В связи с вопросами государственного хозяйства Екатерине предстояло решить поставленный жизнью на очередь вопрос о церковных имениях. Уже Петр III приступил к разрешению этого вопроса и распорядился отобрать все церковные имения и учредить особую Коллегию экономии, которая должна была часть доходов с церковных имений отдавать в казну, а часть употреблять на нужды духовенства. По восшествии на престол Екатерины духовенство сейчас же подало ей челобитную о возвращении отобранных у него имений и об упразднении Коллегии экономии. Екатерина передала челобитную на рассмотрение Сенату, который, обсудив челобитную, высказался в том смысле, что отобранные имения возвратить духовенству, но с церковных и монастырских крестьян, кроме подушной подати, брать еще 1 руб., из которого 50 коп. должно было пойти в казну на содержание инвалидов, а 50 коп. отойти духовенству. Монастырские крестьяне должны были управляться соответственными выборными старостами и освобождаться от присуда Коллегии экономии, управлявшей через своих отставных офицеров. Екатерина согласилась с этим мнением, и 12 августа 1762 года последовал соответствующий указ. Но духовенство заспорило: архиереи стали противиться тому, чтобы ¹/₂ оброка с крестьян шла в казну, и предлагали удовлетворить казну взносом 300 000 руб. в год, с тем условием, что все остальные сборы будут предоставлены духовенству. Духовенство, как мы узнаем, сделало крупную ошибку, за которую и поплатилось.

Когда духовенство продолжало упорствовать, Екатерина по предложению новгородского митрополита Дмитрия Сеченова учредила комиссию из светских и духовных лиц для решения вопроса о распределении доходов между казной и духовенством и для сочинения «штатов» духовенству и монастырям. В то время, как заседала эта комиссия, монастырские крестьяне сильно взбунтовались, не желая и слышать о возврате в Синодальное ведомство. Это было на руку Екатерине, и по ее предначертанию комиссия решила восстановить Коллегию экономии для заведования всеми церковными имуществами и выдачи из получаемых доходов денег на содержание архиереев и училищ. Духовенство теперь уже не было в состоянии возражать против этого.

Всех монастырских крестьян вначале было отобрано в казну до 911 000 душ, не включая сюда губернии Курскую, Екатеринославскую, Харьковскую, Воронежскую и всю Малороссию, где исчисление было произведено позднее. Каждый бывший церковный крестьянин обложен, кроме подушной подати, оброком в 1 руб. 50 коп. с души, который шел в казну и в общем составлял сумму в 1 366 299 руб. в год. Из этих денег 149 586 руб. шло на содержание архиерейских домов, 174 750 руб. — на содержание 156 мужских монастырей, вошедших в штат, 33 000 руб. — на содержание штатных женских монастырей и т. д. Что касается остальных монастырей, не имевших крестьян, то 161 из них, которые могли жить своими средствами, были оставлены, а остальные — закрыты и обращены в простые церкви. Надо сказать, что древние монастыри не представляли собой того, что представляют монастыри современные. На севере было много монастырей в селах. Очень часто крестьяне вместо приходской церкви строили у себя монастырь. При этом они руководились такими соображениями: 1) чин монастырского богослужения был более благолепен и 2) среди крестьян был обычай пред смертью постригаться в монахи и даже принимать схиму. Иноки таких монастырей жили в крестьянских избах; игумены большей частью были неграмотны, и службу отправлял мирской священник. В состав братьи этих северных монастырей входили иногда не только мужчины, но и женщины. Вот эти-то монастыри, устроенные крестьянами, монастыри, надо сказать, очень бедные, и были прикрыты; из всех их оставлены было только 161. Количество таких монастырей было громадное, и нельзя привести точной их цифры, но если принять во внимание сообщение об этих монастырях, то их можно насчитать более 3000.

Каждый архиерейский дом должен был содержать богадельню. Комиссия нашла, что неудобно содержать дома инвалидов при монастырях; поэтому решено было отпускать на содержание инвалидов 80 600 руб., а самих инвалидов отправить в назначенные для этого города и разместить по квартирам обывателей. Из тех же сумм должны были идти средства на содержание духовных училищ.

Так решен был вопрос о церковных имениях, поставленный на очередь еще в начале XVI века. Решение его в пользу государства имело крупные последствия. Секуляризация, лишив церковь ее материального обеспечения, лишила ее и самостоятельности и независимости от государства, которое с тех пор получило полное господство и торжество над ней.

Кроме задач по упорядочению финансов, в начале царствования перед Екатериной стоял грозный крестьянский вопрос. В одной из своих записок Екатерина сообщает, что заводских крестьян было в явном возмущении 49 000 человек, а монастырских и помещичьих — до 150 000.

Для усмирения заводских крестьян Екатерина отправила генерал-квартирмейстера князя Вяземского. В данной ему инструкции Екатерина поручила прежде всего принести крестьян «в райское состояние и усмирить», а потом разыскать зачинщиков и наконец исследовать те злоупотребления, которые привели заводских крестьян к возмущению. Виновных приказчиков Екатерина приказывала наказывать нестрого и тайно от крестьян. Усмирив крестьян и сыскав их зачинщиков, Вяземский должен был расследовать состояние заводов и узнать, не лучше ли вместо крепостных употреблять рабочих по вольному найму.

Вяземский исполнил поручение императрицы: крестьян усмирил и представил записку, в которой излагал причины их волнений. Эта записка очень любопытна в качестве описания жизни заводских крестьян. Вяземский доносил Екатерине, что у заводских крестьян, действительно, было много поводов быть недовольными. Вопреки закону, их приписывали к заводам не целыми деревнями, а по выбору, от чего происходили великие неравенства и отягощение крестьян. Заводские повинности ложились лишним бременем на крестьян. Работы на заводе были так велики, что никто не мог выполнить своего урока, не говоря уже о том, что за исполнением заводской работы не оставалось свободного времени. Иногда приписывали крестьян, живших от завода верст за 400, так что они совершенно непроизводительно теряли много дорогого времени на переходы из поместья к заводу. При таком положении дел заводчики получали прибыли, а крестьяне совершенно разорялись.

Результатом этой записки был указ Берг-коллегии, который предписывал объявить заводчикам, что крестьяне восстали не сами, а послушавшись по простоте своей наущения злоумышленных людей; но, с другой стороны, так как крестьяне несли большие отягчения от заводчиков, то и содержатели заводов не могли взыскивать с них своих убытков. Заводчикам предлагалось войти в мирное соглашение с крестьянами относительно работы.

Но это были сентиментальные пожелания, которых нельзя назвать решением вопроса. Екатерина сознавала это, и в 1765 году была созвана комиссия, чтобы решить вопрос, не лучше ли заводы из партикулярных рук отобрать в казну на ее содержание, какие меры принять, чтобы крестьяне не бунтовали, и «рассмотреть, отчего сей вред происходил». В своих записках Екатерина признается, что возмущения заводских крестьян не прекращались до тех пор, пока самые крупные заводы не были отобраны в казну, и в 1779 году не был издан указ, таксировавший размеры работы на заводах.

Еще труднее и сложнее был вопрос о помещичьих крестьянах, которые бунтовали в разных местах России. Усмирять их Екатерина послала Бибикова с солдатами и пушками, который исполнил ее поручение, причем некоторые селения пришлось бомбардировать.

Но все эти меры не были решением крестьянского вопроса. Справедливость требовала, чтобы после манифеста 18 февраля 1762 года, освобождавшего дворян от обязательной службы государству, последовало бы освобождение крестьян от обязательней работы на дворян, службу которых они обеспечивали. Это сознание и подняло крестьянские массы и привело их в волнение. Но государственные основы крепостного права затмились в сознании русского правительства и общества: преобладала частноправовая точка зрения на помещичьих крестьян как на собственность владельцев. Екатерина, обязанная дворянам своим восшествием на престол, не могла отклониться от этого взгляда. Через 5 дней по восшествии на престол она в особом указе прямо заявила: «Понеже благосостояние государства, согласно божеским и всенародным узаконениям, требует, чтоб все и каждый при своих благонажитых имениях и правостях сохраняем был, так как и напротив того, чтобы никто не выступал из пределов своего звания и должности, то и намерены мы помещиков при их имениях и владениях ненарушимо сохранять, и крестьян в должном им повиновении содержать».