Главнокомандующий Тихоокеанским районом приказал командованию Флота выслать эсминец для освобождения "Пуэбло", но он добрался туда только к 12:00 следующего утра.

Как только Командующий ВМС США в Японии, вице-адмирал Франк Л.Джонсон, непосредственный начальник Бачера, получил эту новость, он помчался в штаб в Токио и по своей собственной инициативе приказал ядерному авианосцу "Энтерпрайз", находившемуся в тот момент в 1 536 км от Кореи, направиться к Вонсан. Боевые самолеты, базирующиеся в Японии, нельзя было посылать из-за договора заключенного с ее правительством, запрещавшим американским военным самолетам выполнять боевые вылеты с японской территории. Вице-адмирал Джонсон полагал, что бесполезно посылать и поисково-спасательный самолет потому, что не было свидетельств того, что "Пуэбло" угрожает опасность потопления.

23 января, в Вонсане солнце заходило в 17:41, а сумерки длились до 17:53, после которых было уже слишком поздно посылать и самолеты, и корабли на помощь "Пуэбло".

Также, не поступило никакой конкретной помощи и из Вашингтона. Несмотря на давление общественного мнения, против Северной Кореи не было предпринято никаких военных действий. Северной Корее был выражен только формальный протест и сделано обращение в Совет безопасности ООН с требованием немедленного освобождения судна и экипажа, захват которого Правительство США расценило как акт откровенного пиратства, поскольку "Пуэбло" находился в международных водах.

Так, по той или иной причине, "Пуэбло" был брошен на произвол судьбы! Члены его экипажа находились в заключении в течении почти года. 22 декабря 1968 года они были освобождены и им позволили вернуться домой, за исключением одного члена экипажа, который умер от ран, полученных во время захвата судна.

Через два дня после возвращения экипажа в США, Главнокомандующий Tихоокеанским флотом отдал приказ о создании Следственной комиссии для изучения обстоятельств касающихся захвата "Пуэбло". Комиссии, составленной из высокопоставленных офицеров трех родов войск вооруженных сил США, была поставлена задача, сделать предварительное заключение о влиянии на национальную безопасность факта потери секретных материалов, которые находились на борту судна.

Во время этих слушаний, 14 апреля 1969 года, Пентагон внезапно объявил, что в полночь, вооруженные силы КНДР сбили самолет ЕС-121 ВМС США, который выполнял задачу электронной разведки, приблизительно в 80 км от побережья Северной Кореи. Учитывая схожесть этого инцидента, со случаем с "Пуэбло", с точки зрения национальной безопасности, подкомитет трех родов войск решил расширить свои слушания и коснуться потери и ЕС-121. Действительно, между двумя этими инцидентами можно было провести много параллелей и оба выявили серьезные недостатки в звене командования.

ЕС-121 входил в разведывательную эскадрилью, подчиненную Главнокомандующему и командованию Тихоокеанского 7-го флота. Однако, ответственность за обеспечение ЕС-121 самолетами охранения, если это требовалось, нес командующий 5-ой Воздушной армией. Когда самолет-шпион, в 17:00, 14 апреля 1969 года, взлетел с авиабазы Ацуги в Японии, он также вышел из оперативного управления командования эскадрильи и ни одно другое командование не взяло на себя ответственность за его управление, даже не смотря на то, что различные радиолокационные центы управления американских ВВС, ВМС и Армии следили за его полетом на экранах своих РЛС и тактических планшетах воздушной обстановки.

Первый признак того, что ЕС-121 находится в опасности пришел из эскадрильи, от дежурного офицера командования, который сообщил, что радиостанция командования приняла сообщение другой американской радиостанции, которая предупреждала ЕС-121, что над Японским морем к нему приближается самолет противника. Тогда, командир эскадрильи потребовал, чтобы основная американская радиостанция на Дальнем Востоке, в Фушу, передала копии всех сообщений, которые передавались ЕС-121 и используя все доступные источники информации, разъяснила почему полет был прерван. В течение более чем полутора часов командир эскадрильи вызывал радиостанцию в Фушу, но никаких разъяснений по этому вопросу не получил. Поэтому, он решил передать радиограмму-молнию, имевшую приоритет над всеми другими радиопередачам, запрашивая все американские радиостанции командования о ЕС-121.

Немедленно после этого командование эскадрильи получило сообщение, в котором говорилось, что EC-121 мог быть сбит северо-корейскими истребителями над Японским морем. В это время командир эскадрильи попросил, чтобы 5-ая Воздушная армия немедленно организовала спасательную операцию, и получил подтверждение, что самолет С-130 Hercules уже готовится. Местное время было 1:09, было уже 15 апреля, и, вероятно, по причине темноты, никаких следов EC-121 и его двенадцати членов экипажа обнаружено не было.

В Следственную комиссию ВМС, исследовавшую захват "Пуэбло", входило пять адмиралов, и он возглавлялся адмиралом Гарольдом Г.Боуэном. Экипаж "Пуэбло" и все, кто прямо или косвенно были причастны к этой операции, допрашивались в течение двух месяцев. Все пять адмиралов принимали участие в Корейской войне — одной из самых жестоких войн, в которой сражались Соединенные Штаты. Они были выбраны именно по этой причине и, естественно, не были снисходительны к Бачеру. Бачер сдал свое судно противнику без сопротивления и это, по их мнению, было непростительно; капитан никогда не должен сдавать свой корабль, не взирая на обстоятельства. И как последняя надежда, если он действительно окружен численно превосходящим противником, судно должно быть затоплено. Приговор был суров; суд потребовал, чтобы капитан Бачер предстал перед Трибуналом и ему было предъявлено пять обвинений: разрешение обыскать свое судно, когда он еще имел возможность сопротивления; отказ предпринять немедленные ответные действия, когда был атакован северо-корейцами; разрешение северо-корейцам командовать собой в их требовании следовать в порт Вонсан; неспособность удостовериться перед выходом в море, что его офицеры и экипаж подготовлены и натренированы для уничтожения секретных документов и электронного оборудования на борту корабля; и неспособность уничтожить эти документы и оборудование по причине халатности, что тем самым, привело к тому, что они попали в руки северо-корейцев.

Суд также потребовал, чтобы вице-адмиралу Франку Л.Джонсону, Главнокомандующему ВМС в Японии, был сделан выговор за то, что он не убедился, что "Пуэбло" был соответствующим образом подготовлен и защищен и, аналогично, капитану Эверетту Б.Глэндингу, начальнику службы безопасности Тихоокеанского командования, выговор за то, что он не убедился, что эффективность сегмента сбора данных "Пуэбло" адекватна жесткости требований.

Однако, в тот же день, когда Суд объявлял свои рекомендации, Министр ВМС выпустил свое официальное сообщение, в котором заявлялось, что против экипажа "Пуэбло", не будет предпринято никаких санкций, поскольку они уже достаточно пострадали в течение своего заключения и, что никакого вердикта — ни невиновности, ни виновности, не может быть выдвинуто против офицеров и капитана, поскольку предпосылки, на которых базируется деятельность судов подобных "Пуэбло" — свобода плавания в международных водах — была нарушена нападением северо-корейцев вне их территориальных вод.

Комитет трех родов войск повторно исследовал многие аспекты ведения электронного наблюдения, которое расследовала Следственная комиссия ВМС и, наконец, опубликовал доклад содержащий некоторые очень любопытные открытия, заключения и рекомендации.

Операции "Пуэбло" и ЕС-121 Warning Star были частью дорогостоящего плана системы национальной безопасности по получению военной информации о потенциально враждебных странах. Согласно мнению специалистов по современным войнам, национальная безопасность основана на знании военной мощи потенциальных противников и для сбора, анализа, оценки и использования информации должны использоваться наисовершеннейшие технические средства. С этой целью, Соединенные Штаты начали вести крупномасштабное наблюдение и сбор необходимой технической и оперативной информации, как открыто, так и тайно, с использованием специально оборудованных кораблей и самолетов.