Далее Филиппов информировал об усилении финской белой гвардии и активизации немецкого военного флота в районе Аландских островов. Он также вносил конкретные предложения об отводе отряда российских кораблей в Кронштадт буксирами. В донесении высказывались соображения о целесообразности оказания Финляндии помощи продовольствием, горючим и смазочными материалами. Одновременно Филиппов предупреждал о необходимости принятия решительных мер, чтобы российские поставки «не попали в руки финских белогвардейцев или, еще хуже, в руки немецкой армии».

А. Ф. Филиппов пользовался большим доверием у Ф. Э. Дзержинского. Об этом, в частности, свидетельствует тот факт, что Председатель ВЧК поручил ему изучить в Финляндии и Ревеле (Таллине) работу существовавших там до революции отделений контрразведки царской армии и высказать свои соображения по поводу возможного их использования в интересах ВЧК. Алексей Фролович на месте изучил работу этих учреждений и пришел к твердому убеждению, что они «носят в себе все недостатки старого режима и, за небольшим исключением, состоят из чиновников, интересующихся только жалованием, но отнюдь не результатами работы». Поэтому он предлагал без промедлений издать за подписью В. И. Ленина декрет об упразднении этих учреждений и создании вместо них «органов военного контроля, которые бы ежедневно давали советскому правительству сведения о передвижении войск противника». Свое сообщение на имя Дзержинского он завершил следующими словами: «Декрет насчет контрразведки проведите непременно!».

Безусловно, деятельность А. Ф. Филиппова, как одного из первых разведчиков после Октябрьской революции, имела много отличительных черт от работы будущих профессионалов, так как строилась она главным образом на энтузиазме, жизненном опыте и творческой импровизации исполнителя. Никакой специальной подготовки Филиппов не имел, да и приобрести ее практически в то время было негде. Сама обстановка острейшего политического, экономического и социального кризиса в России, тяжкие последствия Первой мировой войны, назревавшая Гражданская война — все эти обстоятельства придавали его работе в ВЧК, в том числе и по линии внешней разведки, неординарный характер. Его деятельности был присущ особый динамизм, непосредственное участие в срочной реализации конкретных решений руководства Чрезвычайной Комиссии и собственных предложений.

В целом разведывательная работа Алексея Фроловича в Финляндии в определенной степени помогла советскому правительству при проведении важных мероприятий по Балтийскому флоту, прежде всего по перебазированию кораблей из Гельсингфорса и Ревеля в Кронштадт в феврале-мае 1918 года, получившему название «Ледовый переход». Его информация способствовала наведению относительного порядка в гарнизонах российских войск в этой стране, а также использовалась при последующем их перебазировании в Россию.

В марте 1918 года Филиппов возвратился в Петроград, а затем переехал в Москву и был зачислен официальным сотрудником в штаты ВЧК. Сначала он работал в отделе по борьбе со спекуляцией и преступлениями по должности, а позднее был прикомандирован к Президиуму ВЧК для выполнения личных поручений Дзержинского. В это время Филиппов провел расследование ряда дел, связанных с хищениями и саботажем, в том числе, крупного дела по Русско-Балтийскому заводу. Для расследования этого дела он был наделен широкими полномочиями по проверке всей документации предприятия. Об этом, в частности, свидетельствуют имеющиеся в Кабинете истории внешней разведки выданные Филиппову письмо общей канцелярии ВЧК и соответствующее удостоверение, которые подписал Дзержинский.

Расследование по Русско-Балтийскому заводу велось продолжительное время и сопровождалось частыми командировками Филиппова в Таганрог, Петроград и другие города. В результате проведенной чекистами работы удалось выявить злоупотребления со стороны отдельных отвественных чиновников, работавших на этом и смежных с ним предприятиях, установить истинное экономическое положение предприятия, что в конечном счете способствовало становлению промышленности Советской Республики.

Свои обязанности сотрудника при Президиуме ВЧК Филиппов выполнял добросовестно, с присущей ему энергией. Однако вскоре после левоэсеровского мятежа в июле 1918 года он был арестован Петроградской ЧК по подозрению в причастности к монархической организации. Председатель Петроградской ЧК М. С. Урицкий распорядился арестовать Алексея Фроловича и под конвоем доставить его в знаменитую петроградскую тюрьму Кресты.

Сразу же после ареста А. Ф. Филиппов обратился к Ф. Э. Дзержинскому с письменной просьбой «объективно вникнуть в его положение и вскрыть причину недоразумения, которое с ним произошло».

30 июля 1918 года Дзержинский направил в Петроградскую ЧК письмо следующего содержания:

В ходе следствия выяснилось, что Филиппов никакого отношения к монархическим организациям не имел. Дело против него было возбуждено по доносу одного из сотрудников Петроградской ЧК, левого эсера, политическую платформу которых Филиппов не разделял и открыто осуждал.

3 сентября 1918 года А. Ф. Филиппов был освобожден из-под стражи. В его следственном деле появилась запись: «К предъявляемым А. Ф. Филиппову обвинениям он никакого отношения не имеет. На основании изложенного настоящее дело считаем законченным и подлежащим хранению в архиве Комиссии».

После освобождения Алексей Фролович продолжил работать в ВЧК. Он являлся сотудником секретного отдела. Одновременно был председателем Исполнительного комитета по делам духовенства России.

Скончался А. Ф. Филиппов в Ленинграде в середине 1950-х годов.

Победа Октябрьской революции в России и возможный ее выход из Первой мировой войны встретили враждебное отношение в лагере Антанты. С первых дней триумфального шествия советской власти по стране ведущие державы этого блока — Англия, Франция, Италия, Япония и США — организовали заговор против Советской России, предусмотрев, в частности, арест советского правительства и убийство В. И. Ленина. «Заговор послов» был успешно ликвидирован чекистами, благодаря энергичным мерам, предпринятым Ф. Э. Дзержинским. Страны Антанты организовали вооруженную интервенцию против своей бывшей союзницы. Началась Гражданская война. Советская Россия сумела разгромить интервентов и изгнать их из страны.

Однако никто не мог гарантировать, что внешние заговоры против страны Советов на этом прекратятся, поэтому созданная 20 декабря 1917 года Всероссийская чрезвычайная комиссия с первых дней своего существования уделяла внимание получению разведывательной информации из-за рубежа. В начале 1918 года Ф. Э. Дзержинский направляет со специальным разведывательным заданием в Финляндию привлеченного им лично к сотрудничеству с ВЧК бывшего издателя газеты «Деньги» А. Ф. Филиппова. Позже по поручению Ф. Э. Дзержинского в Турцию с разведывательным заданием выезжает агент ВЧК Р. Султанов. По заданию Особых отделов, созданных в декабре 1918 года, сотрудники и агенты ВЧК направляются в тылы германских войск на Украине, в Прибалтике и в Белоруссии для ведения разведки и организации партизанских отрядов.

В то же время в Москве понимали, что решить вопросы, связанные с ведением закордонной разведки в стане противника только путем засылки агентуры за линию фронта, было нельзя. Поэтому осенью 1920 года, проанализировав причины поражения Красной Армии в войне с панской Польшей, Политбюро ЦК РКП(б) пришло к выводу о необходимости для страны иметь надежную разведку. Было принято решение о создании самостоятельной разведывательной службы внутри органов ВЧК. Исходя из этого решения партии, 20 декабря 1920 года Ф. Э. Дзержинский подписал приказ N 169 «О создании Иностранного отдела (ИНО) ВЧК». Исполняющим обязанности начальника ИНО стал Яков Христофорович Давыдов (настоящая фамилия — Давтян).