Лишь одна опасность беспокоила штурмана судна Мигеля Бенитеса — возможность появления на горизонте пиратов. Однако испанские лазутчики заранее известили его о том, что вражеских кораблей не замечено поблизости.

В 11 часов вечера 26 октября 1654 года в сумерках пассажиры услышали гул прибоя. В темноте корабль с огромной силой ударился о неизвестный риф в бухте Чандуй, недалеко от Гуаякиля. После трёх ударов о камни судно лишилось руля, а в появившиеся пробоины хлынула морская вода. Чтобы отсрочить гибель судна де Coca приказал запустить помпы. Однако повреждения корпуса были слишком велики. Фатальной оказалась жадность испанских коммерсантов. Галеон был настолько перегружен тюками с товарами, которые буквально загромождали каждый уголок судна, включая палубу, что сложно было даже спустить якорь, не говоря уже о том, что из-за этого судно всё быстрее погружалось. Альмиранта, оказавшись в окружении подводных камней, смогла благополучно выбраться из ловушки, с минимальными повреждениями, но помочь флагману была не в силах.

Поскольку помпы не справлялись с напором воды, все мужчины, находившиеся на борту, взяв в руки ведра, фляги и черпаки, стали выкачивать воду. Целый день шла борьба за жизнь корабля, но, несмотря на все усилия, вода поднялась в трюме на восемь футов.

Утро 27 октября люди, находившиеся на борту, встретили с полным опустошением. Все были крайне истощены и находились в состоянии паники. Пытаясь спастись, по крайней мере, двадцать человек бросились в воду, набив карманы золотом. Все они погибли. Единственная возможность спастись тем, кто оставался на борту — постараться достичь берега и выбросить «Консепсьон» на прибрежные отмели.

Подняв парус на бушприте, де Coca сумел с большим трудом выйти из скальной ловушки. Галеон, пройдя небольшое расстояние, затонул приблизительно в миле от берега.

Высадившись на берег, капитан тут же начал организацию спасательной экспедиции. Пока обломки судна совсем не скрылись под водой, испанские власти направили индейцев-ныряльщиков к месту крушения. Работы продолжались с небольшими перерывами с 1655 по 1661 год. К концу первого года на берег было перевезено 390 крупных серебряных слитков, 975 сундуков, набитых товарами, 160 сундуков с пиастрами и 28 сундуков с серебряными изделиями. Всего было спасено 1,5 миллиона песо из трёх миллионов, официально находившихся на борту. Удалось даже поднять 4 из 44 бронзовых орудий, не считая других менее тяжеловесных вещей и товаров.

В момент пика работ на затонувшем судне работали 52 ныряльщика, причём только один из них погиб, укушенный морской змеёй. В дальнейшем удалось поднять с галеона ещё 2 миллиона песо, при этом значительная часть ценностей так и осталась на судне. Когда размеры поднятых со дна сокровищ превысили размеры официально зарегистрированного груза, разразился скандал. В результате проведённого расследования, были выявлены грубейшие нарушения со стороны испанских чиновников. Оказалось, что на судно загрузили гораздо больше ценностей, чем это было объявлено в судовом манифесте, около 10 миллионов песо вместо трёх. Таких огромных размеров контрабанда ценностей ещё не знала за всю историю испанской торговли.

Суд, проведённый по результатам подъёмных работ, отправил в тюрьму несколько высокопоставленных должностных лиц ответственных за отправку золота и серебра из колоний. Согласно отчёту прокурора Эквадора за 1656 год, «Капитана» затонула окончательно «в четырёх с половиной морских саженях от маленькой бухты в форме лошадиной подковы», неподалёку от мыса Санта Елена.

Однако история поднятых ценностей на этом не закончилась. Судьба сыграла злую шутку с сокровищами «Капитаны». Спасённые ценности были перевезены на Кубу, где были загружены на борт другого галеона — «Нуэстра Сеньора де ла Маравильяс», который затонул 4 января 1656 года и также стал объектом спасательной операции.

Спасательное судно, посланное к «Нуэстра Сеньора де ла Маравильяс», чтобы перевезти сокровища обратно на Кубу, также затонуло.

Оставшиеся на борту «Иисус Мария де ла Лимпия Консепсьон» ценности стали настоящей Меккой для подводных кладоискателей в наши дни. Попытки обнаружить место крушения безуспешно предпринимались в 1972—1973 и 1986—1992 годах, но только в 1996 году Герман Моро и его команда смогли локализовать местонахождение «Ла Капитаны». Со дна были извлечены различные артефакты, относящиеся к периоду 1648—1654 годов, включая редчайшую золотую монету, отчеканенную в 1652 году в Севилье, единственную в своём роде, а потому бесценную.

В настоящее время на судне периодически проводятся подводные изыскания.

Ночью 4 января 1656 года 22 испанских корабля проходили опасные мели Флоридского пролива. Все эти корабли входили в состав Флота Материка под командованием маркиза Монтеалегре. Внезапно, тишину моря нарушил пушечный выстрел — это был условный сигнал об опасности. Альмиранта флота «Нуэстра Сеньора де лас Маравильяс», замыкавшая строй флота, оказалась на рифах.

Выяснилось, что в темноте кормчий не заметил опасных мелей и рифов и вывел прекрасный галеон прямо навстречу опасности. Получив сильнейший удар в днище, судно раскололось. Две половины начали медленно тонуть, дрейфуя по воле течения и рассыпая по дну свой драгоценный груз золота и серебра, пока обе не скрылись под водой.

Вскоре испанцы организовали спасательную экспедицию на место гибели. Им удалось поднять со дна несколько тонн серебра и 40 фунтов золота — всё, что они смогли найти на носовой части галеона, затонувшей на относительном мелководье. Основная же часть, оставшаяся на корме, пропала, как казалось, навсегда.

Сокровища «Маравильяс» числились пропавшими в течение почти трёх веков. Периодически рыбаки вылавливали несколько серебряных монет, покрытых кораллами. Однако все попытки найти сокровища неизменно заканчивались неудачей, поскольку пески засыпали остатки галеона, надёжно храня его от непрошеных гостей.

В 1960-е годы история «Маравильяс» заинтересовала молодого подводного исследователя Роберта Маркса. Проведя расследование в морском архиве в Севилье, он сумел найти документы, открывшие ему приблизительный район гибели галеона. К тому времени у него уже имелся богатый опыт подводных археологических работ практически на всех морях и океанах и его не пугали сложности.

В 1968 году он вместе с Кипом Вагнером организовал совместное предприятие и искал испанские корабли, затонувшие в 1715 году у берегов Флориды, не забывая при этом и о «Маравильяс». В 1972 году, получив поддержку от финансистов Уолл-стрит, он на судне «Грифон» отправился на поиски. После четырёх месяцев долгой и безрезультатной работы удача улыбнулась ему, подарив груду балласта, который явно принадлежал испанскому кораблю XVII века. Дальнейшие изыскания принесли исследователям серебряную монету, датированную 1655 годом, которая подтвердила правильность направления поисков. Следующие шесть недель Маркс и его исследователи доставали со дна серебряные слитки, монеты, драгоценные камни и различные предметы, общая стоимость которых составила, приблизительно 15—20 миллионов долларов.

Вскоре ныряльщики обнаружили и кормовую часть галеона. Она располагалась в трёх милях от носовой. Её местоположение указал якорь, найденный на морском дне. Однако не успел Маркс начать работы на новом месте, как багамские правительственные чиновники пригрозили наложить арест на всё поднятое имущество. Исследователям пришлось срочно сворачивать работы. Сокровища «Маравильяс» снова стали легендой.

Очередную попытку достать сокровища предпринял в 1986 году Герберт Хэмфри-младший. Вооружившись современными приборами, он исследовал 161 квадратную милю океанской поверхности и побережья. Он установил местоположение кормы корабля и извлёк на поверхность изумруды, китайский фарфор династии Минь, оружие, драгоценные украшения, золотые и серебряные слитки и монеты.