Морское ведомство рассматривало флот в Тихом океане как фактор, удерживающий Японию от нападения, а не как силу, способную нанести поражение ее флоту. В результате важнейший принцип стратегии, требующий сосредоточения максимальных средств на театре военных действий, оказался в забвении. Решающая роль флота в возможной войне с Японией была очевидна для руководителей Морского министерства задолго до её начала. Тем не менее, планируемый состав российского флота в Тихом океане даже к 1905 г. обеспечивал лишь незначительное превосходство над противником. Само сосредоточение этого флота в водах Дальнего Востока адмиралы П.П. Тыртов и Ф. К. Авелан поставили в зависимость от сметы на заграничное плавание, а не от политического положения или наличия корабельного состава. Сметой расходов Морского министерства заведомо предопределялось и отставание материального обеспечения базирования флота от его состава — ассигнование на оборудование Порт-Артура растягивалось на восемь лет. При этом первые 2 млн. рублей были получены только в 1900 г. ⁴²

Военное министерство, в свою очередь, не торопилось со строительством Порт-Артурской крепости, окончание которой планировалось к 1909 г. Отпущенные на крепость до 1904 г 4,6 млн. рублей выглядели более чем скромно по сравнению с расходами на создание Дальнего. Военный министр (с 1898 г.) генерал-лейтенант А.Н. Куропаткин являлся активным противником чрезмерного, по его мнению, усилению флота. Правда, ему не удалось склонить на свою сторону Николая II, зато министр явно недооценил боеспособность японской армии, оставив к 1904 г. Порт-Артур и Владивосток без надёжной сухопутной обороны. Сосредоточенные Военным министерством на Дальнем Востоке войска качественно уступали войскам российской армии в целом: основу их организации составляли так называемые Восточно-Сибирские стрелковые бригады вместо полноценных армейских корпусов.

Не лучшим образом был решён вопрос управления силами армии и флота, хотя, по аналогии с Тавридой XVIII в., Николай II стремился к созданию единого командования на Дальнем Востоке. В августе 1899 г. была учреждена должность главного начальника и командующего войсками Квантунской области и Морскими силами Тихого океана, на которую император назначил вице-адмирала Е.И. Алексеева. В его подчинение поступили начальник эскадры и командиры портов Тихого океана. Сам Е.И. Алексеев в отношении управления силами флота подчинялся управляющему Морским министерством43 и пользовался правами главного командира флота и портов, поднимая на корабле флаг командующего флотом. При нём состоял морской отдел штаба, который с января 1900 г. возглавил контр-адмирал В.К. Витгефт.

Занятый делами гражданского управления, внешней политикой и сухопутными войсками, «главный начальник и командующий», несмотря на своё «морское» происхождение, не мог уделять должное внимание флоту. Фактически ответственным за подготовку флота и управление им в море оставался начальник эскадры Тихого океана, который не имел полной самостоятельности. В частности, вопросы назначения командиров, руководство портами и др. находились в компетенции Е.И. Алексеева. Грамотный и достаточно опытный моряк и политик, Е.И. Алексеев весьма критически относился к инициативе подчинённых и зачастую увлекался мелочной опекой начальника эскадры. В 1900 г., например, он добился отзыва с этого поста «излишне самостоятельного» вице-адмирала Я.А. Гильтебрандта.

В распоряжении Е.И. Алексеева, в отличие от Г.А. Потёмкина на Чёрном море в конце XVIII в., не было и необходимых материальных средств. Кораблестроение, развитие ремонтной базы, пополнение флота кораблями и личным составом оставались в ведении далёкого Санкт-Петербурга. Таким образом, новое звено управления лишь создавало видимость централизации, усложнив и без того архаичную структуру высшей военно-морской администрации России.

Внутреннее положение Российской империи на рубеже XIX–XX вв. складывалось далеко не блестяще. В 1898–1904 гг. её население выросло со 128,2 до 141,4 млн. ⁴⁴ между тем народное благосостояние увеличивалось очень медленно. В сельском хозяйстве России было занято подавляющее большинство населения — свыше 77 %, рост же производства товарного хлеба и доходов казны от налогов с крестьянства сдерживался сложившейся системой землепользования, низкой агрокультурой и тяжёлым экономическим положением большинства крестьян. Это положение усугублялось неурожаями и частичным голодом 1899 и 1901 г.г. и было причиной не прекращавшихся крестьянских волнений.

По уровню промышленного производства Россия занимала 5 место в мире, уступая США, Германии, Англии и Франции. Численность занятых в промышленности и на транспорте к 1898 г. превысила 2 млн. человек. В 1900 г. выплавка стали составила 2,6 млн. т, добыча угля и нефти -16 и 10 млн. т соответственно. Однако в 1900–1903 гг. страну затронул мировой экономический кризис, который привёл к падению промышленного производства на 5,7 %, а также вызвал рост забастовочного движения рабочих. На фоне бедственного положения и недовольства условиями жизни большинства населения активизировали свою деятельность подпольные революционные организации — партия социалистов-революционеров (наследовали идеи народничества) и российская социал-демократическая рабочая партия (основана в 1898 г. на идеях марксизма), которые ставили своими целями свержение самодержавия. Сложившиеся в стране порядки вызывали критическое отношение интеллигенции, буржуазии и определённой части дворянства.

Консерватизм Николая II, упорно не желавшего пойти на реформы государственного устройства, прямо вёл к серьезному политическому кризису. С.Ю. Витте так и не удалось вполне стабилизировать финансовое положение империи, внешний долг которой в 1900–1904 гг. вырос с 3966 до 4250 млн. рублей. Положительной оценки при этом заслуживают внешнеполитические шаги российского правительства, стремившегося к сокращению непомерных военных расходов. Так, в мае-июне 1899 г. по инициативе Николая II и графа М.Н. Муравьева в Гааге состоялась международная конференция с участием 26 государств, на которой впервые в мировой истории обсуждался вопрос о взаимном ограничении вооружений. Правда, участники конференции из-за активного противодействия русским предложениям со стороны представителей Германии и США, не пришли к определенному соглашению. Значение Гаагской конференции ограничилось выработкой международных правил ведения военных действий на суше и на море.

Через год — летом 1900-го — вместо желанного сокращения вооруженных сил Россия приняла активное участие в войне в Китае, связанной с совместным выступлением ведущих морских держав для подавления «боксёрского» восстания (движение ихэтуаней). Восстание имело антиимпериалистическую направленность и было отчасти поддержано китайским правительством. В результате войны российские войска оккупировали Манчжурию, другие государства добились от Китая многочисленных уступок, крайне обострились русско-японские противоречия в борьбе за сферы влияния на Дальнем Востоке.