Андропов не мог не произвести в КГБ некоторых кадровых перестановок. По свидетельству генерала армии Филиппа Бобкова, проработавшего в органах безопасности 45 лет, положение дел в КГБ к моменту назначения Андропова было «сложным и напряженным… Оно определялось распрями между отдельными группами руководящих работников. Основную группу составляли бывшие партийные работники, пришедшие в органы госбезопасности в 1951 году после ареста Абакумова и занимавшие многие ключевые посты. Они считали себя по прошествии полутора десятков лет профессиональными чекистами и претендовали на ведущее положение. Им не по душе был приход новых людей, в основном из комсомола, дорогу которым на руководящие посты в разведку и контрразведку открыли Шелепин и Семичастный. "Старики" из числа партработников не хотели сдавать позиции… Трудно приходилось профессиональным работникам, хотя они несли в основном всю тяжесть оперативной работы. Как поведет дело новый Председатель? С приходом Андропова на первый план вышли бывшие партработники. Они старались войти в доверие к новому Председателю. Зарекомендовать себя его сторонниками»[78]. Явно по рекомендации Брежнева одним из заместителей Андропова назначен генерал Семен Цвигун, работавший ранее в органах МВД и КГБ в Молдавии и Азербайджане. Еще одним заместителем Андропова стал генерал Георгий Цинев, которого Брежнев знал еще в молодости в Днепропетровске. Управление кадров КГБ возглавил в 1967 году Виктор Чебриков из Днепропетровска, а одно из управлений контрразведки — Виталий Федорчук.

Одним из первых конкретных дел, которым должен был заняться Андропов, стало, конечно, дело Светланы Аллилуевой. Сбежав из посольской гостиницы в Дели и появившись поздно вечером 7 марта 1967 года в американском посольстве, С. Аллилуева была отправлена на самолете в Рим и провела затем шесть недель вдали от журналистов в монастырских кельях Швейцарии. С ней находились работники Государственного департамента, ЦРУ, известные советологи. 22 апреля она прибыла в аэропорт Джона Кеннеди в США, где ее встречала большая толпа журналистов и публики. Западная печать превратила бегство дочери Сталина из СССР в сенсацию. О ней писали как об «изящной жизнерадостной женщине сорока одного года, с рыжими вьющимися локонами, робкими голубыми глазами и привлекательной улыбкой, весь образ которой светился чувствами добра и искренности». Попытку некоторых газет напомнить, что она мать, бросившая двух детей, никто не поддержал. Рукопись ее книги «Двадцать писем к другу» уже находилась в США, над ее переводом работали лучшие переводчики издательства «Харпер энд Роу», одного из крупнейших в Америке. Договор предусматривал огромный тираж и большой гонорар. Ведущие издательства других стран торопились купить права на перевод и издание книги, о том же беспокоились и самые популярные западные журналы. Было объявлено, что книга Светланы Аллилуевой выйдет в свет сразу на нескольких языках в конце октября 1967 года, как раз к 50-й годовщине Октябрьской революции.

Андропов хотел в первую очередь познакомиться с текстом рукописи, о существовании которой ранее никто, казалось бы, не знал. Допросили всех знакомых, родственников и друзей Аллилуевой. По свидетельству Петра Шелеста, рукопись нашли уже в мае у одного из интимных друзей Светланы. Книга была интересной и хорошо написанной, но не содержала никаких сенсаций, а тем более разоблачений. Речь шла главным образом о семейных делах. Светлана пыталась как-то оправдать своего отца, представляя его жертвой происков Берии. Решение, принятое Андроповым, не лишено оригинальности. Поскольку издание книги Аллилуевой оказалось неизбежным, он решил перенести сенсацию на более ранний срок, чтобы не смешивать ее с юбилеем. В архивах собрали редкую коллекцию семейных фотографий Сталина, его друзей и родственников. Один из близких КГБ журналистов Виктор Луи вывез все эти материалы за границу и передал частному издательству «Флегон-Пресс» в Англии. Это издательство было создано в Британии неким Флегоном еще в середине 1960-х годов главным образом для разного рода «пиратских» изданий. Оно скрывало свой адрес и телефон, а также банковские счета. Все это являлось частью весьма специфического «черного рынка» советской и русской литературы, в котором могли участвовать и спецслужбы, причем и с той и с другой стороны. Русское издание «Двадцати писем к другу» подготовили очень быстро, и уже в начале августа 1967 года оно появилось в продаже. Многие западные газеты и журналы публиковали отрывки из книги или ее изложение, а большой немецкий журнал «Штерн» начал переводить и печатать всю книгу. Светлана Аллилуева негодовала, она потребовала судебного разбирательства и сумела к сентябрю остановить поток «пиратских» изданий. Однако КГБ достиг цели: обсуждение книги Аллилуевой началось за несколько месяцев до октябрьского юбилея и не поддавалось контролю. Многочисленные и в основном критические рецензии появились задолго до ее официального выхода в свет на нескольких языках, что снизило интерес к книге. Не получилось и громкой рекламы. Кроме того, С. Аллилуева уже не имела возможности существенно изменить первоначальный текст, страдающий серьезными недостатками. Издательства, с которыми заключили договор, заплатили автору предусмотренный гонорар в миллион долларов, но сами понесли убытки. Огромный тираж английского издания не удалось продать. Книга продавалась сначала по 10 долларов за экземпляр, потом — за 1 доллар. В конце тираж пошел в распродажу по 50 центов за книгу.

Еще в конце 1966 года крымские татары, высланные в 1945 году в Среднюю Азию, провели массовые митинги в Ташкенте, Чирчике, Самарканде и Фергане, отмечая 45-летие Крымской АССР. Митинги были разогнаны, а десятки людей арестованы. Сотни крымских татар приехали в Москву, они осаждали приемные высших советских и партийных организаций, пользуясь поддержкой всех диссидентских групп в столице. В квартире генерала Петра Григоренко постоянно ночевало 10–15 «гостей». Андропову поручили встретиться с представителями татар и разобраться в их проблемах и требованиях. На встречу в здание ЦК КПСС пришли 20 представителей крымско-татарского народа. Кроме Андропова здесь находились министр внутренних дел Н. Щелоков, секретарь Президиума Верховного Совета СССР М. Георгадзе и Генеральный прокурор Р. Руденко. На встрече, проходившей 21 июня 1967 года, крымские татары попросили уточнить, в каком качестве выступает здесь Андропов: как Председатель КГБ или как кандидат в члены Политбюро? «А разве это не все равно?» — спросил Андропов. «Нет, не все равно, — ответили делегаты. — Если вы здесь как представитель Политбюро, мы начинаем высказываться, если же как Председатель КГБ, мы покинем зал». «Конечно, — ответил Андропов, — я поставлен во главе комиссии как кандидат в члены Политбюро». Результатом встречи стал указ Президиума Верховного Совета СССР от 5 сентября 1967 года. С крымских татар снималось выдуманное Сталиным и его приспешниками обвинение в предательстве, якобы совершенном в годы Отечественной войны. Крымские татары реабилитировались, им возвращались гражданские права. Однако в указе имелась коварная фраза об «укорененности крымских татар в новых местах проживания», о них шла речь как о «татарах, ранее проживавших в Крыму». Татарская молодежь получила право учиться в вузах Москвы и Ленинграда, но семьи не могли приезжать и селиться в Крыму. Поэтому движение крымских татар за право возвращения на историческую родину и за национальную автономию продолжалось и даже усилилось. Прощаясь с делегацией, Андропов сказал, что они могут уведомить о состоявшейся беседе свой народ. Однако многотысячное собрание в Ташкенте — встреча с делегатами, принятыми в правительстве, — было разогнано.

Со сложными проблемами Ю. В. Андропов столкнулся и в сентябре 1967 года, когда в Москву в поисках защиты прибыла группа деятелей культуры из Абхазии. Обиды на притеснения в Абхазии копились давно, но чаша терпения переполнилась после небольшой «научной» работы, опубликованной в Тбилиси, автор которой пытался доказать, что абхазской национальности вообще не существует; абхазы — это грузины, принявшие когда-то мусульманство. Узнав о публикации, группа абхазских литераторов пришла в обком КПСС в Сухуми. Они требовали изъять из обращения указанную «научную» работу. Первый секретарь обкома, однако, не принял писателей. Через несколько дней в тот же обком вместе с литераторами пришло более двадцати стариков из абхазских сел. Но в обкоме отказались беседовать и со старейшинами, что, по обычаям гор, было недопустимо. Через неделю во всей республике все названия и вывески на грузинском языке были заменены на абхазские. При этом был замечен и арестован только один человек. Страсти накалились, но абхазские авторитеты призвали народ к спокойствию. Власти в Тбилиси и Сухуми были в растерянности. В Абхазии отозвали из отпусков всех работников КГБ, даже войска привели в состояние боевой готовности. Никаких отделов для решения национальных проблем в ЦК КПСС уже давно не имелось, и все дело шло по разделу «национализма», то есть через КГБ. Андропов потребовал от властей Грузии обходиться мирными средствами. Еще через несколько дней в Сухуми собрались на народный сход более двухсот представителей абхазского народа. Это не было нарушением закона, так как возможность народного схода в особых случаях предусматривалась конституцией Абхазии. Организаторы скупили все билеты на одно из представлений Сухумского драматического театра, но не разошлись после окончания спектакля. Сход продолжался без перерыва трое суток. Партийных руководителей Абхазии таким образом вынудили прийти и выслушать собравшихся в театре народных представителей. Требования сводились к следующему: восстановить в правах абхазский язык и письменность, принять меры к развитию промышленности в Абхазии, выдвигать абхазцев на высшие руководящие посты в республике, вернуть абхазским жителям те приморские земли, которые были изъяты в годы войны под предлогом размещения беженцев и на которых сейчас построены дачи тбилисских сановников. Наиболее радикальные участники выдвигали требование о переходе Абхазии из состава Грузинской ССР в состав РСФСР, но позднее оно было снято. Сход избрал пятерых полномочных представителей, поручив им снова отправиться в Москву. Абхазские власти дали гарантию безопасности этим избранникам. На Старой площади и на Лубянке проявили разумную уступчивость, так как многие абхазские требования являлись очевидно справедливыми. Прежних секретаря обкома и председателя Совета Министров Абхазии освободили от должностей и на их место рекомендовали абхазцев. Грузинские названия официально заменили абхазскими. В Тбилисском университете открыли отделения абхазского языка и литературы.