Изменения политической обстановки и оперативно-тактических взглядов вызвали необходимость корректуры программы 1895 г. Такая корректура была внесена на совещании под председательством управляющего Морским министерством 14 апреля 1899 г. На совещании присутствовали вице-адмиралы Ф.К. Авелан (начальник Главного морского штаба), Н.И. Казнаков, И.М. Диков, С.О. Макаров, В.П. Мессер, Е.И. Алексеев, П.П. Андреев, а также главные инспекторы кораблестроения — Н. Е. Кутейников и морской артиллерии — генерал-майор А.С. Кротков. Совещание практически единогласно отказалось от мелкосидящих тихоходных броненосных кораблей береговой обороны и минных крейсеров в пользу мореходных броненосцев, «безбронных судов» С.О. Макарова и эскадренных миноносцев. ⁴⁰

На практике обе программы — 1895 и 1898 г. — слились в одну с завершением её в 1905 г. (см. табл.). Двухлетнее продление реализации кораблестроительных программ было осуществлено ещё в 1898 г. по настоянию С.Ю. Витте, который обосновал невозможность их финансирования в сжатые сроки. Сам по себе перенос готовности новых кораблей на два года не влиял на возможность сосредоточения на Дальнем Востоке назначенных морских сил: на Балтике к 1899 г. уже имелось десять броненосцев. Объединённая программа 1895–1898 гг. была в известной степени сбалансирована по классам кораблей и ориентирована на преимущественное строительство крупных мореходных броненосцев и крейсеров океанского плавания. Можно было рассчитывать на их успешное использование на любых театрах и в разнообразных условиях обстановки. Однако развитие российских вооружённых сил на рубеже XIX–XX вв. не было лишено серьёзных противоречий, которые отрицательно сказались на развёртывании и боеготовности флота во время русско-японской войны.

Само решение о создании третьего флота было принято Николаем II по ходатайству адмиралов без должного согласования с Военным и другими министерствами. Более того, особое совещание в декабре 1897 г. не приняло во внимание здравые рассуждения М.И. Кази и великого князя Александра Михайловича, предлагавших в своё время ограничиться на Балтике минной обороной. Совещание постановило: «На Балтике мы должны быть по-прежнему сильны, чтобы в нужный момент отстоять исконные свои задачи». Распыление средств между Тихоокеанским и Балтийским флотами при одновременном усилении Черноморского флота явилось для страны непосильным бременем. Но это не остановило императора, хотя он ещё в ноябре 1895 г. справедливо отметил на полях журнала особого совещания: «вся наша беда именно состоит в том, что России приходится строить и содержать три самостоятельных флота» [выделено в подлиннике. — Авт.]. ⁴¹ При этом Николай II сам не наметил путей преодоления этой «беды», а руководство Морского ведомства оказалось не в состоянии сформулировать доступные цели морской политики.

Все это происходило на фоне очередного этапа международной гонки морских вооружений, теоретической основой которой стали известные взгляды А.Т. Мэхэна и Ф. Коломба. Именно в конце XIX в. в традиционное соперничество морских держав включились, кроме Японии, такие сильные в экономическом отношении государства, как США и Германия. Создание Германией линейного «Флота Открытого моря» в случае коалиционной войны в Европе осложняло стратегическое положение России на Балтике.

Англия, ежегодные расходы которой на флот в начале XX в. превышали 300 млн. рублей, стремилась удержать пальму первенства в морских вооружениях. Сохранение англо-русских противоречий не исключало возможность вторжения превосходящих сил английского Средиземноморского флота в Чёрное море. Восточный флот Англии в таком случае мог оказать существенную поддержку японскому в Тихом океане. Анализ соотношения сил на море (см. таблицу) показывает, что к 1905 г. российский флот не получал превосходства в силах ни на одном из трёх морских театров. Поэтому внезапное начало войны в неблагоприятных политических комбинациях заведомо означало господство на море вероятных противников России. При этом возможности межтеатрового маневра были весьма ограниченными — выход Черноморского флота через проливы зависел от прихоти турецкого правительства (а в реальности — фактически от позиции английского правительства), а маршрут перехода с Балтики на Дальний Восток и обратно находился под контролем Германии и всё той же Англии.

Очевидная опасность такого положения требовала гибкости внешней политики, единства военной и морской стратегии. В действительности Николаю II не удалось согласовать позиции своих министерств, которые зачастую ставили ведомственные интересы выше государственных. Так, С. Ю. Витте в 1896 г. под влиянием русско-китайского банка добился от Китая согласия на строительство Китайско-Восточной железной дороги (КВЖД), которая связала забайкальский участок Транссибирской магистрали с Владивостоком через территорию Манчжурии. В 1901 г. по КВЖД прошёл первый поезд. В начале XX в. Министерство финансов израсходовало почти 26 млн. рублей на строительство коммерческого порта и города Дальний на Квантунском полуострове. Новый порт связала с КВЖД Южно-Манчжурская железная дорога (ЮМЖД). Все эти дорогостоящие начинания требовали надёжной обороны, финансирование которой откладывалось тем же главой министерства. Впоследствии и Дальний, и ЮМЖД были эффективно использованы Японией в войне против России.

Министр иностранных дел граф М.Н. Муравьев настоял на занятии Порт-Артура в ответ на оккупацию Германией Циндао (Киао-Чао) вопреки опасениям С.Ю. Витте за последствия захвата китайской территории и сомнениям вице-адмирала П.П. Тыртова в удобствах и стратегическом значении этого порта. При этом не было учтено мнение начальника эскадры Тихого океана вице-адмирала Ф.В. Дубасова, который еще в 1898 г. считал, что Порт-Артур может быть легко отрезан от сообщения морем с Владивостоком и от сухопутных коммуникаций в Манчжурии. Ни М.Н. Муравьев, ни его приемник (с 1900 г.) граф В.Н. Ламсдорф не предавали должного значения увязыванию политических целей с задачами флота. Военно-морское руководство — ведомство августейшего генерал-адмирала — оказалось не в состоянии сформулировать их самостоятельно. Вице-адмирал С.О. Макаров, предлагавший в декабре 1897 г. определить задачи флота на Дальнем Востоке, а уже потом, исходя из этих задач, установить и его состав, остался при особом мнении и не был поддержан другими участниками особого совещания.