Между тем, эффективность боеприпасов, достаточная для середины 90-х гг. XIX в., совершенно не соответствовала условиям начала XX в. Особенно плачевно выглядело вооружение эскадренных миноносцев — 50-граммового заряда стальных 75мм снарядов едва хватало, чтобы развалить снаряд на две части или вырвать данную трубку. Несмотря на решение МТК (ноябрь 1901 г.) об изъятии из боекомплекта обыкновенных (чугунных) снарядов, которые не выдерживали давления газов при выстреле и преждевременно разрывались, ГУКиС так и не выполнили его до начала войны. Зато вместо бесполезной картечи внедрялись сегментные снаряды — род шрапнели — дорогостоящие и весьма хитроумного устройства. Стрельба этими снарядами была достаточно сложной при ничтожной вероятности поражения вражеского миноносца из-за невозможности в боевой обстановке верно определить дистанцию подрыва.

Бронебойные снаряды до войны так и не были снабжены наконечниками С.О. Макарова. 6" снаряды с наконечниками были поставлены только для кораблей 2-й эскадры Тихого океана к лету 1904 г. Тогда же чугунные снаряды в боекомплекте заменили стальными фугасными, но прежнего чертежа. На одно 12" орудие было отпущено по 36 фугасных, 18 бронебойных и 6 сегментных снарядов. Примерно такая же пропорция установилась и для орудий меньших калибров.

В 1898–1900 гг. с отказом от системы залповой стрельбы для броненосцев и крейсеров были приняты новые синхронные (электрические) приборы управления артиллерийским огнем, изготовление которых наладил завод Гейслера в Петербурге. Посылающие приборы в боевой рубке включали боевой, сигнальный, снарядный и дальномерный указатели с соответствующими циферблатами, которыми задавались направление, команды, род снарядов и дистанция. У орудий помещались боевой и дальномерный циферблат, первые указывали направление и команды, а вторые — род снарядов и дистанции. Снарядные указатели установили также в погребах боеприпасов. ПУАО Гейслера обеспечивали центральное управление стрельбой всех орудий из боевой рубки.

Дальномерные циферблаты приборов управления артиллерийским огнём были разбиты для дистанций от 5 до 43 кб («Пересвет») или до 46 кб («Ретвизан»), а таблицы стрельбы рассчитаны до 53–60 кб. Только после начала войны приборы и таблицы привели в соответствие с предельной дальностью стрельбы орудий. Искусственное ограничение дистанций отчасти было связано с возможностями дальномеров-микрометров системы Люжоля-Мякишева, точных в пределах 30–40 кб. В 1899–1901 гг. МТКнеспеша испытывал отдельные экземпляры горизонтально-базисных дальномеров компании «Барр энд Струд» (база 1,2 м), применение которых не требовало знания высоты рангоута корабля противника. Несмотря на то, что погрешность измерения дистанций этим дальномером была допустимой также до 30–40 кб, он был значительно совершеннее прежнего угломера. В декабре 1901 г. МТК принял дальномер «Барра энд Струд» на вооружение, но ГУКиС до начала воины не нашёл средств для снабжения ими кораблей флота. Из семи эскадренных броненосцев эскадры Тихого океана по одному-два новых дальномера получили только пять кораблей: «Петропавловск», «Пересвет». «Победа», «Ретвизан» и «Цесаревич». Несколько таких дальномеров было на крейсерах, пришедших на Дальний Восток в 1903 г. Только в 1904 г. горизонтально-базисные дальномеры были закуплены для всех крупных кораблей флота.

Еще хуже обстояло дело с оптическими прицелами, впервые примененными американцами в бою у Сант-Яго в 1898 г. Пожалев денег на закупку прицелов за границей, Морское министерство в 1900–1901 гг. испытывало изготовленные отечественной компанией «Н.К. Гейслер» прицелы системы лейтенанта А.К. Мякишева. Заказанную на основании испытаний опытную (!) партию из 35 прицелов в 1903 г. успели установить на броненосце «Ослябя». Корабли эскадры Тихого океана вступили в войну с прежними механическими (тангенсовыми) прицелами, не позволявшими различать цель на дистанции свыше 20–30 кб. Испытанные в 1902 г. наиболее совершенные оптические прицелы системы лейтенанта Я.Н. Перепёлкина, поспешно приняли на вооружение только в 1904 г., заказав Обуховскому заводу 400 штук для 2-й эскадры Тихого океана и уцелевших кораблей на Дальнем Востоке. Почти одновременно, в октябре 1904 г., утвердили снабжение броненосцев и крейсеров призменными биноклями Цейса, крайне необходимыми артиллерийским офицерам для корректировки стрельбы. ⁶⁸

В 1898–1902 гг. были предприняты меры по унификации минного (торпедного) вооружения. Так, для всех эскадренных броненосцев и больших крейсеров установили однотипный состав вооружения из четырёх надводных (носовой, кормовой, два бортовых) и двух подводных минных аппаратов. Сетевое противоминное заграждение было положено для броненосцев водоизмещением более 4000 т и крейсеров 1 — го ранга. Для подводных минных аппаратов некоторых броненосцев применялись 18-дюймовые (457мм) мины Уайтхеда с массой заряда 85,9 кг. Однако все надводные аппараты больших кораблей и миноносцев оставались калибром 15 дюймов (381 мм) и стреляли минами образца 1898 г. Максимальная дальность хода этой мины составляла 12 кб при скорости 20 уз (на 3 кб — 29 уз), масса пироксилинового заряда — 65,4 кг. Новые английские мины Уайтхеда калибром 457 мм, состоявшие на вооружении японских броненосцев и истребителей, при 24-узловой скорости достигали дальности 16,7 кб и несли 90,8 кг боевой заряд. Подобные мины были приняты в российском флоте только в 1904–1905 гг.

Русские броненосцы и крейсера сохраняли также постоянный запас мин заграждения (от Юдо 50), которые зачастую были небезопасны для своего корабля. Шаровые гальваноударные корабельные мины «образца 1898 г.» снаряжались 56 кг пироксилина и могли ставиться на глубинах до 120 м. Для уничтожения мин заграждения применялись контрмины с массой заряда от 160 до 200 кг. Наиболее эффективным средством борьбы с минами противника стал контактный трал образца 1898 г., сконструированный лейтенантом К.Ф. Шульцем. Трал Шульца состоял из пяти смычек проволочного троса длиной по 18,3 м, свинцовых грузов и поплавков, которые удерживали тралящую часть на заданном углублении. Трал буксировался двумя катерами или небольшими кораблями. С некоторыми изменениями он применяется и в наши дни для траления контактных мин.

В 1900 г. с вооружения были сняты архаичные шестовые мины, но на броненосцах сохранялись паровые минные катера (фактически — миноноски), водоизмещение которых достигло 20,5 т (длина 17,1 м). Они вооружались укороченными — катерными — минами Уайтхеда, развивавшими скорость 28 уз на дистанциях до 2 кб.

В 1898–1899 гг. на Балтике и Чёрном море продолжались испытания изобретения А.С. Попова — беспроволочного радиотелеграфа. В частности на кораблях Черноморского флота была испытана аппаратура, изготовленная по чертежам А.С. Попова французским инженером Е. Дюкрете. Дальность радиосвязи с использованием антенны, поднятой на воздушном змее, достигла 16 миль. Зимой 1899/1900 тт. по инициативе вице-адмирала И.М. Дикова и главного инспектора минного дела контр-адмирала К.С. Остелецкого радиостанции системы «Попов/Дюкрете» применили для связи острова Гогланд с материком. Протяженность этой радиолинии составила 26,5 миль. Установкой аппаратуры занимались А.С. Попов, его помощник П.Н. Рыбкин и минеры капитан 2-го ранга Г.И. Залевский и лейтенант А. А. Реммерт. Радиолиния обеспечила связь аварийных работ на броненосце «Генерал-адмирал Апраксин».