В своей борьбе с Польшей прусский герцог Альбрехт хотел опереться на лютеранских государей Германии. Поэтому он не только не боролся с протестантизмом, но, напротив, в 1523 году сделал его официальным исповеданием. Пользуясь установленным на четыре года перемирием между Польшей и Пруссией, он готовился усиленно к войне, чтобы выйти из всякого подчинения польской короне. Эту войну он не решился, правда, начать, но перспективы ее должны были учитывать руководители Вармийского капитула. Снова Вармия могла быть ареной столкновения сильных противников — католической Польши и лютеранской Пруссии.

Усвоенная капитулом политика выжидания определяла и позиции его по отношению к лютеранской ереси: это тоже была политика выжидания.

Епископ Фабиан не приказывал преследовать еретиков, но полемизировал с их проповедниками. Он даже заявил в одной из бесед со своими подчиненными: «Лютер — человек ученый и свои мнения выражает в письменной форме; пусть сразится с ним тот, у кого на это хватит смелости». Епископ Дантиск, с последующей деятельностью которого мы еще встретимся, специально заехал по пути из Испании в Пруссию к Лютеру в Виттенберг, чтобы с ним побеседовать. Рассказывая об этих беседах, он называл Лютера «человеком остроумным, ученым и обладающим Красноречием». Тидеман Гизе состоял в переписке с Меланхтоном, одним из сподвижников Лютера. Таким образом, отношение епархии к реформациончому движению было если не вполне благожелательное, то довольно терпимое, и учение Лютера быстро стало распространяться в Вармии. Очень многие горожане стали ревностными последователями Лютера; о особенности это наблюдалось в тех городах, которые были заняты орденскими войсками.

Коперник, около полугода заведуя епархией после смерти епископа Фабиана, фактически выполнял обязанности епископа и продолжал политику Фабиана; никаким преследованиям лютеране при нем не подвергались. И в то время, как польский король Сигизмунд, еще летом 1520 года, запретил под угрозой большого штрафа ввоз и распространение сочинений Лютера, Коперник, в качестве заведующего епархией, ровно ничего не сделал для пресечения распространения новой ереси.

Каковы были личные взгляды Коперника в вопросах, бывших предметом богословских споров, нам не известно. Однако, косвенно можно судить об этом по книге Тидемана Гизе, близкого друга Николая Коперника. Как раз в это время Гизе написал против лютеран целое полемическое сочинение. В нем Гизе возражает против догматической и обрядовой стороны лютеранства, но не отрицает того, что нравы католического духовенства заслуживают самого строгого порицания и нуждаются действительно в исправлении. Он говорит, что в церковные обряды католической церкви вошло много суеверий, а в церковном управлении имеется много злоупотреблений и различных недостатков. Но, — заявляет он, — ради исправления дурного не нужно ломать всего, веками установленного, церковного строя. Коперник одобрил указанное сочинение Гизе, советовал последнему всячески его распространять и настаивал на его напечатании.

Таким образом, и отношение Коперника к лютеранскому движению, и его позиция в богословских вопросах, связанных с борьбой, разыгрывавшейся на исторической арене, носят явный характер компромисса.

Коперник недолго находился во главе епархии. Его сменил епископ Маврикий Фербер. Чем более выяснялось, что силы прусского герцога уступают силам Польши, тем более определялись позиции капитула в религиозной распре. Новый епископ выступил как ревностный защитник католицизма.

Тотчас же по утверждении его в епископском сане он издал строгий приказ всему епархиальному, подчиненному ему духовенству, чтобы никаких новшеств в церковных обрядах оно не допускало и чтобы всякие церковные требы совершались, как прежде. Учение Лютера новый епископ не разрешал распространять ни частным образом, ни публично; в противном случае он грозил всем ослушникам, еретикам-лютеранам и их покровителям, изгнанием, анафемой и прочими карами.

Когда во главе епархии стал епископ Маврикий Фербер, Коперник стал принимать все меньшее и меньшее участие в делах управления епархией, тем более, что бурные времена для Вармии миновали.

Торнское перемирие, заключенное на четыре года, заканчивалось в 1525 году.

Альбрехт, напрасно старавшийся найти себе новых союзников и покровителей, следуя совету Лютера, решил уничтожить орденский устав и свои владения превратить в светское государство. Польский король согласился на этот проект, и по краковскому договору, заключенному с Польшей в 1524 году, Альбрехт сложил с себя звание гохмейстера и бывшие орденские владения принял в лен от короля польского как «светское» герцогство.

Отойдя от «большой политики», Коперник, однако, не переставал интересоваться и заниматься близкими ему вопросами и не раз выступал на сеймах докладчиком по тому вопросу, по которому его считали большим специалистом: по урегулированию монетного обращения. Например, на сейме 7 мая 1528 года, состоявшемся в Мариенбурге, Коперник был командирован с исключительной целью выступить и дать указания именно по вопросам монетного обращения, как это видно из письма епископа Маврикия Фербера от 7 апреля того же года, посланного из замка Гейльсберга.

Равным образом Коперник был делегирован (тоже по просьбе епископа Маврикия) капитулом на сейм в Мариенбурге, состоявшийся в октябре месяце того же года. Затем Коперник был на сейме в Эльбинге в 1530 году; там же обсуждались вопросы, связанные с урегулированием монетного обращения в новом прусском герцогстве и других местах. В 1524, 1526 и 1531 годах Коперник занимал должность «нунция капитула», т. е. был чем-то вроде ревизора, и ездил не один раз в замок Алленштейн и в Мельзак для ревизии различных хозяйственных и административных дел. Он также устанавливал (и неоднократно) таксу на хлеб, — тоже в связи с неупорядоченным и хаотическим состоянием монетного обращения. Однако, административные дела всякого рода перестали интересовать Коперника: он стал сам отходить от них, не добиваясь для себя никакого служебного повышения. Надо еще сказать, что в 20-х и 30-х годах Коперник использовал свои медицинские познания, начал врачебную практику и приобрел славу знаменитого доктора. Между прочим, он лечил своего друга Тидемана Гизе, епископа Маврикия, даже герцога Альбрехта; и все эти пациенты великого астронома давали хорошие отзывы о его врачебном искусстве и внимательном отношении к больным. Нам известно в настоящее время достаточно хорошо, какие медицинские книги имелись у Коперника. Главным его руководством и справочником была знаменитая в его время книга Валеска Тарентского: «Медицинская практика»; у Коперника имелось издание 1490 года. (Эта книга, пользовавшаяся очень большой известностью, переиздавалась несколько раз). Книга Валеска имеет на полях своих много заметок, что показывает, насколько часто прибегал Коперник к этому произведению. Далее, среди медицинских книг, принадлежавших Копернику, были: «Хирургия» магистра Петра де Ларгелата; медицинский словарь Матвея Сильватика (врача, скончавшегося в 1340 году) под заглавием «Свод рецептов», издания 1498 года; «Сад здоровья» — весьма популярная в XV и XVI столетиях книга медицинского содержания; «Роза медицины» Иоанна Английского (издания 1492 года) и др. Все эти книги были написаны «ученой латынью» средневековья, авторы всех их были приверженцами арабской школы Авиценны, которая в то время главенствовала во всех университетах Европы. Эта школа ввела множество новых лекарств, причем рецепты тогдашних врачей отличались крайней сложностью.

Коперник в этом отношении не отставал от современных ему медиков. На полях его медицинских книг записаны, между прочим, рецепты «чудесных» по своему действию пилюль алхимика и врача Арнольда из Виллановы (умер в 1310 году), которые назывались иначе «императорскими» пилюлями и должны были исцелять от всех болезней. В эти пилюли входило шестнадцать ингредиентов, а именно: гвоздика, анис, кардамон, корица, смола, манна, шафран, сок алоэ и т. д.