Еще 17 мая 1967 года в городе Фрунзе Киргизской ССР произошли крупные беспорядки, для подавления которых пришлось применять оружие. По справке республиканского управления КГБ, которая легла на стол уже не Семичастного, а Андропова, волнения происходили не на национальной почве, а стали результатом разного рода провокационных слухов о преступных действиях милиции. При наведении порядка один человек был убит, трое ранены и 18 человек арестованы. В любом случае эти события свидетельствовали о напряженной национальной и социальной ситуации в столице Киргизии. Не успела комиссия из Москвы подвести итоги проверки разного рода версий о событиях в городе Фрунзе, как в одной из областей Южного Казахстана в городе Чимкенте начались еще более крупные волнения. Несколько тысяч жителей этого города громили отделения милиции, блокируя другие административные здания. 13 июня в Чимкент ввели войска, которые применили оружие. По официальным данным, 7 человек были убиты, 50 ранены и 43 привлечены к уголовной ответственности. Причин для волнений в Чимкенте существовало немало, и они накапливались давно. По свидетельству Ф. Д. Бобкова, различного рода массовые беспорядки происходили и позднее в разных регионах страны почти каждый год, но Андропов не разрешал вызывать войска и применять оружие, хотя арестов после каждого из таких волнений производилось немало.

Большую работу пришлось проделать Ю. Андропову и особенно Первому главному управлению КГБ и Главному управлению пограничных войск в связи с кризисом в советско-китайских отношениях и так называемой «шестидневной войной» на Ближнем Востоке.

Проблемы советско-китайских отношений находились в центре внимания Андропова еще как заведующего отделом и секретаря ЦК КПСС. Однако теперь ему приходилось искать аргументы не только в идеологических дискуссиях. Уже в мае и июне 1967 года пограничная служба фиксировала до десяти нарушений советско-китайской границы ежедневно. К концу года эти нарушения исчислялись тысячами. Некоторые из инцидентов оказались настолько значительными, что стали предметом специальных представлений по линии Министерства иностранных дел СССР. Специальная группа КГБ охраняла советское посольство в Пекине, которое находилось в осаде еще с января 1967 года. Продукты питания доставлялись советским дипломатам машинами других посольств. 17 августа 1967 года толпа хунвейбинов ворвалась на территорию посольства, устроив погром в некоторых его помещениях. Были сожжены автомашины и сторожевая будка. Китайская наружная охрана не мешала хунвейбинам. Внутренняя советская охрана и специальные службы посольства получили приказ не применять оружие.

На Ближнем Востоке существовали другие проблемы, но не менее сложные. Еще в мае 1967 года обстановка здесь обострилась до предела. Хорошо вооруженные войска ОАР (Египет), Сирии и Иордании были придвинуты к границам Израиля. Здесь же находились и вооруженные формирования палестинцев. ОАР и ее президент Г. А. Насер являлись в 1960-е годы самыми близкими союзниками СССР в регионе. Египетская армия вооружалась советским оружием, в ней работали сотни советских военных специалистов. Немалую военную и экономическую помощь СССР оказывал и Сирии. Советская военная разведка и внешняя разведка КГБ внимательно следили за развитием ситуации. По данным западной печати, к 5 июня 1967 года только ОАР сосредоточила в районе Газы и на Синае 8 дивизий по штатам военного времени. К границам Израиля подошли более 900 египетских танков и около 300 танков со стороны Сирии и Иордании. Арабская сторона имела двукратное превосходство в численности сухопутных сил и трехкратное в авиации. Многие из арабских лидеров, включая Насера, делали заявления о том, что пришло время уничтожить государство Израиль. В Каире почти непрерывно происходили демонстрации под лозунгами: «Мы хотим войны!» Лидер палестинцев Шукейри заявил в конце мая на специальной пресс-конференции, что государство Израиль будет уничтожено, а все евреи, приехавшие в Палестину, выселены в те страны, из которых они приехали. Останутся только те, кто жил здесь до 1947 года, если они «уцелеют в войне». Насер потребовал в начале июня от ООН вывести подразделения этой организации с линии перемирия, которую они занимали после войны 1956 года. Он объявил также о блокаде Акабского залива для всех судов, идущих из Израиля и в Израиль. Конфликт на Ближнем Востоке затрагивал интересы очень многих стран. Западный блок почти безоговорочно поддерживал Израиль, социал-демократические партии заявляли о поддержке демократических сил на Ближнем Востоке в их борьбе против всех видов «феодализма и диктатуры». Советский Союз поддерживал Египет и Сирию. Некоторые из аналитиков писали позднее, что, «балансируя на грани войны», Г. Насер не хотел самой войны, рассчитывая демонстрацией военного превосходства и политическим давлением добиться целей. Не согласовывались с Советским Союзом такие действия Насера, как изгнание войск ООН из района противостояния и закрытие Тиранского пролива. Советская разведка получила убедительные данные о возможности превентивного удара Израиля и передала эти сведения Насеру. Он выехал в расположение египетских частей и предупредил высших офицеров своей армии, что нападение Израиля на арабские войска ожидается в течение ближайших 24–48 часов. Он получил заверения о полной боевой готовности всех родов войск, и особенно ВВС. Однако дальнейшие события стали для многих шоком и не имели, казалось бы, рационального объяснения. Израильская армия нанесла удар по арабским войскам в 6 часов утра 5 июня, когда верующие мусульмане совершают намаз, особую молитву на коврике и без обуви. Хотя советские военные советники предложили египетскому командованию поднять самолеты в воздух заблаговременно, никто не последовал этому совету. Командующий авиацией на Синае Сидхи Махмуд в ночь на 5 июня устроил большой банкет в честь помолвки дочери, собрав в свои шатры почти всех офицеров. Большинство летчиков были 4 июня отпущены домой на 24 часа. Уставший маршал Махмуд лег спать под утро и приказал не будить его до 10 часов утра. Последствия для арабов были ужасны. Почти вся египетская авиация была уничтожена в первые часы войны. Одновременно уничтожили сотни танков. Деморализованные дивизии начали отступать к Суэцкому каналу. Разгрому подверглись также сирийская и иорданская армии. Весь Иерусалим, Газа, Голанские высоты, Западный берег Иордана были заняты израильтянами. Совет Безопасности уже 6 июня предложил прекратить огонь, но Насер, не владея ситуацией, отказался. «О прекращении огня, — заявил он, — не может быть и речи». 7 июня Совет Безопасности повторил предложение. Его приняла Иордания, но Насер заявил, что «война с Израилем только начинается». Лишь днем 9 июня, когда на Синае завершилось окружение разбитой египетской армии, а израильские танки вышли к Суэцкому каналу, Насер сдался и направил телеграмму в ООН о своем согласии на прекращение огня. Еще через два дня он заявил об отставке с поста президента ОАР.

Брежнев, Косыгин и Подгорный в течение трех дней не покидали Кремль даже ночью. Андропов большую часть времени находился в штаб-квартире советской разведки. Поражение было очевидным, и его удалось немного смягчить, убедив Насера не оставлять свой пост и наладив новые массовые поставки оружия для разбитой египетской армии. По быстро организованному «воздушному мосту» на Ближний Восток прибывали не только военные советники, но и десятки советских летчиков и даже танкистов. В Москве началась работа по пересмотру многих аспектов советской политики на Ближнем Востоке, но отнюдь не по сокращению наших обязательств. Экономическая, финансовая и военная помощь Египту со стороны СССР увеличивалась и вскоре превзошла советскую помощь всем странам Восточной Европы вместе взятым. Расширилась помощь Египту и Сирии со стороны ГДР, Чехословакии, Венгрии и Болгарии. Это позволило Каиру и Дамаску начать подготовку к новой войне против Израиля, которая вспыхнула, как известно, в октябре 1973 года и проходила уже по другому сценарию.