В последующих упорных боях с превосходящими силами противника особенно отличился «морской» бронепоезд «Адмирал Непенин» под командой капитана 2-го ранга Вячеслава Николаевича Маркова. В августе 1918 года этот бронированный поезд очень помог 2000 дроздовцев отбиваться от почти 30-тысячной армии командарма Сорокина у Армавира. После этого довольно скоро, 14 октября того же года, бронепоезд попал в ловушку на разъезде Базовая на Старополье, приготовленную ему красными подрывниками и артиллеристами. В ту пору поездом командовал морской офицер-артиллерист с линкора «Иоанн Златоуст» старший лейтенант Анатолий Дмитриевич Макаров. Его батарея дальнего боя долго сдерживала наступающего противника, не давая ему вплотную приблизиться к застывшему на путях бронепоезду, а когда снаряды иссякли, команда бронепоезда приняла свой последний бой с большевиками. В ходе жаркого боя был убит сам Макаров, его сослуживец по линкору лейтенант Николай Павлович Варгасов, двое мичманов — Николай Туцевич и Аркадий Николаевич Хрущев. Вместе с офицерами в том бою погиб и гардемарин старших классов Иван Завадовский. Пока часть команды удерживала рвущихся к бронепоезду большевиков, старший лейтенант Макаров приказал снять замки с орудий и, покинув бронепоезд, под прикрытием пробираться к линиям окопов добровольцев. Гардемарин Поплавский и кадет Гусев, под руководством старшего лейтенанта Николая Робертовича Вирена, успешно выполнили задание командира, с тяжелым сердцем покидая сражающийся бронепоезд. Но приказ есть приказ. Уход с орудийными замками, по существу, спас им жизни. Красные захватили бронепоезд и после короткой схватки внутри добили штыками остававшихся в живых защитников этой бронированной крепости.

А рядом шел другой бой. Бронепоезд «Единая Россия» отбивался от осаждавших его красных. У его орудий стояли гардемарины и морские офицеры. Без устали били его пулеметы, закипая в ярости возраставшего сопротивления. Команда добровольцев, под плотным огнем красноармейцев, чудом растащила завалы на пути железной машины, и бронепоезд, отбиваясь из пулеметов и орудий, медленно тронулся прочь. Красные не решились преследовать уходивший от них состав, пустив вслед ему лишь несколько снарядов, легших рядом с железнодорожным полотном и не причинивших вреда бронепоезду.

Морские экипажи бронепоездов не раз еще прославили себя смелыми и решительными действиями. В 1919 году при взятии Харькова отличились команды двух бронепоездов под началом своих славных офицеров. Бронепоездом «Дмитрий Донской» руководил капитан 2-го ранга Борис Николаевич Бушен, возглавивший впоследствии одноименный вспомогательный крейсер Каспийской флотилии, бронепоездом «Князь Пожарский» командовал капитан 1-го ранга Владимир Николаевич Потемкин.

Морские офицеры, поступившие на службу Всевеликого Войска Донского, укомплектовавшие собой экипажи Донской флотилии, в 1919 году победоносно дошли до верховьев Дона и умелыми действиями своих артиллеристов не раз помогали казакам в боях с большевиками. Этой речной флотилией руководил контр-адмирал Семен Семенович Фабрицкий. Значение флота для Дона в то время было трудно переоценить. С разрешения донского правительства в Таганроге было создано первое Управление портами Азовского моря под началом генерал-лейтенанта Николая Николаевича Оглоблинского и Управление морской тяжелой артиллерии под руководством капитана 1-го ранга Якова Ивановича Подгорного. В таганрогском порту кипела работа по созданию Азовской флотилии. Руководил ее созданием капитан 2-го ранга Владимир Иванович Собецкий. Он подготовил Азовскую флотилию, вооружив ее суда 75- и 120-миллиметровыми орудиями, а после начавшегося весной 1919 года наступления большевиков на севере Дона перенес свою деятельность на создание новых флотилий, одной из которых стала Нижне-Днепровская.

В июне 1919 года Собецкий стал во главе отряда судов Азовской флотилии, а с января 1920 года возглавил оборону Днепро-Бугского лимана. По мере того как менялась обстановка на фронте, Собецкого направляли то командовать отрядом Каркинитского залива, то 3-м отрядом судов Черноморского флота. Одним из помощников Собецкого был старший лейтенант Александр Михайлович Шестаков, в чьи обязанности входило формирование отрядов бронепоездов, танков и бронеавтомобилей, из числа тех, что ускоренными темпами производились для нужд Донской армии на соответствующих заводах в Ростове-на-Дону и Таганроге. В мае 1919 года бывшая Азовская флотилия была переименована в Днепровскую и перешла на Днепр, где в то время формировались новые флотилии — Верхне-, Средне- и Нижне-Днепровская, командовали которыми капитаны 1-го ранга Сергей Владимирович Лукомский, Григорий Иванович Бутаков и сам Собецкий.

Необходимость в последующей переброске Собецкого на Черное море объяснялась несравнимо более тяжелыми условиями борьбы с большевиками, так как любая инициатива национальных сил по установлению стабильной власти в регионе встречалась в штыки не только германским оккупационным командованием, но часто саботировалась силами держав Антанты, также не стремившихся к политическому равновесию в регионе. Обе противоборствующие стороны устраивала дестабилизация на черноморском побережье России, порой казалось, что, на первый взгляд, дружественные англо-французские представители стараются как можно сильнее расшатать гражданское спокойствие на Юге России, иногда даже путем тайного взаимодействия с законспирированными большевистскими агентами. Их разрушительная работа существенно подрывала тылы Вооруженных сил Юга России, расходовала людские и материальные ресурсы и, в конечном счете, неоднократно ставила под угрозу безопасность белого тыла.

Не добавили спокойствия русским Добровольческим силам и сепаратные переговоры украинской Рады с германским командованием. Немедленно после заключения между ними договора германские войска стали занимать украинские территории, быстро добрались до полуострова Крым, и 4 мая 1918 года на русских судах, стоявших на рейде в Севастопольской бухте, поднялись германские флаги. Вся 2-я бригада линейных кораблей под командованием вице-адмирала Андрея Георгиевича Покровского, несколько подводных лодок и быстроходных катеров, при попустительстве «независимых» украинских политиков, оказались во власти немцев. Сам Покровский, бывший начальником обороны северо-западной части Черного моря, ненадолго поступил на службу в «гетманский флот». Видимо, испытывая чувство неловкости за эту минутную слабость, Андрей Георгиевич все же нашел в себе силы вернуться на службу во ВСЮР, где потом разрабатывал план десантной операции по захвату Петрограда со стороны Финского залива вместе с рядом морских офицеров бывшего Балтийского флота.

Вскоре Покровского арестовали большевики, но ему чудом удалось бежать из-под ареста, скрывшись на территории Болгарии, откуда начались его дальние странствия по государствам Западной Европы, приведшие его в конце концов в Египет, где адмирал с семьей и прожил остаток своей жизни в Каире. Оттуда он порой направлял статьи по теории боевых действий на море в редакцию парижского «Морского журнала». Желание Покровского весной 1918 года быть вне жесткого политического конфликта между Германией, большевиками и руководством императорского Черноморского флота заставило его сделать свой выбор в пользу службы гетману Скоропадскому.

Переход адмирала в «нейтральное» положение не утихомирил закипающие страсти. Прибывший в Новороссийск большевистский представитель Морского комиссариата Федор Раскольников был настроен решительно: русский флот в акватории Черного моря — собственность красных, и в случае, если германцы будут настаивать на передаче им судов, большевики не остановятся перед затоплением флота. Противодействовать Раскольникову было некому. Адмирал Покровский «умыл руки». Старшие офицеры флота негодовали. Сама мысль о передаче флота германцам, равно как и о его потоплении, казалась им верхом кощунства. Однако Раскольников, связанный обязательствами перед «центральной» властью, если и не горел желанием отдавать флот противнику, то отказаться от плана уничтожения кораблей не желал. Зная настроения в среде морских офицеров, он опасался усиления Белого движения на море. Кроме того, ему был хорошо памятен увод адмиралом Щастным флота из-под носа у германцев в Кронштадт в марте того же года. Та блистательная операция напугала правительство Ленина — Троцкого до такой степени, что смелый и решительный адмирал был расстрелян. Расстрелян, видимо, за то, что сохранил России ее корабли.