего в Новый Иерусалим, что Алексей Михайлович через своих приближенных — Афанасия Лаврентьевича Ордина- Нащокина, Артамона Сергеевича Матвеева и других — выражает желание, чтобы патриарх занял свое место в столице. В посланиях Зюзина указывалось число, когда патриарх должен прийти к Москве, и время — к воскресной заутрене; говорилось, что Никон должен представиться у городских ворот архимандритом Саввино-Сторожевского монастыря. В Успенском соборе, сев на патриаршее место и опершись на оставленный там при сошествии с кафедры посох св. Петра митрополита, Никон должен был принять одну за другой три царских делегации, взять из их рук ключи от патриаршего дворца. На этом распрю считалось возможным прекратить. Не без колебаний Никон 17 декабря 1664 г. поехал в столицу, выполняя все данные ему от имени царя предписания.
Внезапно появившись в Успенском соборе под пение "Достойно есть", изгнанник целовал иконы, взял прислоненный к патриаршему месту архиерейский жезл и под смятенный шепот духовенства, к восторгу народа, занял свое место. Во дворце со многими сановниками чуть не приключился удар, Алексей Михайлович ничего о посланиях Зюзина не знал. Царь созвал бояр и отрядил людей узнать, чего ради святейший в Кремль пожаловал. "Принес я мир и благословение великому государю, дому его царскому и всей своей пастве!" — отвечал Никон. Светские власти и архиереи послали передать: "Возвращайся в Воскресенский монастырь, не видя лица царского". Никон уперся: "Хочу видеть лицо царское и благословить дом его!" Еще не кончилась заутреня, как в третий раз пришли от царя: "Великий государь повелел тебе идти назад в Воскресенский монастырь!"
Никон поклонился иконам и, взяв посох Петра митрополита, сел в сани за воротами Кремля. Но прежде отряс он прах с ног своих с Христовыми словами: "Где не приемлют вас — исходите из града того, и прах, прилипший к ногам вашим, отрясайте, свидетельствуя на него; сего ради и я прах, прилипший к ногам моим, отрясаю вам!" "Ничего, — сказал стрелецкий полковник, — мы прах сей подметем!" "Разметет вас сия метла, — молвил Никон, указывая на явившуюся в небесах комету, — что реет на небеси!" Пока он ехал в свою обитель, государь с архиереями и боярами совещались, как забрать святой посох. Решили, если посох несет иподьякон — отнять, если же у самого Никона в санях или в руках — просить честью, а пока не отдаст, не отходить. Задержанный на двое суток в селе Черневе, Никон не стерпел озлобления — послал врагам посох, а царю письма, которые писал к нему бедный Зюзин. Матвеев и Нащокин насилу доказали, что не говорили от имени царя с осужденным Зюзиным. Да и трудно было поверить, чтобы два злейших врага согласно действовали.
Жестокое время усилило стремление Никона к монашеским подвигам. Он омывал ноги двухсот или трехсот богомольцев в праздники, ел вареную капусту с сухарной крошкой, в разрешенные дни — огурцы и уху из рыб, коих сам ловил. Работал в овчине и грубой рясе цвета пепла, подпоясанный широким кожаным поясом, в церковь надевал мантию из черного сукна, посох носил из ветви. В посты уходил в пустынь, истязал плоть поклонами и молитвами.
Царь собирал на Никона церковные соборы, копил подаваемые на него доносы. Но не находили русские архиереи правила, чтобы законно лишить патриарха сана, а Никон стоял на том, что покинул патриарший престол временно и от Москвы не в дальние места отошел; как царское величество гнев на милость положит, придет назад.
Всего шесть лет правил Никон Церковью (1653 — 1658 гг.), а распря с государем длилась уже более восьми (1658 — 1666). Наконец Алексей Михайлович и его советники исхитрились собрать в Москве множество православных архиереев из разных стран — и среди них двух патриархов: Паисия Александрийского и Макария Антиохийского. Договорившись с искателями милостыни и взяв подписки с русских иерархов, государь организовал осуждение Никона церковным собором.
В конце ноября 1666 г. большой военный отряд окружил Новый Иерусалим. Богатые возки выгрузили перед кельей патриарха целую делегацию. Перед одетым в овчину и подпоясанным веревкой Никоном предстали архиепископ Псковский Арсений, архимандриты и игумены, стрелецкий полковник и прочие царские посланцы. Объявив титулы царя и восточных патриархов, они передали веление явиться на собор и дать ответ, почему он оставил престол. Никон не отказал себе в удовольствии заметить, что патриархи не знают церковных правил. За оставившим епархию епископом полагалось до трех раз присылать двух или трех архиереев, а не каких-то архимандритов и игуменов! Судить же его имеет право Константинопольский или Иерусалимский патриархи, которые ставят на патриаршие престолы, а не Александрийский, живущий в Египте, и не Антиохийский, обитающий в Дамаске! В ответ раздались бесчинные вопли: "Мы тебе не по правилам говорим, а по государскому указу!" Довольный произведенным впечатлением, Никон заметил, что хотя судить его права не имеют, он придет в Москву обсудить духовные дела. Он взял с собой несколько книг и большой крест, который должны были нести перед ним соответственно сану, исповедался и причастился: "Я ныне готовлюсь к небесному Царю". У креста на Елеонской горе он простился с братией и монастырскими работниками; несмотря на мороз и ветер, люди долго плакали.
За несколько часов до рассвета обоз въезжал в Москву. В Смоленских воротах и на Каменном мосту горели яркие огни — свиту Никона осматривали и пересчитывали. В Кремле ворота распахнулись, лишь когда шпионы опознали, а стрельцы схватили верного Никону слугу Иоанна Шушерина. Никона со свитой заперли на одиноком дворе, обоз с продуктами из Нового Иерусалима отогнали на Воскресенское подворье. Голодным и бессонным повлекли патриарха на суд, по дороге не раз останавливая с требованием, чтобы шел без креста. Сани патриарха пробирались между толпами народа мимо Благовещенского собора: из врат доносилось пение, Никон хотел войти помолиться, но двери захлопнулись перед ним. У паперти стояли богато украшенные упряжки восточных патриархов, кони их были увешаны соболями. Никон поставил рядом свою клячу и крестьянские сани.
Далее он пошел пешим, кланяясь каждой церкви, двери которых неизменно запирались. Захлопнулась на глазах у патриарха и дверь Столовой царской палаты, где собрались царь, бояре и архиереи. Там спорили: вставать или не вставать при его появлении. Решили не вставать. Никон вступил в палату, приказав нести впереди себя крест, и все встали. Царь сохранял вид судьи, стоя на высоком помосте перед троном. Слева от него были устроены сверкающие драгоценностями кресла патриархов. Алексей Михайлович, еле шевеля губами и показывая рукой, тихо просил Никона сесть справа от себя в углу на простую лавку. Патриарх оглянулся, как бы ища места, и громко ответил: "Благочестивый царь, не ведал я твоего намерения и потому места, на котором должен сидеть, с собой не принес, а мое место здесь занято. Но говори, чего ради призвал нас на собранное тобою здесь соборище?" К ужасу собравшихся царь спустился с помоста и стал на одном уровне с Никоном у стола, прося восточных патриархов рассудить его с покинувшим свой престол архипастырем.