В исполнение предначертаний Екатерины Никита Иванович Панин выработал и представил Устав верховного правительства. В объяснительной записке к Уставу Панин вооружился против совмещения в Сенате законодательной, исполнительной и судебной власти (Сенат на самом деле, как видно из практики, писал императорские указы). Панин резко подчеркнул, что Сенат — учреждение подзаконное и должен лишь блюсти законы, а не создавать их, и указывал, что при Елизавете он несправедливо присвоил себе функции законодательной власти. Чтобы восстановить значение верховной власти, Панин предлагал учредить «Верховное место лежисляции» (то есть верховную законодательную власть), «из которого, яко от единого государя и из единого места, истекать будет собственное монаршее изволение», и которое «оградит самодержавную власть от скрытых иногда похитителей оныя». Здесь, как видно, Панин намекал не только на Сенат, но и на фаворитов. Таким верховным местом, которое должно было во всем способствовать самодержавной верховной власти, является Императорский Совет из 6 или 8 персон под председательством императрицы.

Из 6 членов Императорского Совета — 4 министра (иностранных дел, внутренних дел, военный, морской); ведению его подлежит все, что по существу своему подлежит ведению верховной власти; что идет на решение государя, то теперь должно идти на решение Императорского Совета, который должен составлять с государем неразрывное целое. По определению проекта, «Императорский Совет не что иное, как то самое место, в котором мы об империи трудимся, и потому все доходящие до нас, яко до государя, дела должны быть по их свойству разделяемы между теми статскими секретарями (министрами), а они по своим департаментам должны их рассматривать, вырабатывать, в ясность приводить, нам в Совете предлагать и по ним отправления чинить нашим резолюциям и повелениям» (ст. 5). На будущее время проект устанавливал такой порядок управления: дела, подлежащие ведению какого-нибудь министра, докладываются им и обсуждаются в Совете, а государь «самодержавным повелением определяет последнюю резолюцию».

С учреждением Императорского Совета Сенат должен был ведать одним только текущим управлением на основании закона; должен был стать их исполнителем и блюстителем. Панин предлагал разделить Сенат на 6 департаментов и между ними поделить все дела; общему собранию Сената должны были докладываться лишь дела, вызывавшие разногласия в департаменте.

Сначала Екатерина очень сочувственно отнеслась к проекту, составленному Н. И. Паниным, и даже подписала манифест об учреждении Императорского Совета, но затем переменила свое решение. Хотя Панин и подчеркивал совещательный характер Императорского Совета, Екатерина не могла не видеть, что все-таки учреждением этого совета создается ограничение самодержавной власти. Ведь все-таки все дела должны были направляться в Совет и через Совет; государь не мог ничего делать без Императорского Совета. В раздумье Екатерина отдала проект на рассмотрение приближенным лицам, которые отнеслись к нему не сочувственно. Генерал-фельцегмейстер Вильбуа сказал ей, что автор проекта склонен к аристократическому правлению. Ведь императрица, рассуждал он, — и так усвоила себе взгляд, что личные распоряжения государя не могут идти против мнения Государственного Совета, но зачем же делать обязательным проведение закона через него. Ведь дело в том, что «обязательный и государственным законом установленный Совет и влиятельные его члены (особенно если обладают недостаточным к тому своеволием, честолюбием и смышлением), с течением времени весьма удобно могут подняться до значения соправителей». Вильбуа находит, что «разум и дух императрицы не нуждаются ни в каком особенном совете, только здравие Ее Величества требует облегчения от невыносимой тяжести необработанных и восходящих к ней дел»; поэтому он и предлагает разделить личный кабинет императрицы на департаменты, секретари которых должны принимать входящие бумаги, отпускать исходящие бумаги и докладывать дела и бумаги императрице для резолюции и подписания, а затем уже чинить исполнение.

«Императрица, замечает Вильбуа, может выбирать коего ей угодно из умных и полезных людей, а между тем в случае учреждения Императорского Совета Ее Величество будет связана. Для русского монарха, заключает Вильбуа, необходима неограниченная власть. Императорский же Совет слишком приблизит подданного к государю, и у подданого может явиться желание поделить власть с государем».

Против проекта Панина решительно высказался и канцлер Елизаветы Бестужев-Рюмин. Он указал Екатерине на опасность учреждения Совета, с которым она должна будет разделить свою власть.

Екатерина последовала этим указаниям и надорвала манифест об учреждении Императорского Совета. Она организовала совет, но не постоянный, без определенного состава и круга ведомства. В этот совет вошли: Бестужев-Рюмин, Панин, вице-канцлер Голицын и др.

Но проект Панина не пропал даром, и его предложение о разделении Сената было исполнено. В 1763 году Сенат был разделен на 5 департаментов, из которых 2 находились в Москве, 4 — в Петербурге; общие собрания Сената с этого момента стали происходить очень редко. Все дела начинались и окончательно решались в отдельных департаментах, а в общие собрания вносились лишь в случае разногласия. Раздробив Сенат, Екатерина увеличила компетенцию состоящего при Сенате генерал-прокурора, сделала его контролером и предоставила ему много дел, которые изъяла из ведения Сената. Фактически генерал-прокурор забрал все дела в свои руки, сделался министром «на все руки». Исследователи, занимавшиеся вопросом о происхождении министерств, о развитии министерского начала, прежде всего, обращали внимание на рост значения генерал-прокурора при Сенате в царствование Екатерины; он сделался как бы министром юстиции и внутренних дел. В то же самое время от Сената были отделены 3 коллегии: иностранных дел, военная и морская.

Екатерина умалила значение Сената и в области законодательной власти: указом 1763 года у него было отнято право толковать законы, и предписано исполнять их буквально, «не умаляя ни единые их литеры». Сенату было вменено в обязанность во всех сомнительных случаях докладывать императрице. Сенат, бывший при Елизавете фактическим правителем государства, при Екатерине снизошел в ряды органов исполнительной власти. Так Екатерина не только прочно утвердилась на престоле, но и сосредоточила в своих руках такую власть, которой еще не пользовался ни один из ее предшественников после смерти Петра I. Она сделалась не только по титулу, но и на самом деле, фактически, самодержавной государыней, которая ни с кем не делила своей власти.

Екатерина без колебания взяла в свои руки управление и с первых же дней по воцарении обнаружила кипучую правительственную деятельность. Она часто присутствовала в Сенате и лично принимала участие в разрешении дел, сама просматривала многие бумаги, на которых иногда остроумно и метко излагала свои мнения. Резкий тон, которым она делает внушение Сенату и который слегка напоминает тон Петра Великого, указывает на ее повышенное самочувствие; Екатерина смотрела на своих советников сверху вниз; самоуверенность и самомнение остались присущи ей до конца ее дней.

Современники в самое первое время царствования Екатерины удивлялись ее необыкновенной работоспособности. Рассказывают, что она вставала в 5 часов утра и тотчас же принималась за дела. Министры говорили про императрицу, что она работает 15 часов в сутки. Теперь ей пригодилось то энциклопедическое образование, которое она получила в бытность великой княгиней. Вникая во все вопросы администрации, Екатерина думала об устранении замеченных недостатков и стремилась даже быть воспитательницей своих подданных. Редко у кого из государей, как у Екатерины, исполнение обязанностей связано было с таким чувством ответственности перед государством; и в то же время она обладала редким оптимизмом, уверенностью в успехе своих начинаний, верой и свою непогрешимость. Этот оптимизм обусловливался отчасти собственной натурой Екатерины, а отчасти и влиянием века. Екатерина вынесла этот оптимизм из французской политической литературы, одной из аксиом которой была мысль о всемогуществе мудрого законодателя; а так как она считала себя мудрой, то и верила в полный успех своих мероприятий.