Ближайшим сотрудником Петра в этой коренной церковной реформе и автором «Духовного регламента» был псковский архиепископ Феофан Прокопович, родом малоросс, — живой, умный и энергичный человек. Он кончил Киевскую академию и, кроме того, учился в католических коллегиях в Кракове, Львове и даже в самом Риме. В этих коллегиях он проникся антипатией к католичеству, к схоластическому богословию и вообще к «папежскому духу», которого не терпел и Петр Великий. В данном случае, как можно видеть, сошлись люди с одинаковыми взглядами. Феофан Прокопович был полной противоположностью Стефану Яворскому в отношении к католичеству. Стефан Яворский тоже учился в католических коллегиях, но вынес оттуда, наоборот, симпатии к католицизму.

Изучая протестантское богословие, Ф. Прокопович усвоил некоторые протестантские воззрения и выражал их в своих произведениях, что вызвало даже полемику в русской литературе (Стефан Яворский составил огромное сочинение «Камень веры», наполненное скрытой полемикой с Ф. Прокоповичем). Петр, сам воспитанный на протестантизме, познакомившись в Киеве в 1716 году с Ф. Прокоповичем, который приветствовал его речью и поразил Петра своим умом, жизнерадостностью и остроумием, сделал его епископом Псковским и перевел его в Петербург. С этого момента Прокопович стал правой рукой Петра в церковных делах: он и написал «Духовный регламент», который был отредактирован самим Петром. Феофан Прокопович и Стефан Яворский были представителями двух главнейших направлений в русской богословской науке, которая и в позднейшее время развивалась в пределах этих двух направлений: одно из них тяготело к католицизму, другое — к протестантизму.

Надо заметить, что Феофан Прокопович был не только сотрудником Петра, но и собутыльником. Сохранился ряд анекдотов, в которых рассказывается об участии Феофана Прокоповича в пирушках. Рассказывают, например, такой случай. Петр, услыхав о том, что Феофан Прокопович слишком уж предается кутежам, и желая проверить эти слухи, явился раз ночью и застал Феофана Прокоповича в компании приятелей за пирушкой. Те не растерялись и не смутились и встретили Петра пением: «Се жених грядет во полунощи». Петра так это развеселило, что он даже и не наложил никакого наказания на участников кутежа.

«Духовный регламент» Феофана Прокоповича — не сухой научный трактат, а живое литературное произведение, памятник не только законодательства, но литературы и общественной мысли.

В «Регламенте» совершенно справедливо указывалось на вред единоличного управления патриарха и на политические неудобства, происходящие от его преувеличенной авторитетности не только в делах церковных, но и в государственных. «От соборного правления можно не опасаться отечеству мятежей и смущения, яковые происходят от единого собственного правителя духовного», — читаем мы в «Регламенте». «Ибо простой народ не ведает, как разнствует власть духовная от самодержавной; но, великою высочайшего пастыря честию и славою удивляемый, промышляет, что таковой правитель есть то второй государь самодержцу равносильный, или и больше его, и что духовный чин есть другое и лучшее государство». При таком взгляде на патриарха, как на лицо, облеченное властью, равной монаршей, в случае конфликта между ними, «простые сердца духовному паче, нежели мирскому правителю, согласуют и за него поборствуют и бунтоватися дерзают, и льстят себе, окаянныя, что они по самом Бозе поборствуют». Этим пользуются «коварные человецы», враждующие на государя, и побуждают народ к подобному «беззаконию». Так Петр совершенно ясно указал на неудобство иметь авторитетную единоличную духовную власть. Патриарх был опасным конкурентом для самодержавного государя: народ ставил власть духовную выше светской. Кроме этого у Петра были и другие мотивы, побуждавшие его к преобразованию церковного управления: он был поклонником вообще коллегиальной системы в управлении: «ею известнее изыскуется истина, нежели единым лицом: чего один не изыскует, то постигнет другой». Затем, коллегия пользуется, как казалось Петру, большим почтением и авторитетом, чем единоличное правительство: в ней нет места пристрастию и лихоимному суду. Однако и в коллегиях взяточничество было не менее развито, нежели в приказах, потому что дела только формально решались коллегией, а по существу вся работа производилась в канцеляриях канцеляристами, и там были возможны всякие злоупотребления. Кроме того, Петр был уверен, что при единоличном правлении дела решаются медленнее, чем при коллегиальном. Это было общим убеждением века, которое впоследствии было разбито самой жизнью, что и повело к замене коллегий министерствами.

По «Регламенту» Синод должен был состоять из 12 правительственных особ, назначавшихся государем из митрополитов, архиепископов, игуменов и протопопов, причем эти чины по очереди должны были исправлять обязанности синодальных членов. Присутствие Синода состояло из президента, двух вице-президентов, четырех советников и четырех асессоров, как и во всех коллегиях. Председатель избирался государем и обязательно из архиереев. При Синоде, так же как и при Сенате, были учреждены фискалы для наблюдения за злоупотреблениями и для своевременного представления о них в Синод, эти фискалы получили название инквизиторов, с прото-инквизитором во главе. В 1722 году они были подчинены синодальному обер-прокурору, обязанности которого были тождественны с обязанностями генерал-прокурора в Сенате; как последний был «государевым оком» в Сенате, так первый — в Синоде. Так же, как генерал-прокурор в Сенате, обер-прокурор состоял во главе канцелярии, которой заведовал обер-секретарь.

Делопроизводство в Синоде было определено на общем основании Генеральным Регламентом. Всякое дело сначала поступало в канцелярию, оттуда вносилось в присутствие, где после доклада происходили под руководством председателя прения, заканчивавшиеся баллотировкой, причем подача голосов начиналась с младших членов, чтобы они не находились под давлением старших. Дела решались по большинству голосов, причем при равенстве голос председателя давал перевес. Однако в общее присутствие вносились только наиболее важные дела, а остальные рассматривались в особых конторах, учрежденных при Синоде: в конторе судебных дел, раскольнических дел и пр. Во главе контор стояли члены Синода — советники и асессоры. Некоторые дела не строго церковного, а общегосударственного характера Синод должен был разрешать совместно с Сенатом на особых конференциях.

Что касается компетенции Синода, то «Регламент» прямо устанавливает, что Синод имеет силу и власть патриарха, отсюда Синоду присвоен и титул «Святейшего». Сам Петр в одном из своих указов писал: «За благо рассудили мы установить со властью равнопатриаршею духовный Синод», В качестве преемника патриарха Синод получил в свое ведение епархию, которая прежде находилась под непосредственным управлением патриарха. Этой епархией Синод стал управлять через коллегию, которая заменила прежний Патриарший приказ и получила название «дикастерии», или «консистории». Вся полнота власти патриарха в церковных делах перешла к Синоду. Ему принадлежала высшая административная власть в церкви: он выполнял следующие функции: 1) должен был следить за чистотой веры, за правильностью вероучения, должен был бороться с ересями, расколом, заботиться о религиозном просвещении народа и о распространении христианства среди язычников; 2) в качестве высшего административного органа Синод должен был наблюдать за всем церковным управлением, органы которого были подчинены ему; кроме этого, он должен был 3) назначать духовных лиц на должности; 4) заботиться о материальном благосостоянии церквей и заведовать церковными имуществами, переданными ему из Монастырского приказа. Для управления этими имениями. У Синода были особые чиновники — комиссары Синодальной команды, которые являлись приказчиками в имениях. Синод был верховной инстанцией церковного суда и высшим церковным судом. На его разрешение в апелляционном порядке поступали следующие дела: 1) о преступлениях против веры: о богохульстве, расколе, ересях и волшебстве; 2) о преступлениях против семейного права (например, дела о браках, заключенных в недозволенных степенях родства); 3) дела по обвинению духовных лиц в брани, в бою, в краже, в обидах и в бесчестиях. В качестве церковного суда первой инстанции Синод разбирал: 1) дела по жалобам на архиереев со стороны других духовных лиц, 2) дела по жалобам архиереев друг на друга и 3) дела по жалобам на синодальных членов. Наконец, мы видим у Синода и законодательную власть: он мог дополнять свой «Регламент» с окончательной санкцией государя; если же государя не было в столице, Синоду предоставлялось право сноситься с Сенатом относительно новых законов, но не публиковать их впредь до «апробации». Такова была компетенция Синода.