С 1900 г. было повышено береговое денежное содержание офицерского состава флота. По новому положению мичман на берегу в Балтийском и Черноморском флотах получал от 76 до 106 руб. в месяц, а в заграничном плавании — от 129 до 144 руб., старший инженер-механик на большом корабле — соответственно 183 и 310 руб. в месяц, командир корабля 1 — го ранга — 317 и 685 руб. и вице-адмирал, командующий эскадрой — 600 и 1527 руб.

Увеличение выпусков Морского кадетского корпуса и Морского инженерного училища оказалось недостаточным для искоренения возраставшего некомплекта флотских офицеров и инженер-механиков. Штаты офицеров строевого состава и инженер-механиков флота, утвержденные в декабре 1903 г. предусматривали 22 вице-адмирала, 35 контр-адмиралов, 451 штаб-офицеров, 1677 обер-офицеров (в том числе 777 мичманов), 11 флагманских инженер-механиков, 140 старших инженер-механиков и 377 помощников старших и младших инженер-механиков. ⁷⁹ Для заполнения штатов не хватало сотен обер-офицеров и младших инженер-механиков. Так, к лету 1904 г. в списках флота состояло всего 1229 лейтенантов и мичманов — около 74 % штатной численности. Не лучше обстояло дело и с инженер-механиками. К началу войны проблему некомплекта не удалось разрешить даже на эскадре Тихого океана — в январе 1904 г. на кораблях 1-го ранга не доставало по 4–5 строевых офицеров на каждом. ⁸⁰

Таким образом, сохранение сословной обособленности Морского корпуса и неопределенное положение Морского инженерного училища не позволили привести выпуск офицеров и инженер-механиков в соответствии с потребностями растущего флота. В военное время для укомплектования кораблей были призваны прапорщики запаса по морской и механической частям, которые на броненосцах 2-й эскадры Тихого океана составили до 14 % всех офицеров и инженер-механиков. В незначительной степени флот пополнился также мичманами, произведёнными из юнкеров флота и инженер-механиками — выпускниками гражданских высших технических учебных заведений. В Минном офицерском классе с 1900 г. стал изучаться радиотелеграф — именно минным офицерам было доверено заведование корабельными станциями беспроволочного телеграфирования. Вопросы же тактики применения оружия оставались второстепенными как в программах всех офицерских классов, так и в Николаевской морской академии. Артиллерийский офицерский класс из-за перегрузки Учебно-артиллерийского отряда стрельбами учеников-комендоров и недостатка штатных офицеров не обеспечивал практической подготовки слушателей к управлению стрельбой.

Курс военно-морских наук в академии ежегодно выпускал до 14 офицеров, однако не давал никаких преимуществ по службе (как в Академии Генерального штаба) и не служил необходимой ступенью образования для занятия высших командных или штабных должностей. Большинство адмиралов и командиров относилось к самому курсу и его выпускникам довольно скептически. Правда, под влиянием великого князя Александра Михайловича в Николаевской морской академии прочное место заняла ежегодная военно-морская игра. К сожалению, результаты проведённых игр почти не находили отражения в практике строительства и подготовки флота. В начале XX в. лица с академическим образованием составляли до 6 % офицерского корпуса флота. ⁸¹ Большинство «академиков» — гидрографы (штурмана), кораблестроители, инженер-механики — получили чисто научно-техническую подготовку, весьма далекую от непосредственного дела. Сухопутная Михайловская артиллерийская академия также не учитывала специфики флота. Пренебрежение военной стороной морского дела являлось характерной чертой офицерского образования и привело к трагическим последствиям в ходе войны с Японией.

Недостатки в подготовке офицерского состава флота усугублялись, а, в значительной степени, и являлись следствием сложившейся к началу XX века системой прохождения службы. Последняя определялась «Положением о морском цензе» (1885 г.) и несколькими частными положениями 1886 и 1891 гг. «Цензовая» система была создана по инициативе управляющего морским министерством в 1882–1883 гг. адмирала Н.А. Шестакова. Шестаков совершенно справедливо возмущался бывшим до 1885 г. избытком штаб-офицеров, которые зачастую управляли портовыми буксирами, и наличием в списках адмиралов, никогда не командовавших боевыми кораблями 1-го ранга. Положение 1885 г. родилось в результате тщательной проработки вопроса специальной комиссией вице-адмирала П.А. Перелешина.

В основу новой системы Шестаков положил принципы штатной дисциплины и строгого отделения строевой корабельной службы, офицеры которой становились полноценными специалистами минного артиллерийского и штурманского дела, от береговой и инженерно-технической. Обязательными условиями для обычного (по линии) производства флотского офицера или инженер-механика в следующий чин (звание) стало не только «удостоверение начальства» (представление), но выполнение им морского ценза — определённого количества месяцев плавания. Производство осуществлялось только при назначении на соответствующую чину свободную вакансию (должность).

Например, мичман (X класс «Табеля о рангах») мог стать лейтенантом (IX класс) только после 40 месяцев плавания (в том числе и в морском корпусе). Чин капитана 1-го ранга (VI класс) присваивался только после 12 месяцев плавания старшим офицером на судах 1-2-го рангов и 12 месяцев — командиром судна 2-го ранга. Для производства в капитаны 2-го ранга (VII класс) лейтенант должен был иметь не менее 98 месяцев плавания, в том числе 58 месяцев — в чине лейтенанта, даже для производства в контр-адмиралы (IV класс), что предусматривалось только «за отличие» (то есть — по особому выбору), требовался четырёхлетний стаж командования судном 1-го ранга, включавший четыре месяца внутреннего или восемь месяцев заграничного плавания.

Для «большинства» чинов (званий) устанавливался предельный возраст, по достижении которого офицер (инженер-механик) увольнялся в отставку. Он составлял от 47 лет (для лейтенанта) до 60 лет (для контр-адмирала). Мичман (младший инженер-механик) подлежали увольнению после пребывания 10 лет в чине. Для получения полного оклада пенсии обер-офицеру полагалось отслужить не менее 30 лет, штаб-офицеру и адмиралу — 35 лет.

Высший чин петровского «Табеля о рангах» — генерал-адмирал (I класс) — ещё известными указами Екатерины II, Павла I и Николая I был фактически превращен в «звание» для лиц императорской фамилии, назначаемых для управления флотом. Действующим высшим чином оставался чин адмирал (II класс), который присваивался только по усмотрению императора. Для адмиралов не устанавливалось ни штатного состава, ни предельного возраста, что означало пожизненную службу, а на практике — пожизненное пребывание в списках флота на какой-либо почётной должности, часто — на «синекуре». Для получения адмиральского чина, кроме прочих заслуг, надо было обладать таким важным качеством, как долголетие. Хотя этот чин и мог быть присвоен на четырёх действующих должностях (управляющий министерством, начальник ГМШ, главные командиры Черноморского флота и Кронштадского порта), но обычно стать адмиралом успевал только управляющий министерством и некоторые вице-адмиралы при назначении их в Государственный или Адмиралтейств-советы или при увольнении их в отставку. Список из двенадцати адмиралов Российского флота (не считая генерал-адмирала и германского императора Вильгельма II) в 1904 г. возглавлял почтенный 73-летний Н.М. Чихачев. Ни он, ни другие адмиралы, кроме Е.А. Алексеева (второй по списку), не занимали командных должностей, то есть не играли заметной роли в управлении Флотом. В списке из 25 вице-адмиралов пятым был С.О. Макаров, самый молодой по возрасту и самый старший в чине из тех, кто находился на командных постах. Возраст вице-адмиралов колебался от 55 до 71 года (предельный по положению — 65 лет). Во время войны оказалось, что из их числа вовсе не просто выбрать кандидатов на должности командующих флотами или эскадрами.