Война выявила и трудности с назначением младших флагманов, хотя в списках состояли 35 контр-адмиралов в возрасте от 51 до 57 лет. Естественными преемниками флагманов в военное время были старшие штаб-офицеры, командиры кораблей 1-го ранга, флотских экипажей и начальники отрядов. К этой категории относились 99 капитанов 1 — го ранга (в возрасте от 44 до 54 лет). Старшими офицерами крупных кораблей, командирами судов 2-го ранга и эскадренных миноносцев были 300 капитанов 2-го ранга (39–46 лет).
Последних недоставало до штатной численности 49 человек, поэтому некоторые из указанных должностей исполняли старшие из лейтенантов, часть которых получала штаб-офицерские оклады (по чину капитан-лейтенанта, упраздненного в 1885 г.). Возраст таких лейтенантов лежал в пределах от 34 до 40 лет. Они же были старшими флаг-офицерами и флагманскими специалистами в штабах начальников эскадр.
Такова была краткая количественная характеристика состава флагманов, командиров и следующих за ними флотских офицеров, игравших главные или важные подчинённые роли в руководстве боевыми действиями и в подготовке к ним отдельных кораблей и Флота в целом. Казалось, что применение цензовой системы позволило обеспечить должную избирательность для высших назначений и получить высококачественный в целом состав командиров и флагманов.
Однако в реальной жизни Российского флота всё сложилось иначе, так как прогрессивные в целом положения 1885–1891 гг. получили совершенно искаженную практику применения. Новая система вскоре после её введения свелась к поочередному отбыванию офицерами морского ценза, после чего многие из них просто ожидали вакансий для производства в следующий чин. Впоследствии в своих воспоминаниях «Флот и Морское ведомство до Цусимы и после» (1911) современник действия цензовой системы В.И. Семёнов писал: «На деле вышло так, что начальство оказывалось обязанным дать офицеру следующее назначение, раз только минимум требований был выполнен».
В результате на ответственные командные должности зачастую назначались недостаточно подготовленные, но «отбывшие ценз» офицеры. Командиры кораблей, отрядов и начальники эскадр регулярно сменялись, освобождая дорогу другим для отбывания морского ценза. Последнее служило и главным основанием для частой смены обер-офицеров, переходивших с корабля на корабль, находящийся в кампании или в заграничном плавании. Необходимость таких перемещений усугублялась и известным некомплектом офицеров, вызванного на рубеже XIX–XX вв. быстрым ростом корабельного состава флота.
В основе причин таких отрицательных явлений лежали как глубинные особенности российской действительности того времени, так и действия высших органов политического и военно-морского руководства, а также внешние обстоятельства.
Во-первых, само по себе применение цензовых правил осуществлялось на определённом социальном уровне, затрагивая интересы российского дворянства. Флотские офицеры были особой кастой в составе этого дворянства и, неся службу Царю и Отечеству, считали себя вправе требовать положенного им по закону продвижения в чинах, связанного с ростом жалования и другими привилегиями. Напомним, что в 1896 г. производство в офицеры из нижних чинов, весьма редкое и ранее, было отменено, а Морской кадетский корпус был практически закрыт для детей «простолюдинов».
Во-вторых, морская служба, трудная и опасная во все времена, требовала определённых стимулов и отличий. Тем более, что в те времена по закону офицер мог выйти в отставку и вернуться в строй по личной просьбе («домашним обстоятельствам»).
В-третьих, лица императорской фамилии, стоявшие во главе страны и флота, сами имевшие привилегии по рождению, в подчинённых ценили прежде всего личную преданность и ставили превыше всего показную сторону военной (и военно-морской) службы.
В-четвёртых, со «времён благословенной памяти императора Александра I» в службе российского морского офицера было узаконено преобладание «берегового элемента». Это преобладание обеспечивалось подразделением всего личного состава флота на флотские экипажи — береговые части, аналогичные стрелковому батальону. Каждый такой экипаж во время кампании, как правило, укомплектовывал командами один корабль 1-го ранга, один корабль 2-го ранга и несколько мелких судов. На Балтике и на Чёрном море флотский офицер обычно из двенадцати месяцев года только четыре проводил в плавании, а остальные восемь служил на берегу, обучая своих матросов строевым приёмам.
Наконец, длительное мирное время исключало внеочередные производства в чины «за отличия в делах против неприятеля». Ветераны и герои войны 1877–1878 гг. в лучшем случае уже были заслуженными адмиралами (Макаров, Скрыдлов, Дубасов, Нилов и др.), а в худшем — ушли из жизни или из флота. Опыт же войны в Китае 1900–1901 гг. носил ограниченный характер, а отдельные подвиги и награды офицеров не меняли общей картины. На первый план выдвигались такие качества, как хорошая выправка, умение поставить строевое обучение и личная преданность начальству.
Изучение послужных списков офицерского состава показывает, что до капитана 1 — го ранга, то есть до командира большого корабля, мог дослужиться каждый выпускник Морского корпуса. Условиями было желание служить и плавать, элементарные навыки в организации береговой и корабельной службы, понятие о безопасности кораблевождения и известная осторожность, а также здоровье, так как в те времена количество конкурентов сокращалось ранними смертями от болезней. Конечно, при этом надо было «выплавать ценз» и желательно было иметь определённую поддержку родственников или начальства (протекцию).
Несомненными достоинствами российских морских офицеров были верность долгу и присяге, сравнительно высокий уровень образования, в том числе и специальной подготовки. Знание и служебное рвение ценились начальством, но в мирное время, если и влияли на продвижение по служебной лестнице, то в пределах своего выпуска из Морского кадетского корпуса. Корпоративность и товарищеские отношения, характерные для офицеров Российского флота, имели и положительное значение. Соблюдение кодекса чести и стремление отличиться в целом высоко ставилось в офицерской среде, так же как и личная храбрость. Надо признать, что присвоение казённых денег (растрата) и использование служебного положения офицерами и адмиралами не были особо редкими явлениями. Наиболее серьёзные случаи заканчивались судом или отставкой с погашением долга, и иногда приводили к самоубийству виновника, пытавшегося таким образом смыть с себя позорное пятно.
Зато русско-японская война богата и примерами личной и коллективной храбрости офицеров, которые в своём большинстве показывали подчинённым примеры доблести и готовности умереть за Отечество. Гораздо хуже обстояло дело с умением командовать кораблями в боевой обстановке и добиваться победы в столкновениях с противником на море. Мирное цензовое прохождение службы вело к формализму в боевой подготовке, что впоследствии было названо В.И. Семёновым (автор известной «Расплаты») «отбыванием номеров» различных учений.
Формальная отработка боевых упражнений без тактического фона и сложного маневрирования, которое цензовые командиры справедливо полагали опасным, приводила к тому, что командиры кораблей, начиная с эскадренных миноносцев, не имели правильного понятия о действительности оружия и способах его применения. На флоте преобладал тип «миролюбивого» командира, терявшегося в боевой обстановке и мало способного не только к активным действиям, но и неуверенного в простом маневрировании.
Это показали первые же дни войны на море. Один из лучших командиров эскадры Тихого океана капитан 2-го ранга В.А. Степанов («Енисей») повёл заградитель задним ходом к своему же минному заграждению, где тот и подорвался. Сознавая свою вину, Степанов отказался покинуть гибнущий корабль и разделил его трагическую судьбу.
Капитан 2-го ранга В.Ф. Сарычев (Георгиевкий кавалер за бой при Таку в 1900 г.), наоборот, поспешно покинул вместе с командой крейсер «Боярин», оставшийся на плаву после подрыва на мине, и убыл на миноносце в Порт-Артур, даже не убедившись в уничтожении корабля. То же самое сделал и командир миноносца «Сторожевой» капитан 2-го ранга А.П. Киткин, дважды безуспешно стрелявший по неподвижному «Боярину» минами Уайтхеда. Рядом был другой миноносец, но Киткин, будучи старшим, не использовал его, чтобы подорвать крейсер, и оба миноносца ушли в Артур, а «Боярин» выбросило на берег.