В 1701 году Новгород становится центром сосредоточения сил в войне против Швеции. Именно Новгородскому приказу Петр I велит «на реках Волхове и Луге, для нынешней свейской службы, под всякие полковые припасы и на дачу раненым людям, сделать 600 стругов…». Кроме постройки новых стругов на этих реках, а также на Ладожском и Онежском озерах, на реке Свири и в Тихвине было приказано переписать струги всех частных владельцев и приготовить их для участия в военных действиях. От местных жителей и знающих людей собирались подробные сведения о водных и береговых путях от устья Волхова к Орешку и далее по Неве до выхода в море. Поражение под Нарвой ускорило процесс реформирования русской армии, флота и артиллерии: проводятся рекрутские наборы, закладываются судоверфи на Ладоге.

Кроме того, генерал Брюс как руководитель Новогородского приказа и как подручный начальника артиллерии принимает участие в военных действиях.

Летом 1701 года Б. П. Шереметеву было приказано с полками московского и новгородского поместного ополчения сосредоточиться в районе Пскова, Гдова и Печерского монастыря. Брюс исполнял обязанности «подручного начальника артиллерии». 24 сентября 1701 года из Ладоги он пишет Петру: «Михаиле Щепотев привез порох, ядра и бомбы, против приказу; понтоны скоро будут. Я отпущу водою к тем 1500 бомбам, которые посланы сухим путем, и как скоро придут полки П. М. Апраксина, сам пойду». При этом, выполняя главную задачу, Брюс жалуется Петру на недостаток плотников и кузнецов, так необходимых для укрепления Новгорода.

В июле 1702 года из Архангельска Петр пишет в Москву Т. Н. Стрешневу: «…изволь приказать Брюсу, чтоб которое готовлено зимним путем, тоб изготовить водою, и еще 18-ти фунтовых (пушек) что есть, да 12 мортиров, а к ним по 1000 бомб и ядер и пороху, также шерсти и кульков, мотык и лопат, втрое передать зимним»[35].

Исполняя это поручение, Брюс доставлял близлежащую артиллерию к Ладоге, а 25 сентября, за недостатком лошадей, начал отправлять ее к Нотебургу (впоследствии Шлиссельбургу), куда уже шел сам Петр с 13-тысячной армией под командованием фельдмаршала Шереметева. Здесь, при осаде Нотебурга, Брюс, по утверждению Хмырова, впервые командовал всей артиллерией. Артиллерия Брюса при взятии Нотебурга состояла из девятнадцати пушек полковых 3-фунтовых, двенадцати пушек калибром 12 фунтов и двенадцати мортир, которые были расположены на двух батареях и двух кетелях. В период с 1 по 11 октября по крепости было выпущено более шести тысяч ядер калибром от 6 до 18 фунтов и, более того, 2500 3-пудовых бомб, причем употреблено пороха 4371 пуд.

Старое русское название Нотебурга — Орешек. После взятия крепости Петр I писал в письме Виниусу: «Правда, что зело жесток сей орех был, однако, слава Богу, счасливо разгрызен. Артиллерия наша зело чудесно дело свое исправила»[36].

После взятия Нотебурга Брюс возвратился в Новгород. Зимой 1702/03 года он дружески сошелся с генерал-фельдмаршалом Б. П. Шереметевым, который стоял с армией на зимних квартирах близ Пскова и Ладоги и часто выезжал к своему новгородскому соседу. Дружба соединила этих сподвижников царя не случайно. Оба они обладали наибольшими талантами в ряду близких царю людей и были очень порядочными и достойными военными.

Борис Петрович Шереметев был единственным военачальником, заявившим герцогу Кроа, что диспозиция русских войск перед сражением с отрядом Карла XII под Нарвой 19 ноября 1700 года была в корне неверной. Поражение это было предсказано блестящим полководцем, но сам он был объявлен едва ли не главным виновником этого поражения. Полководческий талант Шереметева был оценен уже в 1701 году при взятии Лифляндии. За боевые успехи Борис Петрович произведен в генерал-фельдмаршалы и награжден высшей наградой России орденом Святого апостола Андрея Первозванного.

Как уже отмечалось, в этих походах Шереметева Я. В. Брюс, исполнявший обязанности «подручного начальника артиллерии», принимал участие и был в подчинении Бориса Петровича. Теперь, в 1702 году, отношения начальника и подчиненного перерастают в дружеские, и в дальнейшем оба генерала постоянно поддерживают их.

В марте 1703 года Б. П. Шереметев в письме Петру сообщает о своей дружбе с Яковом Брюсом: «…про здоровье мое извольте выпить, а про ваше здоровье обещаюся быть шумен и обедать днесь стану у Якова Вилимовича»[37].

Впоследствии эти отношения перерастут в близкие, сердечные. Влияло на них то обстоятельство, что каждый мог рассчитывать на дружеский совет и помощь при решении каких-то злободневных вопросов. Например, 11 мая 1709 года Борис Петрович, рассчитывая на посредничество в своих отношениях с Петром Алексеевичем, обращался к Брюсу в письме: «Великий бы дал за то кошт, чтобы я тебя имел видеть персонально, понеже я тебя имею себе целым благодетелем, имея нужные до тебя интересы»[38].

В марте 1703 года Шереметев и Брюс, первый с полками, а второй с артиллерией, двинулись, по царскому велению, к Ниеншанцу, который после пятидневной осады и одиночной бомбардировки к утру 1 мая 1703 года капитулировал. При осаде Ниеншанца использовались 16 3-пудовых мортир, 48 26-ти и 12-фунтовых пушек, каждая из которых сделала по девять выстрелов. При взятии Ниеншанца без штурма была захвачена вся артиллерия: 55 бомб, 195 бочек пороха, много ядер и картечи.

После взятия Ниеншанца Брюс принимает участие в военном совете, собранном для решения вопроса: «…тот ли шанец крепить, или иное место удобное искать (понеже оный мал, далеко от моря, и место не гораздо крепко от натуры), в котором положено искать новаго места, и по нескольких днях найдено к тому удобное место остров, который назывался Мост Еланд (т. е. Веселый остров), где 16 день мая… крепость заложена и именована Санктпетербург»[39].

Так, 16 (27) мая 1703 года был принят указ об основании города, ставшего впоследствии новой столицей России. Губернатором Санкт-Петербурга стал А. Д. Меншиков. Комендантом полковник Рен — барон Карл Эвальд Магнусович Ренне (1663–1716). Назначение произошло в день освящения новой крепости, 29 июня 1703 года.

На этом посту, в должности обер-коменданта, 20 мая 1704 года полковника Рена сменил брат Якова Вилимовича генерал-майор Роман Брюс.

После участия в военном совете, решившем судьбу Санкт-Петербурга, Я. В. Брюс весной 1704 года распоряжался доставкой из Петербурга и Шлиссельбурга под Нарву осадной артиллерии. При осаде Нарвы артиллерия Брюса состояла из девятнадцати 24-фунтовых, двадцати двух 18-фунтовых, тринадцати 12-фунтовых, двенадцати 3-фунтовых, двух 36-фунтовых, семи малых мортир и одной пудовой гаубицы. Во время осады Нарвы 1704 года по городу было выпущено 10 003 пуда пороха, 12 358 ядер, 5714 бомб. Артиллерийский обстрел Нарвы продолжался десять дней. В результате были пробиты многочисленные бреши и частично выведена из строя крепостная артиллерия, что и обеспечило успешный штурм крепости 9 августа.

А десять дней спустя, когда «Его Величество из Нарвы путь свой восприял в Дерпт со всеми министрами и генералитетом для показания им оной Дерптской фортеции (незадолго перед тем взятой Шереметевым), Брюс в числе прочих сопровождал Государя и после нескольких дней пребывания в Дерпте со всеми прочими отпущен в Нарву, где он, как кажется, тогда же получил загородное место, на котором начал обзаводиться кое-каким хозяйством».

По всей вероятности, в ноябре, при посещении Нарвы Петром, Я. В. Брюс получает назначение исполнять обязанности генерал-фельдцейхмейстера — командующего войсками артиллерии. Формально эта должность оставалась за находившимся с 1700 года в шведском плену имеретинским царевичем Александром Арчилловичем, который в 1711 году скончался, после чего Яков Брюс был утвержден генерал-фельдцейхмейстером.