Постоянная эскадра совершала походы исключительно между японскими портами, иногда посещая порты Китая, Кореи и России. Стоянки в портах и на рейдах чередовались с эскадренным маневрированием и межбазовыми переходами. В отработке артиллерийской стрельбы и применения минного оружия японцы, вооруженные английским оружием, следовали и английским принципам. В частности, большое внимание было уделено скорости стрельбы из орудий крупного и среднего калибров. Критерием попадания служило количество попаданий из одного орудия в единицу времени. В то же время, японские моряки, сберегая от расстрела ценные 8" и 12" пушки, в основном проводили стволиковые стрельбы. При состязательной стрельбе на нескольких кораблях собирались комендоры с других броненосцев и крейсеров и из учебных отрядов.

Дистанции на призовых стрельбах, как и в английском флоте, не превышали 12–15 кб. Много внимания уделялось ночным минным атакам, которые производились отрядами миноносцев. Перед Японией не стояло проблемы стратегического сосредоточения сил: корабли базировались поблизости, и весь флот мог легко сосредоточиться для совместных действий. Однако ограниченный состав Постоянной эскадры, определяемый финансовыми возможностями, затруднял отработку сложного эскадренного маневрирования.

Другой проблемой стала высокая аварийность, которая была вызвана несоответствием выучки командиров и экипажей качественному и количественному росту флота, а также массовости и интенсивности боевой подготовки и плаваний. Привыкшие к прибрежным плаваниям на примитивных судах, японцы столкнулись со сложное- тями управления кораблями и техникой в условиях штормовой зимней погоды и совместного маневрирования.

Аварии и гибель судов, имевшие место в истории каждого флота, не обошли японский и в 90-х гг. XIX века. Так, в 1892 г. в штормовом Внутреннем японском море погиб со всей командой новейший 750-тонный минный крейсер (авизо) «Тисима». ²⁶ За несколько лет до этого во время перехода из Франции в Японию погиб только что построенный крейсер «Унеби».

В начале 900-х гг., в связи со спешкой подготовки тысяч моряков нового флота, аварии стали массовыми. 29 июля 1900 г. разбился на камнях недавно пришедший с завода «Ярроу» истребитель «Ницзи» (345 т). Его незадачливый командир капитан-лейтенант Аракава получил три месяца тюрьмы. ²⁷ В том же году сели на камни судно береговой обороны «Кацураги» и истребитель «Оборо», которому потребовался двухмесячный ремонт. В июне 1901 г. столкнулись между собой сразу три миноносца, а потом ещё два, из которых один (№ 9) получил тяжёлые повреждения. Почти одновременно минный крейсер «Тихайя» столкнулся с истребителем «Акебоно», на котором три человека умерли от ожогов паром из разорванного главного паропровода.

В апреле 1902 г. выбросился на камни корабль береговой обороны «Мусаси». Посланный ему на помощь минный крейсер «Яеяма» вскоре также оказался на ближайших скалах. Спасательные работы на «Мусаси» продолжались два месяца, почти четыре месяца потребовалось для спасения «Яеяма», который осенью был поставлен на капитальный ремонт. Командир крейсера капитан 2-го ранга Кимура и старший инженер-механик Фудзисава были отчислены от должности «за нерадение».

Около месяца спасательных работ с выгрузкой артиллерии и боезапаса потребовалось для снятия истребителя «Синономе», севшего на камни 26 мая 1902 г. А в июле того же года столкнулись друг с другом миноносцы № 41 и № 42. Оба получили тяжёлые повреждения. Через год севернее Симоносеки неопытный командир барон Миси посадил на мель свой 5000-тонный крейсер «Касаги», шедший с плавдоком на буксире. В марте 1903 г. серьёзные повреждения днища получил броненосный крейсер «Якумо», налетевший на скалу при выходе из Сасебо. Это лишь неполный перечень навигационных аварий, ставших известным иностранным военно-морским агентам.

Были и происшествия с оружием. Так, 23 мая 1903 г. на броненосце «Тин Эн» во время практической стрельбы произошел выстрел из 12" орудия при не полностью закрытом замке. В башню выбросило газы, от воздействия которых погибли трое и было ранено 16 человек орудийной прислуги. ²⁸

Однако, несмотря на аварии, японское военно-морское руководство настойчиво готовилось к боевым действиям. В этой подготовке важнейшее место занимали маневры. Большие маневры японского флота проводились всего два раза в 1900 и 1903 гг., но в промежутках между ними разыгрывались частные маневры при одном из главных военных портов. Поскольку этих портов было четыре, а сами маневры планировались на зиму, весну, лето и осень, они получили наименование «четырёхвременных». Маневры, как правило, сопровождались призывом резервистов и мобилизацией кораблей, приписанных к назначенному порту. Главным посредником («судьёй») на всех этих маневрах выступал адмирал Ито.

В начале 1900 г. Постоянной эскадрой командовал вице-адмирал Самедзима, который на первых «больших» маневрах и выступил в качестве командующего «нападающей» стороны. Эти маневры состоялись в марте-апреле и завершились императорским смотром. Их первый этап завершился мобилизацией всего наличного состава флота — 5 броненосцев 1-го и 2-го классов, 2 броненосных и 11 бронепалубных крейсеров, 2 минных крейсеров, 6 истребителей, а также канонерских лодок, судов береговой обороны и миноносцев. На втором этапе «нападающая» сторона блокировала Хиросиму, а «обороняющаяся» прорвала блокаду. Третий этап завершился эскадренным «сражением» с дневной атакой миноносцев и последующей бомбардировкой береговых укреплений. При этом японские корабли впервые пользовались радиотелеграфом.

На императорский смотр в Кобе были допущены иностранные наблюдатели, размещённые на крейсере «Акаси». Сам микадо поднял штандарт на броненосном крейсере «Асама», на котором впервые в жизни провёл ночь в море. В смотре и параде участвовали весь японский флот и два иностранных крейсера — русский «Адмирал Корнилов» и французский «Д'Энтрекасто». Иностранцы обратили внимание на слабую эскадренную выучку японского флота, корабли которого становились на якорь «по способности», избегая общего и эффектного эскадренного маневра, служившего показателем морской подготовки и предметом соревнования при встречах эскадр разных государств в европейских водах.