Поскольку на лояльность команды полагаться было невозможно, а в Карибском море и у берегов Европы хозяйничали пираты, капитаны галеонов для охраны ценного груза брали на борт отряд солдат. Эта мера должна была обеспечивать безопасность судна в течение всего плавания. Но, как показывала морская практика, даже самый сильный отряд на борту галеона был беспомощен против пиратских нападений, особенно учитывая, что матросы не проявляли энтузиазма при защите своего судна, зная о возможных последствиях. Более того, при необходимости матросы с галеонов пополняли пиратские экипажи, с лёгкостью меняя жизнь в подчинении на пиратскую вольницу.

С того момента, как человек поднимался на борт галеона, начинались его испытание на прочность, смелость и выносливость.

Жизнь на борту была чрезвычайно тяжёлой. Больше сотни людей, на ограниченном пространстве в 40 метров длиной и 12—14 метров шириной, толпились и мешали команде при работе на палубе. Только в случае непогоды пассажиры перебирались вниз. Случалось, что пассажирам в течение всего рейса не удавалось подняться наверх, и они оставались в зловонии корабельного трюма без нормального освещения и воздуха.

Плавание продолжалось несколько месяцев. Те, кто уже имел опыт пересечения океана, знали, что продовольствие и питьевая вода — это самая большая ценность на хрупком судне среди океана. Никаких продовольственных припасов для нелегальных пассажиров не предусматривалось, поэтому очень скоро из-за этого вспыхивали ссоры, которые могли перерасти в мятеж. Любой матрос или пассажир чётко знал, что главное — зорко следить за своими вещами и припасами, поскольку кралей и азартные игры были излюбленным занятием на борту судна во время перехода. Самой же большой напастью были различные паразиты — клопы, вши, черви, тараканы, долгоносики и крысы.

Жизнь под палубой требовала и от матросов и от пассажиров большого терпения. Любой деревянный корабль пропускал воду, особенно в период непогоды. Команде каждый день приходилось откачивать её, и, тем не менее, в глубине трюма она продолжала скапливаться, что приводило и к гниению, и к отвратительному зловонию. Не меньший смрад источали разогревавшиеся на солнце пропитанные смолой и дёгтем палубы и борта корабля.

Немало хлопот доставляли и крысы, которые были постоянными «пассажирами» любого судна тех лет. Эти создания, идеально приспособившиеся к жизни в трюмах, поглощали запасы провизии и воды, служили возбудителями болезней. Даже массовые облавы на крыс не позволяли полностью избавиться от этой напасти.

Более или менее сносное существование могли себе позволить лишь привилегированные слои общества, располагавшиеся на корме судна. Именно здесь располагались каюты капитана и офицеров судна, а также наиболее именитых пассажиров из числа аристократии и священнослужителей. Остальная часть команды, менее значимые пассажиры и солдаты вынуждены были довольствоваться помещениями на носу судна или просто в трюме и на палубе.

Вне зависимости от того, где располагались люди на корме или на носу судна, их одинаково преследовали всевозможные испытания: болезни, грязь, полная антисанитария, невозможность уединиться. Для всех пассажиров был единственный гальюн (на одно очко), вынесенный на передний край судна.

Пассажиры, солдаты и моряки спали на палубе вперемешку, прямо на досках, ничем не защищенные от непогоды. В большинстве случаев люди не переодевались и не мылись в течение всего плавания, что не могло не сказаться на их внешнем облике.

Обычный день во время океанского перехода начинался с коллективной молитвы, где все места были расписаны в соответствии с положением человека в обществе. Дальнейшее времяпрепровождение зависело от материального положения человека. Самым обычным развлечением, несмотря на всю его греховность, были кости и петушиные бои. При этом зрители бились об заклад и делали самые невероятные ставки.

Большой проблемой для капитана судна были женщины на борту. По правилам, их требовалось изолировать от команды и пассажиров, но долгое путешествие приводило к тому, что главными нарушителями этого правила были сами офицеры судна, которые устраивали настоящие оргии. Нередко они заканчивались трагедиями.

Но опасение умереть на дуэли было не самым страшным. В условиях тропической жары запасы провианта, принимавшегося на борт, очень быстро портились, вода протухала в деревянных бочках. Абсолютная антисанитария, отсутствие свежих продуктов и скученность людей усугубляли дело. Это немедленно вызывало различные болезни, начиная от цинги и дизентерии и заканчивая оспой и чумой. Неудивительно, что из эскадры испанского адмирала Пизарро, отправившейся в Америку в 1740 году в составе пяти линейных кораблей, назад вернулось только одно судно с командой в 100 человек; 2500 моряков стали жертвами болезней, голода и кораблекрушений.

Случалось, что все находившиеся на борту успевали погибнуть от эпидемии ранее, чем судно достигало Европы, и тогда эти призрачные корабли, с разлагающимися трупами на борту, блуждали в океане, вызывая суеверный ужас, пока не тонули, изъеденные червями.

Те из пассажиров, кто умирал в пути, немедленно хоронились прямо в море, после соответствующего обряда, и его место тут же занимали те, кто ещё был жив.

 Говоря об испанских галеонах, нельзя не упомянуть о такой важной части этой истории, как пиратство, которое являлось одной из самых больших опасностей для испанского мореплавания в XVI—XVIII веках.

Нападения на испанские корабли и поселения в это время стали обычным делом. Местные ополчения, собиравшиеся в случае появления пиратов, не могли им противостоять, что ещё больше поощряло морских разбойников на новые рейды. Слухи о немыслимых богатствах, доставляемых морем, подстегнули бурное развитие пиратского промысла. Уже Колумб, возвращаясь из своего третьего плавания, был вынужден укрыться на Мадейре, завидев на горизонте французское судно. Достоверно известно, что в 1522 году корсары французского адмирала Жана Анго захватили на траверзе мыса Сан-Винсент три каравеллы, шедшие из Америки в Севилью.

На следующий год капитан Жан Флери, имевший под своим началом девять кораблей из эскадры Анго, взял в плен ещё три каравеллы. Кроме экзотических животных, которых везли в подарок к испанскому двору, французам достались огромные сокровища из хранилищ правителя ацтеков Монтесумы. Среди золотых и серебряных блюд корсары получили огромной величины изумруд в форме пирамиды, основание которого было величиной с ладонь. Во многом, именно это заставило испанского короля издать указ о пересечении океана только в составе торговых конвоев, под охраной военных кораблей.

Не удовольствовавшись только нападениями на испанские корабли, пираты уже в XVI веке стали нападать на колониальные города. В июле 1555 года французский пират Жак Сор захватил Гавану, а через два месяца то же сделал другой пират — Гийом Мерми. Следующей жертвой стал Сантьяго, который подвергся разграблению в 1558 году.

В 1573 году Френсис Дрейк перехватил на Панамском перешейке караван и захватил 80 тысяч песо. Эта авантюра только подогрела его стремление к наживе, поэтому он задумал нанести удар там, где испанцы менее всего ожидали — со стороны Тихого океана.

В 1577 году он собрал эскадру из пяти кораблей, и, хотя после свирепого шторма в его распоряжении осталась лишь «Золотая лань», он смог захватить гавани Вальпараисо, Кальяо, Акапулько, Санту, Трухильо и Манту. Помимо всего прочего, он взял на абордаж галеон «Какафуэго», на котором оказалось золото и серебро на огромную по тем временам сумму — 363 тысячи песо. Только серебра Дрейк привёз 32 488 фунтов и 12 ¾  унции, что соответствует 14 625 кг.

Революция в Нидерландах также крайне отрицательно сказалась на морских перевозках Испании. Мало того, что Испания лишилась помощи искусных кораблестроителей и мореплавателей, каковыми являлись в то время голландцы, они также присоединились к грабежу колоний.