Морильо действовал столь же вероломно. Шесть руководителей обороны города, в их числе генерал Кастильо, поверившие в его обещание даровать им жизнь и сложившие оружие, были повешены. Всех этих жестокостей показалось мало для Морильо. Он восстановил в Картахене трибунал инквизиции, который продолжал расправы над беззащитным населением.

Новая победа испанцев произвела удручающее впечатление на новогранадские власти. Они обратились к Морильо с повинной, обещая пребывать впредь вернейшими вассалами короля Фердинанда VII. Правительство Новой Гранады фактически распалось.

Морильо, не встречая сопротивления, вошел в Боготу. Вскоре остатки новогранадской армии были им настигнуты и окружены к западу от города. Испанцы предложили патриотам сдаться, обещая сохранить им жизнь и военные звания. В ответ новогранадцы бросались в атаку с возгласами: «Да здравствует война насмерть!» Так погибли последние защитники Новой Гранады.

Через четыре месяца после прибытия в Южную Америку Морильо не без удовлетворения докладывал Фердинанду VII, что восставшие области усмирены и находятся под полным его контролем. Хунта секвестров конфисковала свыше 300 поместий стоимостью в 15 миллионов песо. Так поплатились креольские аристократы за свое вольнодумство. Испанский король был в восторге от действий Морильо и поспешил наградить его титулом графа Картахены.

Но не успели сведения о королевской милости дойти до Боготы, как стало очевидно, в том числе и для самого новоиспеченного графа Картахены, что торжествовать победу было еще рано. Поверженный враг то тут, то там вновь стал поднимать голову. В провинциях Новой Гранады стихийно возникали партизанские отряды, руководимые людьми из народа. Они были неуловимы, неожиданно наносили удары и исчезали, точно привидения.

Пока Морильо добрался до Боготы, ряды его войска в значительной мере поредели. По пути, идя навстречу просьбам местных церковников и других сторонников испанского господства, он был вынужден оставлять отряды для их охраны и в результате распылил свои силы на огромном расстоянии между Каракасом и Боготой. Это побудило венесуэльцев и новогранадцев вновь взяться за оружие, они надеялись сначала изолировать, а потом и ликвидировать испанские гарнизоны в отдельных населенных пунктах.

Восстали и жители острова Маргарита во главе с Арисменди. Большая часть острова вновь оказалась в их руках. Изменились настроения и в льяносах, где начали возникать антииспанские отряды. Льянеро, видя, что Морильо заигрывает с богатыми креолами, теперь нападали на своих бывших союзников.

В Венесуэле действовали партизанские отряды под руководством полковников Педро Сарасы, Хосе Тадео Монагаса, Мануэля Седеньо, негра Рохаса, индейца Хосе Мигеля Гуанагуаная. Партизаны были вооружены самодельными копьями, наконечниками которым служили иглы ядовитого кактуса пириту. Пользуясь поддержкой местного населения, они были неуловимы. Истребляя небольшие испанские гарнизоны, патрули и дозоры, партизаны незаметно подтачивали силы карателей. Испанцы не располагали резервами, в то время как ряды народных мстителей непрерывно пополнялись новыми волонтерами, многие из которых сложили свою голову в борьбе за независимость.

В числе погибших был и индеец Гуанагуанай. Испанцам удалось близ Барселоны захватить нескольких его бойцов. Им обещали сохранить жизнь, если Гуанагуанай сдастся. Индейский дождь, надеясь спасти своих товарищей, сложил оружие, но испанцы убили его вместе с другими пленными.

Сведения о дерзких партизанских действиях в Венесуэле обеспокоили Морильо. Он прекрасно знал по опыту борьбы с Наполеоном, как трудно воевать с восставшим народом, с партизанскими отрядами. Граф Картахены понял, что его ждет длительная и беспощадная война. Он писал испанскому правительству:

«Когда экспедиция под моим командованием появилась у берегов Венесуэлы, все преклонили перед нею колени, за исключением льянеро. Несомненно, что судьба вице-королевства Новой Гранады решит судьбу Венесуэлы, но только если экспедиция получит новое подкрепление. Венесуэла находится в состоянии всеобщего восстания. У меня мало сил, и я смогу только в течение недолгого времени сдерживать повстанцев». Необходимо, предлагал Морильо, установить военную диктатуру — «деспотическую, тираническую, разрушительную». «Других средств нет. Пусть королевский двор откажется от иллюзий: или мы будем рубить головы нашим врагам, или они нас уничтожат. Мы не должны оказывать снисхождения негодяям».

Это были рассуждения обреченного, хотя на счету у Морильо числились пока одни лишь победы. Тюрьмы Боготы не вмещали всех арестованных патриотов. Испанцы заточали своих противников в монастыри. Военный трибунал чинил суд и расправу над патриотами. По его приговору Кампло Торрес — президент Новогранадской республики, Мануэль Родригес Торрисес — диктатор Картахены, эквадорский генерал Монтуфар были расстреляны в спину, их трупы повешены, потом четвертованы и в таком виде выставлены на поругание. С особой жестокостью расправлялись колонизаторы с представителями креольской интеллигенции, с «грамотеями» — студентами, учеными, которых считали главными виновниками провозглашения независимости. Всякий, кто умел читать и писать, рассматривался испанцами как потенциальный повстанец, ему угрожали арест и смертная казнь.

Испанцы казнили известного астронома и ботаника Франсиско Хосо де Кальдаса, сотрудника Гумбольдта и Бонплана. Когда у Морильо попросили даровать ученому жизнь или хотя бы разрешить Кальдасу привести в порядок его ценнейшую ботаническую коллекцию, граф Картахены изрек: «Испания не нуждается в мудрецах». Спокойно взошел Кальдас на эшафот и перед казнью воскликнул: «Да здравствует родина!»

Все напечатанные патриотами книги, журналы, газеты предавались огню. Политическим деятелям, ученым, старикам и подросткам, женщинам, цветным и белым, креолам и испанцам — участникам патриотического движения, их родственникам, друзьям и случайным знакомым — всем им угрожали виселица, расстрел, топор палача или смерть от палочных ударов.

Цвет гранадского общества погиб на плахе. С гордостью докладывал Морильо Фердинанду: «Я очистил вице-королевство Новой Гранады от докторов, которые всегда являются зачинщиками смуты». Взамен он просил прислать испанских священников и теологов, ибо «дело покорения и усмирения должно проводиться теми же самыми методами, что и в начале конкисты». Инквизиция и военный трибунал — такова была программа усмирения, предложенная наместником испанского короля, о котором говорили, что у него сердце тигра, а голова мула.

Имущество арестованных подвергалось конфискации. «Патриоты должны быть лишены не только жизни, но и собственности», — поучал своих приближенных Морильо.

Пролив потоки крови в Новой Гранаде, Морильо во главе четырехтысячного отряда испанцев решил возвратиться в Венесуэлу для подавления быстро развивавшегося там партизанского движения. Переход через Кордильеры и льяносы убедил его в том, что судьба Испанской империи зависела от настроений льянеро: без их содействия было невозможно ни утолить голод в пути, ни найти дорогу сквозь тропические дебри, ни обнаружить брода в реках. Морильо понимал: чтобы удержать льянеро на стороне Испании, следовало дать им нечто более конкретное, чем обещания, которыми кормил их в свое время Монтеверде. Однако граф Картахены не имел ни полномочий, ни желания делить свою власть с полудикими жителями венесуэльских степей.

В Боготе в качестве наместника Морильо остался генерал Самано, считавший, что самое полезное для бога и короля дело — убивать патриотов. Его первым распоряжением было — соорудить постоянную виселицу на главной площади и устроить четыре лобных места в центральном парке города.

Одной из жертв Самано стала патриотка Поликарпа Салаварпета, двадцатипятилетняя голубоглазая светловолосая красавица с нежным сердцем и мужественной душой. Ее первой страстью была родина и независимость, а второй — Алехо Сабараин, молодой офицер республиканских войск. Мобилизованный простым солдатом в армию испанцев, Сабараин по совету своей невесты готовил восстание, но, будучи предан, бежал вместе с нею. По дороге их схватили и приговорили к смерти. Поликарпа громким голосом подбадривала патриотов, ожидавших казни. Ее убили выстрелом в спину вместе с ее любимым 11 ноября 1817 года. Новогранадцы сложили в честь Поликарпы песню, ставшую военным гимном патриотов Южной Америки.