В марте 1903 г. был назначен исполняющим должность начальника Главного морского штаба, при этом не смог (или не успел) организовать должной подготовки флота к войне. В начале войны растерялся, собирался сам на театр военных действий, но в то же время явно промедлил с подкреплениями. Поставленный во главе 2-й эскадры флота Тихого океана в апреле 1904 г., проявил энергию и известные организаторские способности. В походе заболел и, очевидно, осознал непосильность поставленной задачи. В области управления создал систему, основанную на жесткой централизации, все вопросы «тянул сам», в тактическом отношении оказался несостоятельным, а в сражении проявил пассивность, представив инициативу противнику. Вернулся из японского плена с планами преобразования флота. На суде по делу о сдаче миноносца «Бедовый» не прятался за спины нерадивых подчиненных, а мужественно взял ответственность на себя, был оправдан (как раненый в бою), но вскоре уволен в отставку.

Временно командующий эскадрой в Порт-Артуре контр-адмирал Вильгельм Карлович Витгефт (1847–1904) — воспитанник Морского училища, одноклассник З.П. Рождественского, специалист в областях минного дела и военно-морской администрации. Командовал кораблями с 1885 г., отрядами — никогда, с 1899 г. — начальник Морского отдела штаба Е.И. Алексеева. Являлся автором оперативного плана Тихоокеанского флота накануне войны с Японией. При всех недостатках этого плана, предположения В.К. Витгефта о разделении японских сил полностью оправдались на деле, но ему же, совершенно неожиданно для самого себя, пришлось реализовывать положения плана на практике в сложной обстановке. В конце апреля 1904 г. В.К. Витгефт был фактически поставлен Е.И. Алексеевым в Порт-Артуре во главе флота, но к этому времени он был морально подавлен неудачами, особенно катастрофой 31 марта и не чувствовал себя флотоводцем, способным исправить положение. Избрал стиль руководства в виде совещаний (собраний) флагманов и капитанов, где решение формировалось большинством голосов (для сравнения: С.О. Макаров проводил разборы, давая высказаться каждому, но подводил итоги сам и лично ставил задачи; З.П. Рожественский собирал командиров редко и только для того, чтобы дать указания, или давал последние в письменных приказах или циркулярах). Критически относился к качествам большинства подчиненных, но высказываниями не злоупотреблял, хотя был скуп на награды. Несмотря на достигнутые успехи на море (потопление двух японских броненосцев), В.К. Витгефт считал безнадежной борьбу с японцами на море и ставил судьбу флота в зависимость от судьбы крепости. Явно пренебрег боеготовностью флота, позволив свезти с кораблей много орудий. Дважды выходил с флотом в море, но только по требованию Е.И. Алексеева, при встречах с противником проявил тактическую пассивность, которую искупил геройской гибелью на мостике своего флагманского корабля броненосца «Цесаревич».

Командующий отрядом броненосцев и крейсеров в Порт-Артуре контр-адмирал Роберт Николаевич Вирен (1856–1917) — самый младший из адмиралов — участников войны, воспитанник Морского училища, специалист в области минного дела, которое преподавал брату Николая II, великому князю Георгию Александровичу. Командовал кораблями с 1896 г., с 1902 по август 1904 г. — командир крейсера 1 ранга «Баян». Привёл этот корабль на Дальний Восток в образцовом состоянии, отличился в боях под Порт-Артуром 27 января и 31 марта 1904 г., став георгиевским кавалером. Поэтому в августе 1904 г., в обход многих более старших по службе, был избран на замену П.П. Ухтомскому и поставлен во главе остатков флота в Порт-Артуре. Грамотный моряк, Р.Н. Вирен, однако, оказался под тяжёлым впечатлением военных неудач и избрал пассивный образ действий. Несёт личную моральную ответственность за то, что японцам удалось захватить наши броненосцы и крейсера в Порт-Артуре. В руководстве отличался требовательностью, строгим следованием букве закона и педантизма, который доходил до мелких унизительных придирок к подчиненным.

Младший флагман, начальник Отдельного отряда крейсеров во Владивостоке контр-адмирал Карл Петрович Иессен (1852–1918) — воспитанник Морского училища, специалист в области минного дела и артиллерии, командовал кораблями (миноносцем) с 1890 г., в 1898–1902 гг. командовал крейсером «Громобой», стал флагманом в 1904 г. Отличался независимым характером, известно, что в разное время конфликтовал с С.О. Макаровым, Н.И. Скрыдловым и А.А. Бирилёвым. Возглавил несколько удачных походов Владивостокского отряда и отдельных выходов крейсеров, в которых проявил некоторую опрометчивость (авария «Богатыря», подрыв «Громобоя»). В неравном бою с японцами 1 августа 1904 г. отличился личной храбростью и мужеством начальника, был награжден орденом Св. Георгия 4-й степени. Стал одним из первых флагманов, которые постарались извлечь уроки из боевых действий и на опыте определить эффективность отечественного морского оружия.

Младший флагман, начальник отряда крейсеров контр-адмирал Николай Карлович Рейценштейн (1854–1916) — воспитанник Морского училища (1871), специалист в области минного дела, командовал миноносцем в 1889 г. («Нарва»), канонерской лодкой и транспортом «Европа» с 1895 г. В 1899–1904 гг. — командир крейсера 1-го ранга «Аскольд», который привёл на Дальний Восток. Незадолго до начала войны с Японией назначен командовать Владивостокским отрядом крейсеров, но в феврале 1904 г. был отозван в Порт-Артур С.О. Макаровым, который считал необходимым, чтобы Отдельный отряд возглавил контр-адмирал, а не капитан 1-го ранга. В Порт-Артуре Рейценштейн стал командующим (под брейд-вымпелом) отрядом крейсеров и заслужил высокую оценку командующего флотом за энергию и распорядительность в организации обороны рейда. Незадолго до сражения в Жёлтом море был за отличие произведен в контр-адмиралы. В начале сражения 28 июля 1904 г., имея флаг на крейсере 1-го ранга «Аскольд», действовал пассивно, лишь уклонившись от огня японцев. В критический момент сражения — при попытке японцев окружить дезорганизованную русскую эскадру — с крейсерами «Аскольд» и «Новик» с боем прорвался через боевой порядок японских крейсерских отрядов. Привёл «Аскольд» в Шанхай, где повреждённый крейсер был интернирован и простоял до конца войны. Первым из российских флагманов провёл большую работу по обобщению боевого опыта (с привлечением офицеров — участников боевых действий) результаты её были изложены в специальном рапорте от 1 сентября 1904 г. Впоследствии аргументировано отстаивал правильность своего решения на прорыв быстроходных крейсеров во время сражения. Однако самостоятельные действия «Аскольда», «Новика» и других кораблей объективно привели к распылению и ослаблению главных сил флота Тихого океана. Следует заметить, что все подобные «прорывы» и «отрывы» наших быстроходных крейсеров в 1904–1905 гг. (отряды Н.К. Рейценштейна и О.А. Энквиста, «Диана», «Новик», «Изумруд») скорее напоминали поспешное отступление с боем и в лучшем случае достигали лишь сохранения самих кораблей на будущее (после войны). Поэтому действия Н.К. Рейценштейна в сражении в Жёлтом море вряд ли выходят из общего ряда событий, свидетельствовавших о кризисе российского военно-морского командования. После войны Николай Карлович командовал Учебно-артиллерийским отрядом на Балтике (1907–1909), а потом состоял членом Адмиралтейств — совета, возглавив несколько особых комитетов. В 1913 г. он был произведен в адмиралы и скончался в 1916 г. вскоре после увольнения от службы.

Командующий Отдельным отрядом судов контр-адмирал Николай Иванович Небогатов (1849–1922, по другим сведениям 1934) — воспитанник Морского училища (1869), командовал кораблями с 1888 г., в том числе кораблями 1-го ранга — с 1896 г. В 1899–1901 гг. служил под началом З.П. Рожественского в Учебно-артиллерийском отряде, а в 1903 г. был назначен начальником Учебного отряда Черноморского флота, которым самостоятельно командовал в двух морских компаниях. В 1905 г. всего за 83 дня с кораблями своего Отдельного отряда совершил 12000-мильный переход из Либавы к берегам Индокитая, обеспечив рандеву с 2-й эскадрой флота Тихого океана. Отличался хорошим знанием морского дела, выдержанным спокойным характером и самостоятельностью. В бою 14 мая проявил личную храбрость, но не решился принять на себя командование эскадрой до окончания дневного боя, что отчасти оправдывалось незнанием действительного положения дел с преемственностью руководства и судеб старших флагманов. 15 мая 1905 г. после некоторых колебаний сдал противнику остатки эскадры — четыре броненосца, окружённые японским флотом. Приказом императора от 22 августа 1905 г. Небогатов и командиры трёх броненосцев, получивших незначительные повреждения до сдачи, были лишены чинов и уволены от службы. Вернувшись из японского плена в Россию, бывший контр-адмирал Небогатов заявил: «Перед моими глазами стояли две тысячи семейств крестьян-матросов… Решил пожертвовать своим именем, собою, но спасти две тысячи человеческих жизней… было очевидно, что мы погибли, что флот разгромлен, и дальнейшие жертвы бесцельны». ⁷³ Действительно, многие матросы со сдавшихся кораблей искренне благодарили своего начальника за спасение, одобряли его поведение 15 мая и судовые священники. Сам Небогатов высоко отзывался о поведении в походе и бою своих офицеров и нижних чинов, которые сделали «всё, что в силах».