Однако сдача остатков эскадры, несомненно, нанесла ущерб чести Андреевского флага, что и было отмечено военно-морским судом, состоявшимся в Кронштадте в ноябре-декабре 1906 г. Суд признал виновниками позора самого Небогатова, командиров кораблей — капитанов 1-го ранга В.В. Смирнова, С.И. Григорьева, и Н.Г. Лишина, флаг-капитана капитана 2-го ранга В.А. Кросса и старших офицеров броненосцев «Император Николай I», «Генерал-адмирал Апраксин» и «Адмирал Сенявин». Временно командовавший броненосцем «Орёл», тяжело повреждённым в бою 14 мая 1905 г., капитан 2-го ранга К.Л. Шведе был оправдан. Небогатова и трёх командиров суд приговорил к смертной казни, которую Николай II заменил десятилетним заключением в крепости. На суде Небогатов держался достойно, признавая свою единоличную ответственность за сдачу отряда. Досрочно освобождённый из крепости, бывший адмирал ушёл в частную жизнь, испытывая тяжесть моральной ответственности и крайне противоположное отношение современников. По данным А.С. Новикова-Прибоя, скончался в Москве в 1922 году.

Командующий Отдельным отрядом судов контр-адмирал Андрей Андреевич Вирениус (1850-?) — воспитанник Морского училища, одноклассник Н.И. Небогатова. Специалист в области минного оружия. Имел большой опыт плаваний и стаж командования кораблями. В 1903 г., будучи помощником начальника ГМШ (З.П. Рожественского), получил задание привести на Дальний Восток Отдельный отряд судов из Средиземного моря. Задержанный неисправностями некоторых кораблей и нелепыми распоряжениями из Санкт-Петербурга, Вирениус с оставшейся у него частью отряда успел дойти только до Джибути, где его застало начало войны. Не веривший ранее в возможность военного выступления японцев, Андрей Андреевич был совершенно ошарашен первым японским успехом и предложил вернуть отряд на Балтику, опасаясь его уничтожения противником. Его предложение было утверждено руководством Морского ведомства (Рожественский, Авелан) и Николаем II вопреки настойчивым просьбам адмиралов Алексеева и Макарова. Таким образом, флот Тихого океана лишился возможности получить значительное усиление (броненосец «Ослябя», крейсера 1-го ранга «Аврора» и «Дмитрий Донской», семь эскадренных миноносцев) в первые же месяцы войны. Вирениус на «Ослябя» вернулся на Балтику и после вступления Рожественского в командование 2-й эскадрой начал временно исполнять должность начальника ГМШ. Здесь он, в основном, решал текущие вопросы, мало влиявшие на ход войны, хотя на совещаниях иногда высказывал здравые мысли по вопросам сосредоточения флота на театре военных действий.

Младший флагман, командующий вторым броненосным отрядом 2-й Тихоокеанской эскадры контр-адмирал Дмитрий Густавович Фелькерзам (1846–1905) — воспитанник Морского училища, которое блестяще окончил первым по списку в 1867 г., специалист в областях минного дела и артиллерии. Командовал судами с 1888 г., в том числе в 1895–1899 гг. — эскадренным броненосцем «Император Николай I» в дальних плаваниях. В 1902–1904 гг. был начальником Учебно-артиллерийского отряда. Пользовался уважением подчиненных и начальства за знания и опытность в морском деле, хотя З.П. Рожественский считал его при всем этом недостаточно «твёрдым» начальником. Самостоятельно и успешно привел часть 2-й эскадры из Танжера к берегам Мадагаскара. В походе тяжело заболел и скончался незадолго до Цусимского сражения.

Младший флагман эскадры Тихого океана контр-адмирал князь Павел Петрович Ухтомский (1848-?) — воспитанник Морского училища, одноклассник Д.Г. Фелькерзама. Командовал кораблями с 1889 г., в 1896 г. сменил З.П. Рожественского в должности командира крейсера 1-го ранга «Владимир Мономах». В 1901–1903 гг. был начальником штаба Кронштадского порта — у С.О. Макарова, с которым был знаком и дружен с юношеских — гардемаринских лет. Несмотря на опытность и располагающие душевные качества, все начальники Павла Петровича на Дальнем Востоке, включая и Макарова, считали его неспособным к командованию и, в той или иной форме, ставили вопрос о его замене. В сражении в Жёлтом море Ухтомский принял командование эскадрой и привел большую её часть в Порт-Артур, где вскоре был отстранён от должности адмиралом Е.И. Алексеевым, крайне недовольным исходом сражения. Справедливости ради, надо отметить, что 28 июля 1904 г. контр-адмирал Ухтомский, при всем отсутствии у него «волевых» качеств, видимо, принял наиболее правильное решение. Обнаруженная же им до и после сражения пассивность и нежелание бросить вызов японцам в открытом море была характерна и для многих других флагманов и старших командиров Флота.

Младший флагман, командующий Отрядом крейсеров 2-й Тихоокеанской эскадры контр-адмирал Оскар Адольфович Энквист (1849-?) — воспитанник Морского училища, одноклассник Н.И. Небогатова. Командовал кораблями с 1891 по 1899 г., после чего в море не выходил до своего назначения на 2-ю эскадру. В 1902–1904 гг. занимал береговую и отчасти даже «мирную» должность командира Николаевского порта и градоначальника Николаева. Возможность отбывать ценз младшего флагмана получил благодаря своему родству с адмиралом Ф.К. Авеланом (кузеном). По мнению капитана 1-го ранга Л.Ф. Добротворского, Оскар Адольфович «..имел большое влечение к крейсерам, хотя… не решил бы ни одной разведывательной задачи и не прочел ни «Призового права, ни инструкции об осмотре судов». Прозванный подчиненными «Плантатором», контр-адмирал Энквист почти никак не прояви себя в качестве флагмана. После боя 14 мая, отказываясь от продолжения прорыва во Владивосток и следования движению главных сил эскадры, увел на юг три быстроходных крейсера, которые отступили в Манилу (база ВМС США) и разоружились. В показаниях следственной комиссии он мотивировал свое решение незнанием назначенного курса NO 23° и предположением о том, что эскадра отступает на юг, а также ссылался на мнения командира флагманского крейсера (Добротворского) и флагманского штурмана (капитана 2-го ранга С.Р. де Ливрона) о непригодности «Олега» к новой встрече с противником.

Контр-адмирал великий князь Александр Михайлович (1866–1933) — близкий родственник и личный друг императора Николая II, избравший карьеру морского офицера. Необычайно быстрым продвижением по службе был, конечно, обязан своему происхождению, но при этом отличался знанием морского дела и незаурядными способностями. Издавал первый в России ежегодный справочник по корабельному составу флотов («Военные флоты»), был инициатором проведения в академии военно-морской игры по Ф. Джейну и автором оригинальных идей в кораблестроении. Один из сторонников создания сильного Тихоокеанского флота, критически относился к деятельности высшего военно-морского управления, из-за чего даже побывал в отставке, но потом восстановил отношения с двоюродным братом (генерал-адмиралом) и вернулся на службу. В 1900–1902 гг. командовал черноморским броненосцем «Ростислав», с 1903 г. был младшим флагманом Черноморского флота и одновременно Главноуправляющим торговым мореплаванием и портами. В начале войны с Японией просился на театр военных действий, но получил вежливый отказ Николая И, который совершенно обоснованно не желал осложнять и без того непростой вопрос руководства вооружёнными силами на Дальнем Востоке (великокняжеский титул, действительное положение при дворе и амбиции Александра Михайловича совершенно не соответствовали его старшинству в чинах, что заранее предопределяло трудности в его отношениях с адмиралами Алексеевым, Макаровым и другими флагманами). Во время войны руководил приобретением и снаряжением вспомогательных крейсеров и деятельностью Особого комитета по усилению флота на добровольные пожертвования. При этом, используя свое положение и знание дела, добился быстрого снаряжения целого крейсерского отряда, а на собранные народные деньги оперативно заказал удачные минные крейсера, часть которых оканчивалась постройкой уже к лету 1905 г. В кампании этого года командовал на Балтике отрядом новых минных крейсеров, не успевших принять участие в войне (строго говоря, такие корабли Морскому ведомству следовало заказать в 1903 г.).